اگر «حَکَمین» به آيات مختلف «قرآن» كه مستقيماً در فضيلت امام علي(ع) نازل شده مى انديشيدند، آن وقت معاويه را بر حضرت علي(ع) مقدم نمي كردند: آيا كسي كه در ركوع، انگشتر به سائل بخشيد و آيه در شأنش نازل شد و كسى كه در جاى پيامبر(ص) خوابيد و جان خود را آماده نثار كردن در راه پيامبر(ص) كرد و آيه در حقّ او نازل شد و بهترين مخلوقات بعد از پيامبر اكرم(ص) كه آيه «خير البريّه» در شأن او نازل شد، كسي جز حضرت علي(ع) بود؟

امام علي(ع) در خطبه 177 «نهج البلاغه»، درباره ردّ كردن حكم «حَكَميّت» مي فرمايد: «نظر جمعیت شما بر این قرار گرفت که دو نفر را برای حکمیت انتخاب کنند و ما از این دو پیمان گرفتیم که براساس حکم قرآن عمل کنند؛ ولی آنها با اينكه آشكارا حقّ را مى ديدند منحرف شدند؛ چون جور و ستم، خواسته دل آنها بود، بنابراين هنگامى كه منحرف شدند و حكمى بر خلاف حكم خداوند صادر كردند ما مى توانيم به استناد دليل محكم براى خود تصميم بگيريم [و حكم آن ها را دور بيفكنيم]».

امام علی(ع) پس از استقرار در كوفه به فكر حل مشكل شام افتاد. ابتدا با نوشتن نامه، سعي كرد تا معاويه را به كنار رفتن تشويق كند؛ اما وقتی ديد كه كار معاويه جز با جنگ حل نخواهد شد كوفيان را به جهاد با معاويه فرا خواند. دو سپاه در كنار رود فرات اردو زدند و پس از رايزنی های بسيار جنگ از سوی معاويه آغاز شد. در ابتدا پيروزي با كوفيان بود؛ اما بر نيزه كردن قرآن از سوی دشمن، موجب اختلاف در كوفيان و پذيرش حكميت شد. حکمیت نیز با حیله عمرو بن عاص به سود معاویه پایان یافت.

بالا بردن قرآنها بر سر نيزه ها توسط سپاه شام به دستور عمرو عاص، توطئه ای بود که از سوى منافقان و افراد نفوذى در سپاه امام على(ع) تقویت و تکمیل شد. آنها ساده لوحان سپاه امام را فریفتند و با شدّت از امام خواستند كه جنگ را متوقف كند. آنها امام(ع) را تهدید کردند که اگر دستور بازگشت به مالك ندهی تو را خواهيم كشت، در اين هنگام امام(ع) در برابر پيشنهاد حكميت، تسليم شد تا مشكل عظيم ترى را با مشكل كوچك ترى برطرف سازد.

امام(ع) درباره «ابوموسی اشعری» می فرماید: «شما كار ابو موسى اشعرى را در جنگ جمل به ياد داريد كه مى گفت: اين واقعه فتنه است، و هرگز به سوى اين ميدان حركت ننماييد، در حالى كه خودش در جنگ صفين شركت كرد. اگر او راست مى گويد كه اين جنگها فتنه است، پس شركتش بدون اجبار در اين ميدان نبرد خطا بود و اگر دروغ مى گويد، پس متهم است، و شخص متهم و دروغگو نبايد براى چنين امر مهمى؛ يعنى حكميّت برگزيده شود».

بعد از جريان حكميت، گروهى از خوارج كه خود پيشنهاد «حكميت» داده بودند، پشیمان شده و بي شرمانه به امام(ع) گفتند که اعتراف به كفر کرده و توبه نماید. ایشان در پاسخ فرمود: «طوفانى [از بلا] بر شما مسلّط شود و همه شما نابود شويد. آيا بعد از ايمانم به خدا و جهادم با رسول خدا به كفر خود گواهى دهم؟ اگر چنين كنم گمراه شده ام. [اميدوارم] به بدترين جايگاه رهسپار شويد و به سرنوشت گذشتگان خود (مشركان عصر جاهلي) دچار شوید، بدانيد كه بعد از من، ذلّت تمام وجود شما را فراخواهد گرفت و مستکبران بر شما مسلط می شوند».

امام علی(ع) بر اساس عهد نامه حکمیت به حکمین یک سال فرصت اندیشه و تصمیم گیری می دهد که با انتقاد گروهی نادان مواجه می شود، حضرت در پاسخ می فرماید: «اين فرصت برای آن بود كه ناآگاهان در جستجوى حقيقت برآيند، و آگاهان به مطالعه و مشورت پردازند و تمام جوانب مسأله را روشن سازند». سپس مى افزايد: «شايد خدا در اين فاصله، كار امت را اصلاح كند و راه تحقيق بر آنها بسته نشود، در جستجوى حق عجله نكنند». اما خوارج لجوج و ناآگاه اصرار داشتند كه به سرعت تصميم گيرى شود و سرنوشت امت را به خطر بيندازند.

شامیان پس از اغفال مردم عراق در جنگ صفین، صلح نامه ای را بر امام علی(ع) تحمیل نمودند که از این قرار بود: «اين صلح نامه ای است بین على بن ابى طالب و معاويه، كه ما تسليم حكم خدا و كتاب خدا هستيم و هرگاه دو حَكَم در قرآن حکمی در موضوع جنگ و صلح ما يافتند از آن پيروى مى كنيم در غیر این صورت به سنت پيامبر(ص) عمل مى كنیم». در ادامه دو لشكر متعد به امنیت و حفظ جان، مال، خانواده و قوم یکدیگر شدند.

خوارج با مشاهده نتیجه حکمیت، فریادشان بلند شد که چرا امام علی(ع) مساله حکمیت را پذیرفت. امام(ع) می فرماید: «به اين دو نفر حكميت داده شد، تا آنچه را قرآن زنده كرده زنده بدارند، و آنچه را به مرگ محكوم ساخته نابود كنند». آنگاه مى فرمايد: «من شما را فريب ندادم، بلکه بر اساس رأى شما اين دو نفر انتخاب شدند، ما نيز از آنها پيمان گرفتيم كه از قرآن تجاوز نكنند». در واقع افراد نادان و لجوج هنگامى كه به عواقب سوء کار خود گرفتار مى شوند به فرا افكنى پرداخته و گناه خويش را به گردن ديگران مي اندازند.

امام علی(ع) در پاسخ به انتقاد خوارج مبنی بر پذیرش حکمیت افراد عادی، می فرماید: «ما فقط قرآن را حَكَم قرار دادیم، و قرآن توسط انسان ترجمه می شود». آنگاه امام می فرماید: «دشمن ما را به حکمیت قرآن دعوت کرد، و ما گروهى نبوديم كه به كتاب خدا پشت كنيم ...».