در نوشته هاى برخى از قدما آمده كه در برخى سوره ها، آياتى برخلاف اصل سوره آمده است؛ يعنى اگر سوره اي مكّي است برخى آياتِ آن مدني و اگر مدني است برخى آيات آن مكّي است؛ اما این سخن صحیح نیست. يعني هر سوره اى كه مكّي است تمام آيات آن مكّي است و هر سوره اى كه مدني است تمام آيات آن مدني است.
ایشان می فرماید: «خاندانِ پیامبر(ص) بهترين خاندانها، شجره فاميل او [بنى هاشم] بهترين شجره ها، شاخه هايش موزون و ميوه هايش در دسترس همگان قرار داشت. زادگاهش مكّه [مركز خانه خدا] و هجرت گاهش، مدينه طيّبه [مركز جمعى از پاكبازان] بود. آوازه اش از آن شهر برخاست و صدايش از آنجا به همه رسيد، خداوند او را با دليل كافى و اندرز شافى و دعوت اصلاح گرانه، فرستاد، خداوند به وسيله او احكام ناشناخته [الهى] را آشكار ساخت و بدعت هايى كه به نام دين در شريعت الهى وارد شده بود ريشه كن كرد و احكامى را كه اكنون نزد ما روشن است بيان داشت».
امام علی(ع) در پاسخ به خواسته ناروای معاویه مبنی بر واگذاری حکومت شام، می فرماید: «و اما اينكه از من خواسته اى شام را به تو واگذارم [و در برابر آن نه بيعت كنى و نه اطاعت، بلكه فعال ما يشاء باشى بدان] من چيزى را كه ديروز از تو منع كردم امروز به تو نخواهم بخشيد»؛ زيرا آن منع به سبب حكم الهى بوده كه امارت هيچ بخشى از حكومت اسلامى را نبايد به ظالمان و مفسدان داد و اين حكم همچنان به قوت خود باقى است؛ اين مسئله امرى سياسى و گذرا نبوده كه با تغيير شرايط سياسى عوض شود. اين سخن در واقع پاسخى است به كسانى كه مى گويند آيا بهتر نبود امام(ع) به طور موقّت شام را به معاويه واگذار مى كرد و بعد از استقرار حكومت خود، از او پس مى گرفت.
در روایات اسلامی تعبیرات مهمی درباره ایشان آمده است؛ از جمله اینکه: جعفر در قیامت بر ابلاغ رسالت انبیاء گواهی خواهد داد. او پس از حضرت علي(ع) و زيد سومين نفري بود كه به پیامبر(ص) ايمان آورد و به خاطر علاقه فراواني كه به فقرا و مستمندان داشت از سوي پيامبر(ص) به ابوالمساكين ملقب گشت و درباره او فرمود: «تو از نظر خلقت و خوى شبيه منى». علاوه بر این جعفر رئيس مهاجران به حبشه بود و دو هجرت داشت (هجرت به سوى حبشه و هجرت به سوى مدينه) و به دو قبله نماز خواند (در آغاز اسلام به سوى بيت المقدس و سپس در مدينه به سوى كعبه) و دو بار با پيغمبر(ص) بيعت كرد (بيعتى در آغاز اسلام و بيعتى در فتح مكّه).
عقيل برادر اميرمؤمنان(ع) است و با هم از يك پدر و مادر هستند. او پسر دوم ابوطالب می باشد و بيست سال از امام علی(ع) بزرگتر بوده است. از مجموع آنچه درباره او نقل شده، چنين استفاده مى شود كه او مرد با ايمان و نيك نفسى بود، ولى از نظر روحى ضعيف بود و اگر گاهى لغزشى از او سرزده به علت همين ضعف بود. يكى از امتيازات او آگاهى وسيعش نسبت به علم انساب بود؛ قبائل عرب را خوب مى شناخت و از نسبهاى آنها آگاه بود. حتی بعضى او را يكى از نسب شناسان چهارگانه عرب شمرده اند.
امام علی(ع) در فرازی از خطبه 105، به شایستگی و نجابت پیامبر اسلام(ص) اشاره کرده و می فرماید: «... در كودكى شايسته ترين مخلوق و در بزرگسالى نجيب ترين و شايسته ترين آنان بود. اخلاقش از همه پاكان، پاكتر و باران جود و سخايش از همه با دوام تر بود». به گواه تاریخ نیز، پیامبر(ص) مظهر بارز صفات پسندیده ای همچون درایت، تواضع، محبت، عفو و گذشت، سخاوت و زهد و ... بود.
«حرقوص بن زهیر» رئيس خوارج نهروان بود و به علت داشتن زائده ای همانند پستان بر بازو، به «ذوالثديه» معروف شد. وي در ماجرای تقسیم غنائم در غزوه حنین به پیامبر(ص) اعتراض كرد و پيامبر(ص) نيز به او فرمود: واى بر تو! اگر من به عدالت رفتار نكنم، چه كسى به عدالت رفتار خواهد كرد؟»، پيامبر(ص) درباره اش پيشگوئي كرد كه: «پيروانى خواهد يافت كه از دين به در خواهند شد؛ همان گونه كه تير از كمان به در مى شود. آنها قرآن مى خوانند ولى از شانه و گلوگاهشان فراتر نمی رود. نشانه آنان وجود مردى است كه بر يكى از دستانش زائده ای چون پستان زنان دارد».
امام علی(ع) با اشاره به ارتباط نزدیک خود با پیامبر(ص) می فرماید: «شما منزلت و مقام مرا در نزد پیامبر(ص) مى دانيد، او مرا در دامان خويش در حالى كه كودك بودم مى نشاند و [همانند فرزندش] مرا به سينه خود مى فشرد و در بستر خويش در كنار خود مى خوابانيد، به گونه اى كه بدن خود را [همچون يك پدر بسيار مهربان] به بدن من مى چسبانيد و بوى خوش خود را به مشام من مى رساند و غذا را مى جويد و در دهان من مى گذاشت و ...».
امام علي(ع) درباره توطئه هاي ابوسفيان و اطرافيانش بر ضد مسلمانان مي فرمايد: «آنها انواع غم و اندوه را به جان ما ريختند و هرچه مى توانستند درباره ما بدى كردند و ما را از زندگى خوش و راحت بازداشتند و با ترس و وحشت قرين ساختند و ما را مجبور كردند كه به كوهى سنگلاخ و صعب العبور پناه بريم و آتش جنگ را بر ضد ما افروختند». آزارهايى كه در مكّه بر پيغمبر(ص) و يارانش رساندند، آنها را مسخره و سنگباران نمودند، يارانش را شكنجه كردند و سه سال در محاصره اقتصادي قرار دادند. عهدنامه معروفي را نوشتند كه هيچ كس با مسلمانان رفت و آمد نكند، نه چيزى به آنان بفروشند نه بخرند، نه از آنها زن بگيرند نه زن بدهند.
امام علي(ع) درباره عدم صلاحیت معاویه برای زمامداری هشدارهائي داده است، از جمله اينكه: «اى معاويه! چه زمانى شما حاكمان و مدبران رعيّت و واليان امر امّت اسلامى بوده ايد آن هم بدون سبقت در اسلام و شرافت والاى معنوى؟! و تو را برحذر مى دارم از اينكه در طريق غفلت ناشى از آمال و آرزوهاى دراز همچنان به راه خود ادامه دهى، تو را برحذر مى دارم از اينكه آشكار و نهانت يكسان نباشد [در ظاهر دم از اسلام بزني؛ ولى در باطن در راه شرك و افكار جاهليّت گام بردارى]».
قالَ الباقر عليه السّلام :
بَلا فى اِثْنَيْنِ مِنْ اَصْحابِهِ قالَ: فَلمّا مَرَّبِها تَرَقْرَقَتْ عَيْناهُ لِلْبُکاءِ ثُمَّ قالَ: هذا مَناخُ رِکابِهِمْ وَ هذا مُلْقى رِحالِهِمْ وَهيهُنا تُهْراقُ دِماؤُهُمْ، طوبى لَکِ مِنْ تُرْبَةٍ عَلَيْکِ تُهْراقُ دِماءُ الاحِبَّةِ.
بحارالانوار، ج 44، ص 258