جهاد و ترور تفاوت ذاتی و گوهری دارند. ترور هرگونه اقدام خشونت آمیز و غیر قانونی است که با ایجاد ترس و وحشت در بین مخالفان، برای کسب امتیازات فردی یا گروهی صورت می پذیرد. اما جهاد در اصطلاح اسلامی، به كوشش مسلحانه براى حفظ و پيشرفت آيين حق، دفع تجاوز ظالمان و از همه مهمتر ایجاد فضایی آزاد برای همه بشر است تا بتوانند کلام حق را بشنوند و در صورت تمایل بپذیرند. جهاد بايد تنها براى خدا، بر اساس قانون الهی و خالی از هرگونه غرض شخصى و مادى صورت گيرد.

از وظایف «سازمان وکالت» مي توان به دريافت، تحویل و توزيع وجوه شرعى، رسيدگى به اوقاف، راهنمايى و ارشاد شيعيان و مناظره با مخالفان، ايفاى نقش سياسى و نقش ارتباطى سازمان وكالت و كمك به نيازمندان و حل مشكلات شيعيان اشاره كرد.

ایشان در خطبه شقشقیّه مى فرماید: «چون دیدم ابوبکر پیشدستى کرد و خلافت را در بر گرفت من در برابر آن خود را کنار کشیدم و پیوسته در این اندیشه بودم که آیا بدون داشتن یار و یاور به مخالفان حمله کنم یا بر این تاریکى کور، صبر نمایم؟ سرانجام دیدم بردبارى و شکیبایى در برابر این مشکل، به عقل و خرد نزدیکتر است؛ لذا شکیبایى پیشه کردم. این در حالى بود که گویى چشم را خاشاک پر کرده و استخوان، راه گلویم را گرفته بود چرا که با چشم خود مى دیدم میراثم به غارت مى رود».

منافقان و دشمنان اسلام براى رحلت پیامبر(ص) دقیقه شمارى مى کردند تا با یک حرکت ضدّ انقلابى اسلام نوپا را در هم بشکنند؛ در چنین شرایطى اگر على(ع) قیام مى کرد به یقین، درگیرى روى مى داد و جامعه اسلامى چنان آشفته مى شد که راه براى آنها، جهت رسیدن به نیّات سوءشان هموار مى گشت. قیام «اهل ردّه» که بر اثر یکپارچگى مردم سرکوب شدند، شاهد و گواه روشنى بر این معناست.

گفته اند روزی نوشته اى را به «خواجه نصيرالدين طوسى» دادند كه در آن خواجه را «كلب بن كلب» خوانده بودند. وی در پاسخ گفت: «اين مطلب درست نيست؛ زيرا سگ از چهارپايان است، عوعو می کند، ناخن دراز دارد و... اما من ناخنم پهن، راست قامت، ناطق و خندان هستم» و بدين گونه با زبان نرم، بى آن كه كلمه درشتى بر زبان براند يا فرستاده او را برنجاند او را پاسخ گفت.

خداوند در سوره احقاف خطاب به پیامبر اسلام(ص) كرده مى فرمايد: «صبر و شكيبايى پيشه كن؛ آن گونه كه پيامبران «اولوا العزم» شكيبايى داشتند و براى عذاب آنها [مخالفان] شتاب مكن». گرچه در اين آيه شريفه، در تقاضاى عذاب براى مخالفان و دشمنان بايستي صبر كرد تا حجّت بر آنها تمام شود؛ ولى اين دستور، يك دستور كلّى است و دليل روشنى بر فضيلت صبر به عنوان يك برنامه عمومى، براى همه پيامبران «اولوا العزم» بوده است.

معاویه که در سال هاى اوّل حکومتش با سیاستى مزوّرانه و چشم پوشى از دشمنانش، سعى در به سازش کشاندن آنان داشت، پس از استحکام پایه هاى حکومتش، شدیدترین فشارهاى اقتصادى را بر مردم روا داشت تا احدى به فکر قیام بر ضدّ او نیفتد، و در مقابل، دارایى هاى کشور اسلام را به رایگان تقدیم موالیان و نزدیکان خویش مى کرد. بر اساس منطق معاویه شهرها به صورت تبعیض آمیزى اداره مى شد. مردم شام در امنیّت و رفاه به سر می بردند  اما کوفه که پایگاه اصلى شیعیان امیرمؤمنان(ع) بود، با وضع بسیار دردناکى روبرو بودند.

قرآن در آیات متعدّدى تقیّه را در برابر کفّار و مخالفان مجاز شمرده است، به عنوان نمونه: در یک دستور صریح قرآنى مى خوانیم: «مؤمنان نباید کفّار را دوست خود انتخاب کنند، هر کس چنین کند از خداوند، بیگانه است، مگر این که بخواهید از آنها تقیّه کنید». فخر رازى مى گوید: «ظاهر آیه دلالت دارد بر این که تقیّه در برابر کفّار غالب مباح است، الّا اینکه مذهب شافعى این است که اگر وضع مسلمانان با یکدیگر همانند وضع مسلمین و کفّار شود، تقیّه براى حفظ نفس، حلال است». در روایات اسلامى نیز تقیّه بازتاب وسیعى دارد.

خداوند در آیه 34 سوره «فصّلت» مى فرماید: «با روشى که بهتر است بدى ها را پاسخ گوى و دفع کن»؛ به وسیله حق، باطل را دفع کن، و با حلم و مدارا، جهل و خشونت را، و با عفو و گذشت به مقابله با خشونت ها برخیز. در پایان آیه، در یک جمله کوتاه به فلسفه عمیق این برنامه اشاره کرده و مى فرماید: «نتیجه این کار، آن خواهد شد که دشمنان سرسخت، همچون دوستان گرم و صمیمى شوند». البته این یک قانون غالبى است نه دائمى، زیرا همیشه اقلیتى هستند که از این روش سوء استفاده مى کنند.

خداى متعال در آیات بسیارى پیامبر(ص) را تسلى مى داد؛ از جمله آیه 43 سوره «فصّلت»، در آنجا که مى فرماید: «نسبت هاى ناروائى که به تو داده مى شود همان است که به پیامبران پیش از تو داده شد». اگر مجنون و ساحرت مى خوانند، به پیامبران بزرگ پیشین نیز همین نسبت ها را دادند، اگر دروغگویت مى نامند، آنها نیز از این نسبت در امان نبودند، خلاصه، نه دعوت تو به سوى آئین توحید و حق، مطلب تازه اى است، و نه تهمت و تکذیب آنها، محکم بایست و به این سخنان اعتنا مکن، و دعوت توحید را تداوم بخش، و بدان خدا با تو است.