عقیل برادر امام علی(ع) برای انجام عمره به مکه رفته بود، که شنید گروهی از سپاه معاویه به اطراف کوفه آمده اند و دست به غارت زده اند. لذا نگران شد و به امام علی(ع) نامه نوشت. امام(ع) در جواب فرمود: «من سپاهى انبوه از مسلمانان را به سوى او [ضحاك فرمانده لشكر معاويه] گسيل داشتم. هنگامى كه اين خبر به او رسيد دامن فرار به كمر زد؛ ولى سپاه من در یکی از جاده ها به او رسيد. مدت كوتاهى اين دو لشكر با هم جنگيدند که ضحاک شکت خورد، و درحالی که نیمه رمقی بیش نداشت، به سختی از مهلكه رهايى يافت».

امام علی(ع) زمانى كه ديد بعضى از يارانش به دشمن بدگويى مى كنند. فرمود: «من دوست ندارم كه شما دشنام دهنده باشيد؛ ولى اگر اعمال زشتشان را شرح دهيد و احوال آنها را بيان كنيد، به گفتار صحيح نزديك تر و براى اتمام حجّت رساتر است. شما بايد به جاى دشنام چنين مى گفتيد: پروردگارا خون ما و آنها را حفظ كن! ميان ما و آنها را اصلاح فرما! و آنان را هدايت نما تا كسانى كه جاهلند حق را بشناسند و آنها كه گمراهند و بر دشمنى با حق اصرار می ورزند از آن دست بردارند و [به راه راست] بازگردند».

امام علی(ع) در ارتباط با آسیب های فرار از میدان جنگ به اصحاب هشدار داده و می فرماید: «به خدا سوگند اگر از شمشير دنيا فرار كنيد از شمشير آخرت در امان نخواهيد بود». مقصود امام از شمشير آخرت، عذابهاى الهى است زیرا ممکن است فرار چند نفر سبب شكست و يا ضربات جبران ناپذيرى گردد. سپس مى فرمايد: «به یقین در فرار بزرگان، خشم الهى و ننگ جاودان است». آری ممکن است کسی گمان کند که با فرار بیشتر عمر می کند آما این به خشم خدا، ذلّت و ننگ ابدى نمى ارزد.

امام علی(ع) در تشویق اصحاب برای نبرد با شامیان می فرماید: «كيست كه با سرعت با جهاد به سوى خدا رود، بهشت در سايه نيزه هاست». مقصود حضرت كسانى است كه از روى اراده و عشق به شهادت، گام در میدان نبرد می گذارند. سپس مى فرمايد: «امروز با آزمایش اعمال، مدعيان راستين و دروغين از هم شناخته مى شوند». سپس مى فرمايد: «به خدا سوگند! من به مبارزه با شاميان از آنها به خانه هاشان شايق ترم». در واقع آنان انگيزه اى براى جهاد ندارند و علاقمندند زودتر به خانه هایشان بازگردند ولى من شوق جهاد با دشمنان را در دل دارم.

امام علی(ع) در مورد جنگ با «اصحاب جمل»، «صفّين» و «نهروان» مي فرمايد: «آگاه باشيد! خداوند مرا به نبرد با ستمگران، پيمان شكنان و مفسدان در زمين امر فرموده؛ اما با «ناكثين» [اصحاب جمل] نبرد كردم و با «قاسطين» [اصحابِ معاويه] جهاد نمودم و «مارقين» [خوارجِ نهروان] را بر خاك مذلّت نشاندم، اما «شيطان ردهه» (رئيس خوارج) با صاعقه اى كه بر او فرود آمد به گونه اى كه تپش قلب و لرزش سينه اش شنيده شد، شرّ او از من دفع گرديد، و گروه ديگرى از ستمگران باقى مانده اند كه اگر خداوند به من اجازه حمله ديگرى بدهد آنها را از ميان برداشته و دولت حقّ را به جاى آنها قرار مى دهم».

امام علي(عليه السلام) در نامه 16 «نهج البلاغه» هفت دستور مهم جنگى را در عباراتى كوتاه بيان مى كند: «از فرار و عقب نشينى هايى كه پس از آن، حمله تازه اى به دشمن است نگران نباشيد و همچنين از جولانى كه بعد از آن حمله صورت مى گيرد ناراحت نشويد، حق شمشيرها را ادا كنيد و جاى درغلطيدن دشمن را مهيا سازيد، خود را براى زدن سختترين نيزه و شديدترين ضربه شمشير بر پيكر دشمن به هيجان در آوريد، صداها را خاموش كنيد كه در بيرون راندن سستى بسيار مؤثر است».

معاویه و سپاهش در جنگ صفین آب فرات را بر روی امام علی(ع) و یارانش بست و گفت: اجازه نمی دهیم از این آب استفاده کنند تا از تشنگی بمیرند. اشعث بن قيس و اشتر به دستور امام با دشمن جنگیدند تا آنان را از اطراف شریعه فرات دور کردند و بر آب مسلط شدند؛ آنگاه امام به یارانش فرمود: اجازه دهيد كه شامیان هم از آب بردارند.

در جنگهایی که دشمنان امام علي(ع) بر حضرت تحمیل كردند، امام هيچ گاه آغاز گر جنگ نبود؛ بلکه در تمام آنها، امام علی(ع) از هر فرصتی استفاده می کرد تا از جنگ و خون ریزی جلو گیری نماید. در ماجرای جنگ صفین نیز طبق نقل طبری در نخستين ماه آن سال، يعنى محرّم، به اميد صلح، سفيرانى را به نزد معاویه گسیل داشت تا معاویه را متقاعد کنند تا از جنگ و خونریزی دست بردارد. ولی معاويه در پاسخ گفت: از نزدم دور شويد كه ميان من و شما، چيزى جز شمشير نیست. و بلاخره جز به جنگ و خونریزی رضایت نداد.

امام علی(ع) در ارتباط با لزوم هماهنگی لشگریان و برای کاستن از آسیب های احتمالی می فرماید: «هر كس كه دارای قوت قلب بيشترى است بايد به شكرانه شجاعتى كه خدا به او بخشيده، از برادران ضعیف خود دفاع و حمايت كند». در واقع اگر همكارى و هماهنگى در بین لشكریان نباشد، همه آسيب مى بينند، زيرا دشمن با شناسایی بخش ضعيف تر بر آنان مسلط شده و لشگر در معرض شکست قرار می گیرد. از این رو علاوه بر مسأله شكرانه، سياست جنگى نيز ايجاب مى كند كه بخشهاى نيرومندتر، در حمايت و دفاع از بخش ضعیف تر كوتاهى نكنند.

ایشان در فرازی از این تعالیم می فرماید: «كسانى را كه زره بر تن دارند پيشاپيش صفوف قرار دهيد و آنها كه زره ندارند پشت سر آنان قرار گيرند. دندانها را روى هم بفشاريد كه اين كار تأثير شمشير را بر سر كمتر مى كند». همچنین ایشان در برخی تعالیم جنگی که جنبه روانى دارد به یاران مى فرمايد: «به انبوه و آخر لشكر دشمن نگاه نكنيد چرا كه مايه آرامش و قوت و قدرت است».