سیّد رضى در ششم محرم سال 406 ـ پس از 47 سال زندگى ـ چشم از جهان فروبست، به هنگام وفاتش وزیران، بزرگان، قاضیان و دیگر شخصیت هاى مهم، از هر طبقه اى پیاده و پابرهنه در منزل او حاضر شدند و در خانه اش که در محله «کرخ» قرار داشت مراسم فوق العاده اى برگزار شد.

بنابر نقل بسیارى از مورّخان بدن شریفش را به کربلا منتقل ساختند و او را در کنار قبر پدرش دفن نمودند و آن چنان که از تاریخ برمى آید قبر او از آغاز در حائر مقدّس امام حسین(علیه السلام)معروف و مشهور بوده است.

سیّد مرتضى برادر سیّد رضى از اندوه فراوان بر جنازه او حضور نیافت و در نمازش حاضر نشد و حتّى نتوانست به تابوت برادر عزیز و بزرگوارش نگاه کند، همچنان با نارحتى فراوان به سوى قبر امام موسى بن جعفر(علیه السلام)حرکت کرد و براى تخفیف امواج سنگین غم و اندوه، مدّتى در کنار قبر امام هفتم نشست. شعراى بسیارى پس از مرگ، برایش مرثیه سرودند که جلوتر از همه برادرش سیّدمرتضى بود.(1)

1. عمده آنچه درباره زندگى و شخصیّت سیّد رضى آمد از کتاب الغدیر، ج 4 از ص 181 تا 211 گرفته شده است، همچنین از کتب شرح نهج البلاغه ابن ابى الحدید، عبقریة الشریف الرضى، سفینة البحار و یادنامه علاّمه شریف رضى نیز استفاده شده است.