از ويژگی های قرآن، عدم وجود اختلاف و تناقض در آن است. با اين وجود از ديرباز كسانى مى پنداشتند در قرآن، اختلاف و تناقض هست و در اين باره پرسش‌هايى مطرح مي كردند. ضمن اینکه از احاديث فراوان به دست مى آيد كه در آن دوران، شبهه وجود تناقض در قرآن، به طور گسترده مطرح بوده و بدين جهت تأكيد شده: كه پيرامون آن نگرديد؛ چون گمانى بيش نيست كه بدخواهان رواج داده‌اند و در دستورات بزرگان دين، پاسخ هاى فراوان ارائه شده است.

در گزارشات تاريخی دو كتاب‌ به امام حسن عسكری(ع) منسوب شده است. يكی کتاب تفسیری است که شامل تفسیر سوره حمد و قسمتی از سوره بقره است. اين كتاب موافقان و مخالفاني دارد و اشكالاتی به آن وارد شده، که پاسخ هايی نیز به آن داده اند. دوم كتاب «المقنعة» است که «ابن شهر آشوب» آن را به امام(ع) منسوب کرده است، که اين كتاب مشتمل بر علم حلال و حرام است.

این کتاب که یکی از منابع کم نظیر و بسیار مهم در زمینه تفسیرآیات متشابه قرآن به شمار می رود توسط رشیدالدین ابوجعفر محمد بن علی بن شهر آشوب مازندرانی معروف به ابن شهر آشوب (م 588 ق) تالیف شده است. ابن شهر آشوب که یکی از دانشمندان بزرگ شیعه و جامع علوم و فنون بود و مورد اعتماد شیعه و سنی می باشد، این کتاب را بنا به در خواست عده‌ای از فضلای زمان خود برای روشن ساختن معنای آیات متشابه قرآن و زدودن اختلافات موجود در زمینه این آیات نوشته است.

در زمان «غيبت كبری» دو نامه از ناحيه حضرت مهدى(عج) براى شيخ مفيد صادره شده است. نامه اول در اواخر ماه صفر سال 410 هجرى، سه سال قبل از وفات شيخ مفيد و نامه دوم در سال 412 هجرى يعنى يك سال قبل از وفات شيخ به دست او رسيده است. هر دو نامه به املاى حضرت مهدى(عج) و خط برخى از ثقات و معتمدين نزد امام زمان(عج) بوده است و به خاطر اجماع علما و همچنین مضامین عالی آنها سند این دو نامه معتبر است.

در مورد مفاد صلح نامه امام حسن(ع) و معاویه در مدارک تاریخی اتفاق نظر کاملی وجود ندارد و شايعات و غرض ‌ورزی های مورخين و راويان باعث آشفتگی در اين زمينه شده است. بزرگ نمایی پاره ای از مواد به همراه سانسور سایر بندهای صلح نامه، جعل موادی غیر واقعی و نادرست و بی توجهی به ذکر شروط اساسی، موجب تحریف در نقل های تاریخی شده است. صرفه نظر از این موارد، نقل های مختلف و پراکنده ای درباره مواد این صلح نامه وجود دارد که هر کدام قسمتی از متن اصلی را یادآور شده اند.

«یعقوب بن اسحاق کندی» فیلسوف عرب در عصر خود، دست به تألیف کتابی در باب تناقضات قرآن زد. روزی امام حسن عسكری(ع) به يكی از شاگردان او فرمود: از كندی سوال كن كه آیا از نظر شما ممکن است منظور قرآن غیر از آن معانی باشد که شما گمان کرده ايد؟ خواهد گفت ممکن است؛ زیرا اهل فهم است. پس بگو: چه می‌دانی؟ شاید مراد قرآن غیر از آن باشد که تو می‌فهمی و سخنان آن برای معانی دیگری به کار گرفته شده باشد. كندی پس از شنيدن اين سخن، متوجه اشتباهش شد و همه آنچه را که نوشته بود، سوزاند و از بین برد.

ابن شهر آشوب مى نويسد: اشعار ابوطالب که ايمان او را مى رساند بيشتر از سه هزار بيت. است از جمله در وصيتش اين چنين مي سرايد: «چهار نفر را به یارى پیامبرِ خوبى، سفارش مى کنم: فرزندم على و بزرگ قوم عبّاس و حمزه شجاع حامىِ حقیقت نبوى و جعفر را سفارش مى کنم در مقابل مردم از او دفاع کنید . مادرم و اولادش فداى شما باد! در یارى رساندن به احمد ، در مقابل مردم سپر باشید».

تمام علمای شیعه و غالب اهل سنت قائل اند که علی بن ابی طالب(ع) نخستین مردی بوده که به پیامبر(ص) ایمان آورده است و شاهد بر این مطلب روایاتی است که از ناحیه شیعه و سنی نقل شده است.

ابوعبد الله (ابوجعفر) رشیدالدین محمد بن علی بن شهر آشوب مازندرانی (488ق ـ 588ق) یکی از مشهور ترین محدثان، مورخان، مفسران و متکلمان شیعه در قرن ششم هجری به شمار می رود. او در مازندران رشد یافت و در همانجا به جایگاه و درجات والای علمی و اجتماعی رسید. سپس  به سمت بغداد روانه شد و در آنجا به تدریس و تبلیغ معالم و معارف تشیع پرداخت. به دلیل سخنرانی های دلنشین و عمیق، وی به سرعت در میان اهل بغداد به  جایگاه والایی یافت. او به شهرهای مختلف ایران، عراق و شام مسافرت کرد و در نهایت در حلب (سوریه) ساکن و در همان دیار از دنیا رفت. البته برخی از محققان وفات او را در شهر بارفروش از توابع مازندران ذکر کرده اند.

این کتاب که نام کامل آن «معالم العلماء فی فهرست کتب الشیعه و اسماءالمصنفین منهم، قدیماً و حدیثاً» است توسط رشیدالدین ابو عبدالله محمد بن علی بن شهر آشوب مازندرانی (م 588 ق) تالیف شده است. او این کتاب را به عنوان تتمیم کتاب الفهرست شیخ طوسی نگاشته است تا برخی از دانشمندان بزرگ شیعه را که در کتاب الفهرست نامی از آنها نیامده - بویژه دانشمندان پس از شیخ - در یک مجموعه جمع کند. او حدود ششصد کتاب را به همراه نویسندگانش در این کتاب بر شمرده است.