ومع الأسف فإنّ البعض طرح فی ذیل هذه الآیات المتعلّقة بفضائل أهل البیت (علیهم السلام)وکذلک آیات الولایة والإمامة شبهات وعلامات استفهام لا نشاهد مثیلها لدى تفسیرهم لسائر آیات القرآن الکریم، وطبعاً فإنّ الغرض من طرح هذه الشبهات معلوم مسبقاً، لأنهم إذا قبلوا بأن هذه الآیات واردة فی فضائل الإمام علی وسائر الأئمّة (علیهم السلام) فلابدّ أن یقولوا بإمامتهم وخلافتهم بعد رسول الله (صلى الله علیه وآله)، لأنه کما تقدّم سابقاً أن الإمامة لو کانت انتصابیة من الله تعالى فإنه عزّوجلّ لا یختار أیّ شخص لهذا المقام سوى الأفضل والأعلم والأشجع، ولا یمکن أن یترک الأفضل ویختار المفضول فإنّ ذلک على خلاف مقتضى الحکمة الإلهیة، وإذا کانت الإمامة انتخابیة فإنّ العقلاء ینبغی أن یختاروا لهذا المقام الأفضل من بین الأفراد، ومع وجود الأفضل لا یصحّ أن یختاروا المفضول، ولکن هذه الحقیقة تتقاطع مع أهواء البعض ومسبوقاتهم الفکریة، ولذلک یتحرکون فی تفسیرهم لهذه الآیات من موقع التشکیک بهذه الفضائل أو السعی لتهمیش هذه المناقب الواردة فی هذه الآیات لئلاّ یتورّطوا بعذاب الوجدان وتأنیب الضمیر، ومن هنا نستعرض بعض هذه الشبهات والذرائع التی تمسّکوا بها :