انحرافات تدریجی پیش آمده در جامعه اسلامی سبب قیام امام حسین(ع) علیه آنها شد. این حقیقت، در سخنان آن حضرت که هدف حرکت اصلاح طلبانه خود را امر به معروف و نهی از منکر و احیای سنت رسول خدا(ص) و امام علی(ع) معرفی می کند به راحتی قابل مشاهده است. ایشان اگرچه خود را برای حکومت محق تر از هر کس می دانستند و این موضوع را بارها هنگام توضیح دلایل شان برای سرباز زدن از بیعت با یزید، صریحا اعلام کردند، اما سخنان مرگ آگانه شان در کنار عدم انصراف از ادامه مسیر کوفه هنگام رسیدن خبر خیانت کوفیان، بهترین گواه بر این حقیقت است که هدف والای حضرت اباعبدالله نه سودای قدرت و حکومت، بلکه قیام برای اصلاح جامعه اسلامی بود.
بله در این مسیر اگر امور به گونه ای جریان می یافت که حضرت می توانست با رهبری یک حکومت متمرکز در کوفه، به اهداف اصلاح گرانه شان جامه عمل بپوشانند، حتما از چنین امری استقبال می کرد، اما از آنجایی که افق نگاه حضرت بسیار بلند و هدف گذاری های شان سطح بندی های مختلفی داشت، با محقق نشدن آن هدف نیز ایشان به گونه ای دیگر به هدف اصلاح گرانه شان رسیدند یعنی با تقدیم خون خود و اصحاب با وفای شان و رسوا ساختن بنی امیه.
درباره چرایی همراه ساختن خانواده نیز باید گفت که این رفتار علاوه بر حکمتی که در رسواسازی حکومت اموی به وسیله سخنرانی های حضرت زینب و سایر افراد کاروان اسیران داشت، امری مرسوم در بین اعراب آن زمان بوده است، آن چنان که می بینیم که حتی پیامبر(ص) نیز در جنگ های شان، همسران شان را همراه با خود می بردند.

منابع معتبر پنهان ماندن مرقد مطهر امام علی(ع) در مقطعی از تاریخ را بنابر وصیت خود حضرت و به جهت مصون ماندن از هتاکی های وحشیانه عمال و مزدوران بنی امیه می دانند. قداست منحصر به فرد مرقد امام علی(ع) و مقام با شرافت و عوامل دیگر ایجاب می نمود تا حرمت این مزار حفظ شود. پنهان نگاه داشتن مرقد مطهر حضرت می تواند به دلیل عدم شناسایی و حفظ جان شیعیان زائر حضرت نیز باشد. در زمان امام صادق(ع) که تعرض به شیعیان کمتر بود مکان فعلی توسط ایشان معرفی گردید.

مورّخان در تعداد نسخه های عثمانی اختلاف دارند. «ابن ابى داود» تعداد آنها را شش نسخه دانسته، در حالی که «يعقوبى» دو نسخه ديگر را بر اين تعداد اضافه كرده ‌است؛ اما پس از گذشت زمانى طولانى، تغييرات و دگرگونى هايى در اين مُصحف ها به وجود آمد مانند نقطه گذاری، علامت گذاری و در نهایت نوشتن قرآن با خط نسخ زیبای عربی و دیگر خطوط متداول كه اين تغييرات به تدريج مُصحف هاى اوليه را كه در زمان عثمان نوشته شده بود، به دست فراموشى سپرد و رفته رفته اثرى از آنها باقى نماند.

پيش از ظهور اسلام، اعراب با خط و كتابت آشنا نبودند؛ زیرا اشتغالاتی از قبیل كوچ كردن و جنگ و غارت، آنان را از تفكّر درباره صنايع و از جمله كتابت باز مى داشت؛ اما برخى از اعراب بواسطه تجارت با شام و عراق، رفته رفته خط و كتابت را از آنان به عاريت گرفته و با خط نبطى و يا سريانى آشنا شدند، از خط نبطى، خط نسخ، و از خط سريانى، خط كوفى پدید آمد، و عرب ها هر دو خط را در نوشته هاى مهم، مانند قرآن و حديث به كار گرفتند؛ اما در ادامه، خط کوفی سیر قهقرایی داشت، و از آن پس مُصحف ها با خط نسخ نوشته می شد.

اَرباب كتبِ قرائات برآن شده اند تا سندهايى براى قرائت قُرّاء، به ويژه «قُرّاء سبعه» دست وپا کنند و قرائت آنان را مستند به پيامبر(ص) نمایند، و در اين راه از مشايخ قُرّاء استفاده كرده و سلسله مشايخ را به عنوان سلسله اَسناد قرائات جلوه داده اند؛ در حالى كه سلسله مشايخ را نمى توان سلسله اَسناد روايت گرفت؛ زيرا شاگردى كه نزد استادِ خود تعليم يافته، تربيت شده اوست نه راوى از وى؛ همانند آراى فقهي فقها كه هر نظريه فقهى به همان صاحب نظر انتساب دارد، نه به شيخ او تا حالت نقل و روايت پيدا كند!

مردم در تمامى دوره ها نسبت به قرائت شخصيّت هاى معروف و حفظ و پذيرش همه آنها اهتمام داشتند؛ لذا اجتهاد در انتخاب قرائت، مورد توجه مسلمانان قرار داشت. تا آنکه «ابن مجاهد» ظاهر گردید. وی که پایبند به تقلید از قرائت پیشينیان بود، تمام کوشش خود را برای سدّ باب اجتهاد در قرائت به کار برد. «ابومحمد مكّى بن ابى طالب» مى گويد: «كليه قرائت هاى هفت گانه جزئى از احرف سبعه است؛ اما اشتباه بزرگى است كه كسى تصور كند قرائت هر يك از اين قُرّاء سبعه يكى از احرف سبعه است؛ زیرا لازم می آید، هر قرائتى كه قُرّاء سبعه بدان تمسك نكرده باشند، متروك و مطرود باشد».

هنگامى كه لشكر شام قرآن ها را بر سر نيزه ها بلند كردند، اميرمؤمنان(ع) فرمود: «اى مردم من سزاوارترين كسى هستم كه به دعوت قرآن پاسخ مى گويم و ليكن معاويه و عمرو بن عاص و ابن ابى معيط و حبيب بن مسلمه و ابن ابى سرح نه دين دارند و نه اهل قرآنند من آنها را بهتر از شما مى شناسم. از كوچكى با آنها بودم و در بزرگسالى نيز با آنها سر و كار داشتم آنها بدترين كودكان و بدترين مردان بودند». از اين عبارت معلوم مى شود كه امام(ع) به اين حكميت ساختگى و دروغين قرآن هرگز راضى نبود.

از تعبيرات امام علي(ع) در خطبه 162 «نهج البلاغه» استفاده مى شود كه هدف «بنى اميّه» تنها استيلاى بر خلافت اسلامى نبود؛ بلكه آنها - كه تفاله هاى عصر جاهليّت بودند - كمر به محو اسلام بسته بودند و اگر فداكارى هاى شهيدان كربلا و بيدارى مسلمين نبود، امروز، نامى از اسلام باقى نمى ماند. تلاش معاويه براي دفن نام پيامبر(ص) كه روزي پنج بار در اذانها گفته مي شود و شعر يزيد در حضور اسراي كربلا شواهدي تاريخي براي اثبات اين مدعا هستند.

یکی از قیام هایی که علیه حکومت بنی امیّه صورت گرفت و به نابودی کامل آنها انجامید، قیام «ابومسلم خراساني» بود. این قیام که به نیّت درهم کوبیدن بنی امیّه و تاسیس حکومت آل محمد(ص) تشکیل شده بود، موفّقیّت های زیادی به دست آورد؛ ولی سرانجام بر اثر توطئه عباسیان حکومت به بنی عبّاس رسید و ابومسلم نیز به قتل رسید. اگر چه شخصيت ابومسلم از نظر تاريخى بسيار پيچيده است، ولى آنچه مسلّم است اين است كه قيام او در آغاز به نام طرفدارى از آل محمد(ع) صورت گرفت و نخستين ياران او نيز از شيعيان بودند.

كميته يكسان سازى مصاحف در انجام مأموريت خود سه مرحله اساسى را طى كرد: 1. جمع آورى منابع صحيح براى تهيه مُصحف واحد و انتشار آن بين مسلمانان. 2. مقابله مصحف هاى آماده‌ شده با يكديگر. 3. جمع آورى مُصحف ها و يا صحيفه هايى كه قرآن در آنها ثبت شده بود از تمامى بلاد اسلامى و نابود كردن آنها، و بالاخره الزام همه مسلمانان به قرائت اين مُصحف و منع آنان از تلاوت مُصحف هاي ديگر؛ اما سهل انگاری خلیفه در انتخاب اعضای کمیته، و تسامح و عدم دقت از سوی اعضا، سبب پیدایش اختلاف در قرائت قرآن گردید.