شیعیان اعتقاد دارند که وصیت نانوشته مانده پیامبر اکرم(ص) در حادثه «یوم الخمیس»، تصریح ایشان به مساله ولایت و خلافت امام علی(ع) است. زیرا اولا: خود خلیفه دوم که مانع نوشته شدن آن وصیت نامه بود، در مواردی به این حقیقت اعتراف کرده است. ثانیا: تمهید پیامبر در گسیل داشتن اصحاب به همراهی با سپاه اسامه نشانگر نگرانی ایشان از ثبت مکتوب این جانشینی و مخالفت آن اصحاب با این امر بود. ثالثا: تعبیر آن حضرت مبنی بر گمراه نشدن امت بعد از ایشان در صورت نگاشتن آن وصیت، شباهت بسیار زیادی به تعبیر حدیث ثقلین در گمراه نشدن امت با تمسک به ثقلین است.

اولا: از روایات استفاده مى شود که خلافت رسول خدا(ص)، امرى الهى است که زمام آن بالاصاله به مردم واگذار نشده است؛ رسول خدا(ص) به صراحت در برابر کسانی که تقاضای سهم و جانشینی در حکومت داشتند، فرموده است: «إنَّ الْمُلْكَ لله، يَجْعَلُهُ‏ حَيْثُ‏ يَشَاء» و فرموده: «الْأَمْرُ إلَى اللَّهِ، يَضَعُهُ حَيْثُ يَشَاءُ». با وجود نص الهی پیامبر(ص) بر خلافت امام علی(ع)، انتخاب ابوبکر اجتهاد در برابر نص است؛ این در حالی است که آیات قرآن به صراحت از واجب الاطاعه بودن دستورات پیامبر خبر می دهند: «يا أَيُّهَا الَّذِينَ آمَنُوا أَطِيعُوا اللَّهَ وَ أَطِيعُوا الرَّسُولَ وَ أُولِي‏ الْأَمْرِ مِنْكُمْ‏».
ثانیا: ابوبکر هرگز با اجماع صحابه و در یک روند دمکراتیک انتخاب نشد، بلکه در زمان انتخاب او بسیاری از صحابه حضور نداشتند؛ بسیارى از اصحاب به دستور پیامبر(ص) در سپاه اسامه بوده؛ برخی خبر وفات پیامبر(ص) را دریافت نکرده بودند؛ از انصار کسى جز رهبرانشان حضور نداشت؛ از مهاجرین جز سه یا چهار نفر در سقیفه حضور نداشتند و افراد سرشناسی مانند: امام على(ع)، ابن عباس، مقداد، سلمان، ابوذر، عمار، مشغول تجهیز و دفن پیامبر(ص) بودند. علاوه بر آن بسیاری از بزرگان صحابه، در موارد گوناگون مخالفت خود را با این خلافت اعلام کردند. ضمن اینکه توجه به نقش قبیله بنی اسلم و استفاده از آنها برای فشار آوردن به مردم مدینه برای بیعت اجباری، دموکراتیک بودن این خلافت را زیر سؤال می برد.

طلحه و زبیر از اولین کسانی بودند که برای فشار بر عثمان سپاه جمع کرده و ادعای خلافت نیز داشتند. برخی از صحابه از جمله امام علی(ع) و ابن عباس و حسن بصری و مالک اشتر، صریحا به نقش این دو نفر در شوراندن مردم علیه عثمان و زمینه چینی برای قتل عثمان اشاره کرده اند. به خصوص طلحه که منابع تاریخی به دشمنی بسیار شدید و تند او با عثمان، گواهی می دهند.
به هر حال این دو نفر در رفتاری بسیار عجیب و با اینکه نقش مهمی در شورش علیه عثمان داشته اند، بعداز بیعت با امام علی(ع)، وقتی دست خود را کوتاه از خلافت و حتی امارت یافتند، علم خونخواهی عثمان را برافراشتند و به همین بهانه همراه با عایشه بر علیه امام علی(ع) در جنگ جمل شرکت کردند.

به اعتقاد تورات، دو دختر «حضرت لوط(ع)» پس از خوراندن شراب با او همبستر شده و باردار شدند و هر كدام نوزادي به دنيا آوردند؛ اما قرآن ساحت پيامبران را از اين مسائل شنيع مبرّا دانسته است.
اينكه در قرآن آمده كه حضرت لوط دختران خود را به گناهكاران عرضه كرده بايد گفت: مفسّران بزرگ و كسانى كه در با تعابير قرآنى آشنايى كامل دارند، آيه را اين گونه تفسير كرده اند كه پيامبر در ميان قوم خود مانند پدر قبيله است؛ و  حضرت لوط، به آنان هشدار داد تا براى فرو نشاندن شهوت، از زنانتان (زنان قبيله كه همگى دختران پيامبر محسوب مى شوند) بهره گيريد، كه يگانه راه پاك وصال است... .

از ويژگی های قرآن، عدم وجود اختلاف و تناقض در آن است. با اين وجود از ديرباز كسانى مى پنداشتند در قرآن، اختلاف و تناقض هست و در اين باره پرسش‌هايى مطرح مي كردند. ضمن اینکه از احاديث فراوان به دست مى آيد كه در آن دوران، شبهه وجود تناقض در قرآن، به طور گسترده مطرح بوده و بدين جهت تأكيد شده: كه پيرامون آن نگرديد؛ چون گمانى بيش نيست كه بدخواهان رواج داده‌اند و در دستورات بزرگان دين، پاسخ هاى فراوان ارائه شده است.

مفسرانی از «صحابه» و «تابعین» می‌شناسیم که به نوعی از ‌‌اهل‌بیت(ع) تأثیر گرفته‌اند و در واقع می‌توان آنها را شاگردان درس تفسیر ‌‌ایشان معرفی نمود. به عنوان نمونه از «صحابه» می‌توان به ابن‌عباس و عبدالله‌بن مسعود و از «تابعین» به سعید‌‌بن جبیر و سعید‌بن مسیّب و طاووس‌بن کیسان و سُدّی کبیر و ابوالجارود (زیا‌‌‌دبن منذر) و زید‌بن اسلم عَدْوی و ابوحمزه ثمالی و ضحاک‌بن مزاحم و عطیة‌‌بن سعید عوفی و ... اشاره نمود.

مُصحف هاى عثمانى از نظر ترتيب سوره ها، همان ترتيبى است كه در مُصحف كنونى وجود دارد و با ترتيب مُصحف هاى صحابه، به‌ خصوص با مُصحف «اُبَيّ بن كعب»، تطبيق مى كرد. مُصحف هاى عثمانى به مقتضى شيوه نگارش كه در آن دوره رواج داشته، از هر نشانه و علامتى كه حروف نقطه دار و بى نقطه را مشخص كند، خالى بود. همچنین اين مُصحف ها به احزاب و اعشار و اخماس، تقسيم بندى نشده و مملوّ از غلط هاى املايى و تناقض هايى در رسم الخط بوده كه علت آن، ابتدايى بودن خطى است كه صحابه در آن زمان مى شناخته اند.

عوامل اختلاف در قرائت قرآن، به دوران صحابه، و پس از وفات پيامبر(ص) باز مى گردد. در آن زمان، صحابه بر سر جمع و نظم و تأليف قرآن اختلاف كردند و همين امر سبب اختلاف در بین قاریان گردید. اين اختلافات موجب شد تا در عهد عثمان، مُصحف واحدى تهيه شده و به مراكز مهم كشور اسلامى فرستاده شود. عوامل این اختلافات عبارت بودند از: 1. ابتدايى بودن خط. 2. بى نقطه بودن حروف. 3. عارى بودن کلمات از علائم و حركات. 4. نبودن «الف» در كلمات.

1. پیامبر(ص) سواد نوشتن نداشت، امّا كاتب داشتند و برخوردار نبودن از سواد دلیل بر عدم امکان نگارش نبود؛ چون معنای سخن ایشان در این حدیث امر به نوشتن است.
2. این حدیث توسط اهل سنّت نیز نقل شده و سند آن در منابع آنان نیز صحیح است.
3. پیامبر بارها به خلافت امام علی(ع) سفارش کرد و در جریان این حدیث می خواست به آن تاکید کند.
4. بعد از این جریان باز هم پیامبر اقداماتی مشهود و صریحی در راستای هدف آن حدیث انجام رساند و برای مثال کوشید مخالفان علی(ع) را با سپاه اسامه خارج از شهر کند.
5. وصیت به خلافت علی(ع) در حدیث قلم و قرطاس، می توانست با وجود سفارشات قبلی، نشان از اهمیت آن باشد.
6. علی(ع) بخاطر تبعیت از پیامبر و جلوگیری از نزاع نزد ایشان سکوت کرد.
7. اینکه پیامبر اصحاب را بیرون کرد نشان می دهد توهینی صورت گرفت و همین مانع نوشتن شد.
8. از «نص روایت» چنین بر می آید که پيامبر وقتی نتوانست وصيت بنويسد، آشوبگران را از خانه بيرون کرد و از نزاع موجود ناراحت بود.
9. به هر حال اراده پيامبر محقق نشده است و این عین گمراهی برای مانعان آن است؛ امّا حساب نوع مردم مستضعف از خائنين جداست.

احاديث بسیاری در زمينه تفسیر قرآن و شرح نكات آن از معصومین(ع) به ما رسيده، كه به ما امكان مى دهد از اين اقيانوس بى كرانه، بهره بيشترى برداريم؛ اما هيچ مسلماني در اين موضوع ترديد ندارد، كه احاديث برخلاف قرآن، مجعول است، و بايد آن را كنار گذاشت. حتى يكى از طرق شناسايى احاديث معتبر، عرضه روایات بر قرآن است. آنچه موافق قرآن است را بگیریم و آنچه مخالف است را کنار بگذاریم. همچنین در روايات شیعه و اهل سنّت، مسئله تفسير به رأى نكوهش و مذمّت شده، تا آنجا كه گاهى در رديف كفر و رها ساختن قرآن معرفى شده است.