منابع معتبر پنهان ماندن مرقد مطهر امام علی(ع) در مقطعی از تاریخ را بنابر وصیت خود حضرت و به جهت مصون ماندن از هتاکی های وحشیانه عمال و مزدوران بنی امیه می دانند. قداست منحصر به فرد مرقد امام علی(ع) و مقام با شرافت و عوامل دیگر ایجاب می نمود تا حرمت این مزار حفظ شود. پنهان نگاه داشتن مرقد مطهر حضرت می تواند به دلیل عدم شناسایی و حفظ جان شیعیان زائر حضرت نیز باشد. در زمان امام صادق(ع) که تعرض به شیعیان کمتر بود مکان فعلی توسط ایشان معرفی گردید.

مدفون بودن حضرت علی(ع) در نجف آن قدر روشن است که مورد اعتراف بسیاری از علما و مورخین معتبر اهل سنت همچون یعقوبی، ابن حزم، ابن ابی الحدید، ابن صباغ مالکی و شهاب الدین خفاجی قرار گرفته است.
ضمن اینکه علما و مورخین دیگری هم چون ابن عساکر، یاقوت حموی و ابن نجار بغدادی گواهی داده اند که «مغیره بن شعبه» در محل متفاوتی از نجف یعنی در «ثویه» دفن شد.
علاوه بر همه اینها روایات زیادی از اهل بیت(ع) وارد شده که در آنها قبر آن امام را در همین محل فعلی زیارت کرده و اصحاب شان را نیز به همین کار تشویق می کردند.

بعد از شهادت «محمد بن ابى بكر» نماينده امام در مصر و سلطه شاميان بر آن كشور، معاويه به طمع افتاد تا بر بصره نيز مسلّط شود؛ لذا به طرفدارانش نامه نوشت تا بصره را در اختيار فرماندارش بگذارند. آنها نیز قيام كرده و نماينده امام را كشتند. امام علي(ع) در جواب این کار نامه اي تند و تهدید آمیز به آنان نوشت و هشدار داد كه اگر دست از نافرماني برندارند، با لشكر عظيمي به آنها يورش برده و ضرباتي سخت تر از جنگ جمل بر آنها وارد خواهد ساخت. اين نامه، در بسيارى از مردم مؤثر افتاد و فتنه دشمن با شکست مواجه شد.

امام علی(ع) اجازه سبّ خود را در حال اجبار و ناچاری، به یارانش داد، ولی برائت از خود را به سه دليل نهی می كند: 1- تولّد [خود] بر فطرت اسلام و ايمان. 2-پيشگام بودن در پذيرش اسلام و ايمان. 3- پيشگام شدن در هجرت به مدينه و يارى كردن پيغمبر خدا(ص). بديهى است قصد سبّ بسيار بد و قصد برائت بسيار بدتر از آن است؛ زيرا مفهوم اوّلى نفى احترام يك انسان است و مفهوم دومى ابراز بيزارى از مكتب و آئين او يعنى اسلام است. امام(ع) با این کار در واقع اجازه اهانت به شخص خود را داد، ولى اجازه اهانت به مكتبش را نداد.

امام علي(ع) در خطبه 162 «نهج البلاغه»، درباره غصب مقام «خلافت» به یکی از یارانش فرمودند: «اما اين كه بعضى اين مقام را از ما گرفتند و در انحصار خود درآوردند، در حالى كه ما از نظر نَسَب بالاتر و از جهت رابطه با رسول خدا(ص) پيوندمان محكم تر است، بدين جهت بود كه عده اى بر اثر خودخواهى و انحصارطلبى ناشى از جاذبه هاى خلافت، به ديگران بُخل ورزيدند، و [با نداشتن شايستگى، حقّ ما را غصب كردند] و گروهى ديگر [اشاره به خود حضرت و بنى هاشم است] با سخاوت از آن چشم پوشيدند. خدا در ميان ما و آنها داورى خواهد كرد و بازگشت همه به سوى او در قيامت است».

پاسخ امام علي(ع) به مخالفاني که خلافت را منحصر به صورت پذيرش عموم مردم كرده اند، اين بود: «اگر قرار باشد امامت و خلافت جز با حضور همه مردم منعقد نشود، هرگز راهی به سوی آن نتوان یافت؛ بلکه آنها که صلاحیت رأی و نظر دارند در این باره حکم می کنند و حکم آنها نافذ است». در اینجا امام(ع) برای اثبات حقانیت خود از مسلّمات مخالفان كه نظر اهل حلّ و عقد برای اثبات خلافت بود استفاده نمود. با اين منطق نیز سخن آنها باطل است؛ چون خلافت خلفاى پيشين نه از طريق پذيرش مردم كه توسط يا افراد معدود و محدود يا نصّ اولي يا اكثريت شوراي شش نفره تعيين شد.

امام علي(ع) در پاسخ به معاویه که حضرت را با خلفای پیشین مقایسه کرده بود فرمودند: «شگفتا از اين روزگار كه مرا هم سنگ كسانى قرار مى دهد كه هرگز چون من براى اسلام تلاش نكردند و سابقه درخشانى چون من ندارند، همان سوابقى كه هيچ كس به مثل آن دسترسى پيدا نكرده است، چه زمانى در مورد مقايسه من با خليفه اوّل و برترى من بر او شك و ترديد واقع شد تا بخواهند مرا قرين اين اشخاص [اعضاى شوراى معروف عمر براى خلافت بعد از او] قرار دهند، مگر اينكه كسى ادعاى فضايلى براى آنها كند كه من از آن فضايل آگاه نيستم و گمان نمى كنم خدا هم از آن آگاه باشد [زيرا اصلاً چنين چيزى وجود نداشته تا خدا از آن آگاه باشد]».

امام علي(ع) در نصیحت به «معاویه» برای بازگشت به مسیر حق می فرماید: «از خدا در مورد آنچه در اختيار دارى بترس و به شناخت چيزى كه در ندانستن آن معذور نيستى باز گرد»، در واقع امام(ع) با توصیه به معاويه در مورد شناخت اصول و فروع دين، می فرماید: «اطاعت نشانه هاى واضحی است كه هوشمندان به آن رسیده و نابخردان منحرف مى شوند»؛ از این رو در قيامت نمى توان گفت راه تاريك بود و آن را نشناختم. حضرت در پایان با هشدار به معاويه می فرماید: «هر كس از حق منحرف شد؛ خداوند نعمتش را گرفته و بر او بلا مى فرستد».

امام علی(ع) در مورد اشتیاق مردم به بیعت با ایشان می فرماید: «چنان به سمت من هجوم آوردید که عبا از دوشم افتاد و کفشم پاره شد و ضعیفان زیر دست و پا افتادند، من دستم را بستم ولی شما آنرا برای بیعت به سمت خود کشیدید، آن قدر مردم از بيعتشان با من مسرور و شادمان شده بودند كه كودكان به وجد آمده و پيران خانه نشين و بیماران با زحمت زیاد براى ديدن منظره اين بيعت و شركت در آن به راه افتاده بودند. و دوشيزگان نو رسيده [بر اثر عجله و شتاب] بدون نقاب در آن جمع حاضر شده بودند».

هدف امام علي(ع) از به دست گرفتن حکومت همچنان که گفته های مورخین گواه آن است، حفظ اصول و ارزش های اسلامی بود؛ ارزش هایی که در زمان حکومت خلفای پیشین به دلیل افکار جاهلی به فراموشی سپرده شد. لذا هنگامی که مردم دست بیعت به سوی امام(ع) دراز کردند در ابتدا مخالفت کرد؛ چراکه می دانست حکومت حق و عدالت بر مردمى كه عادت به ظلم و ستم كرده اند، بسيار مشكل است و با مخالفت هاى شديد سران دنياپرست روبرو خواهد شد؛ ولى پس از تمام شدن حجّت مسئوليت را پذيرفت.