اسلام در هنگام جنگ و نبرد از مسائل اخلاقى نيز غافل نشده است و دستورات مهمّي در اين باره دارد، از جمله اینکه: آغازگر جنگ نباشید، مجروحان و غیر نظامیان را نکشید، آب و مواد آشامیدنی را آلوده نکنید، از قطع درختان و کشتن حیوانات و تخریب محیط زیست بپرهیزید، حمله شبانه نکنید؛ بلکه جنگ بعد از ظهر باشد تا درگيرى كمترى رخ دهد، و افراد كمترى كشته شوند، از ترور و حمله غافلگیرانه بپرهیزید.

اسلام همیشه مردم را با منطق و استدلال به دین دعوت کرده و از زور و شمشير استفاده نكرده است. تمام جنگ هاى اسلامى جنبه دفاعى داشته و «قرآن» تأكيد میکند آنان كه دست صلح و دوستي به سمت مسلمانان دراز كنند را با آغوش باز بپذيريد؛ ولی در مقابل اگر دشمنان قصد جنگ داشتند مسلمانان بايستي از خود دفاع کنند، مانند جنگ مسلمانان با ایرانیان كه نوعي دفاع از مردم مظلوم و ستمدیده ایران از دست شاهان ستمگر بوده است.

امام علی(ع) در مورد یاد «شهدای صفّین» می فرمايد: «كجايند برادران من؟ همان ها كه در مسير صحيح گام نهادند و در راه حق پيش رفتند، كجاست عمار؟ كجاست ابن تيّهان؟ و كجاست ذوالشهادتين؟ كجايند مانند آنان از برادرانشان كه پيمان بر جانبازى بستند و سرانجام سرهايشان براى فاجران و فاسقان فرستاده شد، آه بر برادرانم؛ همان ها كه قرآن را تلاوت مى نمودند و به كار مى بستند، در فرايض الهى دقّت مى كردند و آنها را به پا مى داشتند، سنّت ها را زنده كرده و بدعت ها را ميراندند، بسوى جهاد دعوت شدند و مشتاقانه پذيرفتند، به رهبر خود اطمينان داشتند و از او پيروى كردند».

امام علی(ع) به افرادی که برای شهادت عجله داشتند، می فرماید: «بدون اجازه اقدام به نبرد نکنید و در برابر بلاها شكيبا باشيد، و شمشير خود را در راه هواى نفس به كار نگيريد؛ زيرا آن كس از شما كه در بستر خويش بميرد؛ ولى معرفت پروردگار خود و رسول او و اهل بيتش را به طور شايسته داشته باشد شهيد از دنيا رفته است. پاداش او بر خداست و ثواب اعمال صالحى را كه قصد آن را داشته مى برد و نيّتش جاى ضربات شمشيرش را مى گيرد، [بدانيد] هر كارى، وقتى دارد و سرآمدى».

امام علي(ع) در این باره مي فرمايد: «در راه خدا آن گونه كه بايد و شايد جهاد كن و هرگز سرزنشِ سرزنشگران، تو را از تلاش در راه خدا باز ندارد و در درياى مشكلات براى رسيدن به حقّ فرو شو هرجا كه باشد». با وجود آنكه جهاد مراحل و مراتبى دارد؛ خواه جهاد نظامى و خواه تلاش هايى ديگر در مسير حقّ؛ اما بعضى از مراحل آن شايسته مجاهدان واقعى نيست و آنها بايد آخرين مرحله اى را كه در توان دارند به كار گيرند.

ایشان مى فرمايد: «در جهاد با مال و جان و زبان خويش در راه خداوند كوتاهى نكنيد». منظور از جهاد با انفس، همان حضور در ميدان جنگ براى حفظ اسلام است، و جهاد به اموال، همان كمك هاى مالى است در مسیر بسيج لشكر اسلام، لکن امروزه شامل كمك هايى است كه در مسائل فرهنگى، اجتماعى و اقتصادى براى حفظ اسلام و مسلمانان مى شود. جهاد به زبان نيز همان دفاع منطقى و تبليغاتی براى پيشرفت اسلام است. همچنین پيامبر(ص) مى فرماید: «آنها كه جهاد را ترك گويند، فقیر و ذلیل می شوند و دينشان به تدريج از بين مى رود».

جنگ هاى «تن به تن» در ميدان هاى جهاد، ضرورتى اجتناب ناپذير بود و گاه اين جنگ ها، از نبرد همه لشكريان و خونريزي هاي فراوان جلوگيرى مى كرد. مثلا در جريان نبرد خندق، با كشته شدن «عمرو بن عبدود» و تضعيف روحيه دشمن، آنها مجبور به عقب نشينى شدند. ولى در تاريخ اروپا جنگ هاى تن به تن به صورت بسيار زشتى انجام مى گرفت به اين معنا كه دو نفر كه با هم خصومت داشتند يكديگر را به مبارزه فرا مى خواندند و با استفاده از سلاح هاى مرگبار به هم حمله مى كردند و تا يكى كشته مى شد مبارزه آنها تمام مى گشت كه در كتب مختلف آنها شرح آن آمده است.

جهاد و ترور تفاوت ذاتی و گوهری دارند. ترور هرگونه اقدام خشونت آمیز و غیر قانونی است که با ایجاد ترس و وحشت در بین مخالفان، برای کسب امتیازات فردی یا گروهی صورت می پذیرد. اما جهاد در اصطلاح اسلامی، به كوشش مسلحانه براى حفظ و پيشرفت آيين حق، دفع تجاوز ظالمان و از همه مهمتر ایجاد فضایی آزاد برای همه بشر است تا بتوانند کلام حق را بشنوند و در صورت تمایل بپذیرند. جهاد بايد تنها براى خدا، بر اساس قانون الهی و خالی از هرگونه غرض شخصى و مادى صورت گيرد.

اولا: در آموزه های دین اسلام صریحا تجاوز از حدود در جنگ مانند جنگ پیش از پیشنهاد مصالحه یا کشتن زنان و کودکان یا سوزاندن سربازان دشمن یا انتشار سم در شهرهای آنها یا حتی قطع درختان میوه صریحا مورد نهی قرار گرفته است. امام صادق(ع) از پیامبر اکرم(ص) نقل کرده اند که: «مسلمانان حق ندارند برای از بین بردن کفار، سم را در بلاد مشرکین قرار دهند». بدیهی است چنین دینی نمی تواند اجازه استفاده از سلاح هایی را بدهد که به صورت کور افراد نظامی و غیرنظامی را از بین می برد و محیط زیست را تخریب می کند. دستور به عدم تعدّی در آیات قرآن، روشن بودن آداب جنگ و جهاد اسلامی و محدود کردن اعمال قدرت و خشونت جنگی در روایات و فقه اسلامی نشان از مخالفت اسلام با کشتار جمعی و سلاح آن است.

ثانیا: نوع سلاح های قابل دسترسی برای سربازان سپاه اسلام در آن زمان ساده و کم کشتار بوده اند و خواه ناخواه با سلاح معاصران خود مقایسه می شدند و ذکر شدن یکی از مصادیق «قوّه» با عطف تفسیری «وَ مِنْ رِباطِ الْخَيْل‏» به آن، مشخص می کند که مراد از «قوة» در این آیه کریمه همان طور که در زمان نزول آیه نیز چنین بوده، نوع سلاح های متعارف در جنگ هاست، نه سلاح های کشتار جمعی.

امام علی(ع) در مقام تجلیل از شهدا می فرماید: «بندگان نيك خدا به سرعت عزم بر كوچ گرفتند و متاع اندك دنياى فانى را با سرمايه فراوان آخرتِ ماندگار، مبادله نمودند، برادران ما كه در صفین شهید شدند اگر امروز زنده نيستند كه از اين لقمه هاى گلوگير بخورند چه ضررى كرده اند؟ به خدا سوگند! آنها به لقاى پروردگار نايل شدند و خدا پاداش شان را به طور كامل عطا فرمود و آنها را در سراى امن و امان بعد از اين زندگىِ پر از خوف جاى داد».