شروع این دوره از ابتداى غیبت صغرى در سال 260 هجرى است و تا زمان انتقال شیخ طوسى از بغداد به نجف و تأسیس مدرسه فقه و اجتهاد در آن دیار (سال 448 هجرى) ادامه داشت.
این دوره، زمانى است که فقه اهل بیت(علیهم السلام)که بدون شکل بندى بود، تغییر کرد و با تبویب، عرضه شد، هرچند این تبویب در اغلب موارد نه از نظر کمّى از محدوده روایات تجاوز مى کرد و نه از نظر الفاظ.
نمونه روشن این شیوه، کتاب شرایع از على بن بابویه قمى است که آن را به صورت نامه اى به فرزندش محمّد بن على بن بابویه، معروف به شیخ صدوق، نوشته است.
این کتاب، متأسّفانه به دست ما نرسیده ولى از نظر شکل بندى و عدم تجاوز آن غالباً از محدوده روایات همان است که درباره آن گفته اند: «هر گاه اصحاب در نصوص کمبودى احساس مى کردند، به کتاب شرایع على بن بابویه مراجعه مى کردند».
پس در این دوره هر چند فقه و اجتهاد شکل گرفت; ولى در واقع همان فقه مأثور بود، البتّه گاه همین فقه مأثور به صورت مبسوط، همراه با ذکر متن روایات و اسناد آن تدوین مى شد، مانند کافى شیخ کلینى و من لایحضره الفقیه شیخ صدوق; و گاه با حذف اسناد بلکه با تقطیع متن روایات و اقتصار روایت بر مورد فتوا، ذکر مى گردید، مانند کتاب شرایع ابن بابویه (متوفّاى 329) و کتابهاى هدایه و مقنع از شیخ صدوق (م 381) و نهایه شیخ طوسى (م 460).
این شیوه، رسم معمول فقهاى آن عصر بود; با این حال بزرگانى پیدا مى شدند که فراتر از شیوه معمول، گاه در مسائل فقهى به استدلالات عقلى نیز تمسّک مى جستند; افرادى مانند عمّانى و اسکافى.
گفتنى است که دوره دوم فقه اهل بیت(علیهم السلام)از سه مدرسه تشکیل مى شد:
1 . الذریعه، ج 13، ص 46.
