از جمله دلايلى كه با احتمال تحريف در قرآن منافات دارد و انديشوران آن‌را محكم‌ترين دليل بر نفى تحريف داشته‌اند، جنبه «اعجاز» قرآن است كه بر آن تحدى شده است. لذا احتمال فزونى در قرآن، باطل و مردودى است. زيرا لازمه آن اين است كه بشر مى‌تواند يك سوره كامل و شبيه قرآن در تمام جهات فصاحت و بلاغت آن عرضه نمايد، حال آنكه خداوند متعال مى‌فرمايد: «قُلْ لَئِنِ اجْتَمَعَتِ الإِنْسُ وَ الْجِنُّ عَلى أَنْ يَأْتوا بِمِثْلِ هذَا الْقُرْآنِ لايَأتونَ بِمِثْلِهِ وَ لَوْ كانَ بَعْضُهُمْ لِبَعْضٍ ظَهيرآ»، «أَمْ يَقولونَ افْتَراهُ قُلْ فَأْتوا بِعَشْرِ سُوَرٍ مِثْلِهِ مُفْتَرَياتٍ» و ... اين گونه تحدى آشكار هرگونه ادعا در مورد زيادى در سور و آيات قرآنى را بى‌اساس مى‌سازد همچنان كه احتمال تبديل را رد مى‌كند.

«تحريف الشىء» به معناى كشاندن و كنار زدن و جابجا كردن آن از جايگاه خود به سويى ديگر است، كه از «حرف الشىء» به معناى كنار و گوشه آن اخذ شده است. خداوند مى‌فرمايد: «وَ مِنَ الْنَّاسِ مَنْ يَعْبُدُ اللهَ عَلى حَرفٍ فَإِنْ أَصَابَهُ خَيْرٌ اطْمَأَنَّ بِهِ وَ إِنْ اَصَابَتْهُ فِتْنَةٌ انْقَلَبَ عَلى وَجْهِهِ»؛ (واز ميان مردم كسى است كه خدا را بر يك حال [وبدون عمل] مى‌پرستد، پس اگر خيرى به او برسد بدان اطمينان يابد، و چون بلايى بدو رسد روى برتابد)...

درباره خلود مرتكبان كبيره در آتش دوزخ دو نظر وجود دارد: 1. «وعيديه» گروهى از خوارجند كه معتقدند: هر گناه كبيره اي موجب كفر شده و باعث خلود در آتش مي شود. 2. اماميه و گروه كثيرى از معتزله و اشاعره معتقدند كه عذاب آنها سرانجام پايان مي پذيرد و آيات مربوط به عذاب جاودانِ مرتكبان كبيره ناظر به كسانى است كه گناهانشان منتهى به كفر و انكار مبدأ يا معاد يا نبوّت يا ضروريات دين شود. اضافه بر همه اينها آيه «اِنَّ اللهَ لَا يَغْفِرُ اَنْ يُشْرَكَ بِهِ وَ يَغْفِرُ مَا دُونَ ذلِكَ لِمَنْ يَشَاءُ» دليل روشنى است بر اينكه از ميان همه گنهكاران تنها مشركان هستند كه قابل بخشش نيستند و در جهنّم خلود دارند.

مدفون بودن حضرت علی(ع) در نجف آن قدر روشن است که مورد اعتراف بسیاری از علما و مورخین معتبر اهل سنت همچون یعقوبی، ابن حزم، ابن ابی الحدید، ابن صباغ مالکی و شهاب الدین خفاجی قرار گرفته است.
ضمن اینکه علما و مورخین دیگری هم چون ابن عساکر، یاقوت حموی و ابن نجار بغدادی گواهی داده اند که «مغیره بن شعبه» در محل متفاوتی از نجف یعنی در «ثویه» دفن شد.
علاوه بر همه اینها روایات زیادی از اهل بیت(ع) وارد شده که در آنها قبر آن امام را در همین محل فعلی زیارت کرده و اصحاب شان را نیز به همین کار تشویق می کردند.

علماى اسلام قائل به «عدم تحریف قرآن» بوده می گویند: 1. تاریخ گواهی می دهد که قرآن مورد عنايت همگان به ويژه مسلمانان بوده و پيامبر(ص) شخصا محافظ قرآن بود و پيوسته دستور حفظ، ثبت و ضبط آن را مى دادند. 2. شرط پذيرفتن قرآن، ضرورت تواتر آن است و همین شاهدی بر عدم تحریف آن است. 3. علماء اعجاز قرآن را بزرگترين دليل بر ردّ شبهه تحريف می دانند. 4. يكى از روشن ترين دلايل سلامت قرآن، ضمانتى است كه خداوند عهده دار شده تا قرآن را از گزند آفات مصون بدارد. 5. شيعه اماميه به پيروى از معصومین(ع) معتقدند قرآن همواره از هرگونه تحريف مصون و محفوظ بوده است.

«اعجاز قرآن»، يكى از مسائلى است كه شبهه «تحريف» را نفى مى كند. علما مسئله اعجاز را بزرگترين دليل بر ردّ شبهه تحريف دانسته اند؛ زيرا احتمال زيادت - چنانکه برخى از خوارج گفته اند سوره «يوسف» بر قرآن افزوده شده، چون يك سرگذشت عاشقانه است - و يا كاستن از قرآن - آن گونه كه «عبدالله ‌بن مسعود» گفته دو سوره «معوّذتان» جزء قرآن نيستند - همچنین احتمال تبديل كلمات قرآن، چنان كه «شيخ نوری» پنداشته؛ درباره قرآن منتفى است؛ زيرا لازمه تغییر، امكان هم آوردى با قرآن است، که در این صورت شبهه تحریف با مسئله اعجاز در تضادّ است.

بعد از جنگ نهروان، امام علی(ع) در پاسخ يارانش كه گفتند: تمام خوارج نابود شدند، فرمود: «نه؛ به خدا سوگند [اين گونه نيست] آنها نطفه هايى در پشت پدران و رحم مادران خواهند بود!». منظور امام اين است كه خوارج، اشخاص نيستند؛ بلكه يك جريانند. هم اكنون نيز گروههايي مثل وهابيون، افكار و اعمال خوارج را دنبال می كنند. آنها به بعضى از ظواهر عبادات، سخت پايبندند و گاه انجام كوچك ترين مكروهات را جايز نمى دانند ولی غالب مسلمانان شيعه و سنّى را مشرك مى شمرند و برای جان و مال و ناموس آنها هیچ ارزشی قائل نیستند.

ایشان فرمودند: «اى رسول خدا(ص)، [درباره شهادت من چه مى فرماييد؟] مگر در جنگ «اُحُد»، بعد از آنكه جمعى از مسلمانان شهيد شدند و من به سعادت شهادت نرسيدم و اين بر من سخت آمد به من نفرمودى بشارت باد بر تو كه شهادت از پى توست؟ پيامبر(ص) فرمود: اگر تو بزودى شهيد شوى چه كسى با «ناكثين»، «قاسطين» و «مارقين» پيكار مى كند؟ آرى، من به تو وعده شهادت داده ام و شهيد هم خواهى شد و محاسن تو از خون فرقت رنگين خواهد شد ...».

مسأله ضرورت «حكومت» در روايات اسلامى بازتاب گسترده اى دارد و در آنها تصريح شده كه مردم به هر حال نيازمند به امير و زمامدارى هستند، خواه نيكوكار باشد يا بدكار! و بدون حکومت نظام جامعه فاسد مى شود. مردم بدون حكومت نمى توانند زندگى كنند و حتى يك حكومت ظالم، از هرج و مرج و بى حكومتى بهتر است. از این رو امام علی(ع) می فرماید: «زمامدار ظالم و ستمگر بهتر است از فتنه [و هرج و مرجى] كه پيوسته در جامعه وجود داشته باشد».

امام علي(ع) در خطبه 176 «نهج البلاغه»، درباره سه گروه از منحرفان در دين هشدار مى دهد تا قدم در راه آنها نگذاريد: 1- گروهى كه از دين به سرعت خارج شدند؛ تصوّر مى كنند دين دارند؛ در حالى كه فاصله آنها از دين واقعى و خالص، بسيار زياد است؛ همچون خوارج نهروان. 2- گروه بدعت گذاران اند كه دين را مطابق سليقه خود تغيير مى دهند و در واقع، فكر ناقص و هواى نفس خويش را بر احكام الهى مقدّم مى دارند كه نمونه هاى آن در عصر خلفا كم نبود. 3- گروهى كه آگاهانه با احكام خدا مخالفت مى كنند و آنچه را با منافع زودگذرشان سازگار نيست به راحتى كنار مى گذارند.