بعد از شهادت «محمد بن ابى بكر» نماينده امام در مصر و سلطه شاميان بر آن كشور، معاويه به طمع افتاد تا بر بصره نيز مسلّط شود؛ لذا به طرفدارانش نامه نوشت تا بصره را در اختيار فرماندارش بگذارند. آنها نیز قيام كرده و نماينده امام را كشتند. امام علي(ع) در جواب این کار نامه اي تند و تهدید آمیز به آنان نوشت و هشدار داد كه اگر دست از نافرماني برندارند، با لشكر عظيمي به آنها يورش برده و ضرباتي سخت تر از جنگ جمل بر آنها وارد خواهد ساخت. اين نامه، در بسيارى از مردم مؤثر افتاد و فتنه دشمن با شکست مواجه شد.

رفتار امام علی(ع) در صحنه نبرد، برخلاف روش های دنیای مادی آمیخته با مسائل اخلاقی است و مهم ترين هدف حضرت حفظ ارزش ها بود و حتى آن را بر پيروزى در ميدان جنگ ترجيح مى دهد؛ زيرا پيروزى موقتى بود و حفظ ارزش ها ماندگار است، این درحالى است كه معاویه برخلاف كتاب و سنّت عمل كرده و در جنگ هايش مطابق سيره پادشاهان ظالم هرگونه نيرنگ حلال و حرام را به كار مى گرفت. در حال حاضر نیز سخن از حفظ ارزش ها در ميدان جنگ، بسیار است؛ اما به هنگام عمل، هيچ يك به رسميّت شناخته نمی شود.

مورخین در ارتباط با عقاید خوارج نوشته اند: خوارج، عثمان و امام علی(ع) را تکفیر کرده و مرتکب گناه کبیره را کافر می داند و از حکمیت ابوموسی و عمروعاص اعلام برائت کرده و معاویه و پیروانش را کافر می دانند. همچنین برخی گفته اند خوارج معتقد اند خليفه را بايد مردم انتخاب كنند خواه از قريش، عرب و یا غیر از این ها باشد. اما باورهای «اباضیه» به عقاید شیعه نزدیک است. اباضیه رویت خدا را محال دانسته و مرتکب گناه کبیره را مرتد ندانسته و تولی و تبری نسبت به دوستان خدا و دشمنان حق را لازم می داند.

خوارج با مشاهده نتیجه حکمیت، فریادشان بلند شد که چرا امام علی(ع) مساله حکمیت را پذیرفت. امام(ع) می فرماید: «به اين دو نفر حكميت داده شد، تا آنچه را قرآن زنده كرده زنده بدارند، و آنچه را به مرگ محكوم ساخته نابود كنند». آنگاه مى فرمايد: «من شما را فريب ندادم، بلکه بر اساس رأى شما اين دو نفر انتخاب شدند، ما نيز از آنها پيمان گرفتيم كه از قرآن تجاوز نكنند». در واقع افراد نادان و لجوج هنگامى كه به عواقب سوء کار خود گرفتار مى شوند به فرا افكنى پرداخته و گناه خويش را به گردن ديگران مي اندازند.

امام علی(ع) در مورد جنگ با «اصحاب جمل»، «صفّين» و «نهروان» مي فرمايد: «آگاه باشيد! خداوند مرا به نبرد با ستمگران، پيمان شكنان و مفسدان در زمين امر فرموده؛ اما با «ناكثين» [اصحاب جمل] نبرد كردم و با «قاسطين» [اصحابِ معاويه] جهاد نمودم و «مارقين» [خوارجِ نهروان] را بر خاك مذلّت نشاندم، اما «شيطان ردهه» (رئيس خوارج) با صاعقه اى كه بر او فرود آمد به گونه اى كه تپش قلب و لرزش سينه اش شنيده شد، شرّ او از من دفع گرديد، و گروه ديگرى از ستمگران باقى مانده اند كه اگر خداوند به من اجازه حمله ديگرى بدهد آنها را از ميان برداشته و دولت حقّ را به جاى آنها قرار مى دهم».

امام علي(ع) درخواست معاويه را براي تحويل قاتلان عثمان رد كرده مي فرمايد: «من در اين امر انديشيدم و صلاح نمى دانم كه قاتلان عثمان را به تو يا به ديگرى تسليم كنم، به جانم سوگند اگر دست از گمراهى و نفاق افكنى برندارى، بزودى كسانى را كه تو از قاتلان عثمان مى شمرى خواهى شناخت كه در تعقيب تو بر مى آيند و به تو زحمت نمى دهند كه براى دسترسى به آنان در صحرا و دريا و كوه و دشت به جستجوى آنها برخيزى؛ ولى بدان تعقيب آنها نسبت به تو چيزى است كه يافتنش براى تو ناراحت كننده و ديدارى است كه ملاقاتش هرگز تو را خوشحال نخواهد ساخت و سلام بر آنان كه اهل آنند».

برخی از راویان حدیث طیر از صحابه عبارتند از: عبدالله بن عباس، سفینه، ابوسعید خدرى، عامر بن واثله، انس بن مالک، سعد بن ابى وقّاص، عمرو بن عاص، و... . و از تابعین عبارتند از: ابان بن تغلب، ابان بن ابى عیاش، ابراهیم بن مهاجر بجلى، ابراهیم بن هدبه، اسماعیل بن سلمان بن ابى الطلحه، اسماعیل بن سلمان بن ابى المغیره، اسماعیل بن سلیمان تیمى، اسماعیل بن عبدالله بن جعفر بن ابى طالب، اسماعیل بن عبدالرحمن، اسماعیل بن وردان، برذعة بن عبدالرحمن بنانى و... .

عمرو عاص در پاسخ به نامه معاویه که از او برای جنگ صفین یاری خواسته بود، نسبت هایی که معاویه به حضرت علی داده بود را ناروا دانست و فضائل حضرت علی(ع) از جمله حدیث غدیر را به معاویه یادآور شد.
خطیب خوارزمى حنفى در کتاب «مناقب» نامه معاویه به عمرو عاص را که در آن وى را به یاریش در جنگ صفّین ترغیب کرده، آورده است و سپس جواب نامه عمرو به معاویه را ذکر کرده است.
 

«محمّد بن ابى بكر» فرزند خلیفه اول و «اسماء بنت عميس» است كه در ابتدا همسر «جعفر بن ابى طالب» بود و سپس همسر ابوبكر شد و بعد از آن به همسري امام على(ع) در آمد. محمّد از زمان كوچكي در دامان على(ع) و در سايه او پرورش يافت. او كه در حجّة الوداع سال دهم هجرى متولد شد در زمان خلافت امام علي(ع) حاكم مصر شد و در جنگ با لشكر عمروعاص شكست خورد و به طرز فجيعي به شهادت رسيد. او از ياران خاصّ امام على(ع) بود، بعضى او را از مقرّبان و بعضى از حواريّين امام شمرده اند و اين تعبيرات نشانه نهايت نزديكى او به امام على(ع) است.

امام علي(ع) که به خاطر فریب خوردن مردم عراق از لشكر معاويه در جنگ «صفین»، دل پرخونى از آنان داشت، در كلامي كوتاه و پر معنا آنان را مورد نكوهش شديد قرار داده، فرمودند: «امّا بعد اى مردم عراق! شما به زن باردارى مى مانيد كه در آخرين روزهاى دوران حملش، جنين خود را ساقط كند و با اين حال قيّم و سرپرستش نيز بميرد و بيوه گى او به طول انجامد [سپس از دنيا برود] و ميراثش را دورترين بستگانش ببرند [چرا كه نتوانست فرزند سالمى به دنيا آورد]».