انحرافات تدریجی پیش آمده در جامعه اسلامی سبب قیام امام حسین(ع) علیه آنها شد. این حقیقت، در سخنان آن حضرت که هدف حرکت اصلاح طلبانه خود را امر به معروف و نهی از منکر و احیای سنت رسول خدا(ص) و امام علی(ع) معرفی می کند به راحتی قابل مشاهده است. ایشان اگرچه خود را برای حکومت محق تر از هر کس می دانستند و این موضوع را بارها هنگام توضیح دلایل شان برای سرباز زدن از بیعت با یزید، صریحا اعلام کردند، اما سخنان مرگ آگانه شان در کنار عدم انصراف از ادامه مسیر کوفه هنگام رسیدن خبر خیانت کوفیان، بهترین گواه بر این حقیقت است که هدف والای حضرت اباعبدالله نه سودای قدرت و حکومت، بلکه قیام برای اصلاح جامعه اسلامی بود.
بله در این مسیر اگر امور به گونه ای جریان می یافت که حضرت می توانست با رهبری یک حکومت متمرکز در کوفه، به اهداف اصلاح گرانه شان جامه عمل بپوشانند، حتما از چنین امری استقبال می کرد، اما از آنجایی که افق نگاه حضرت بسیار بلند و هدف گذاری های شان سطح بندی های مختلفی داشت، با محقق نشدن آن هدف نیز ایشان به گونه ای دیگر به هدف اصلاح گرانه شان رسیدند یعنی با تقدیم خون خود و اصحاب با وفای شان و رسوا ساختن بنی امیه.
درباره چرایی همراه ساختن خانواده نیز باید گفت که این رفتار علاوه بر حکمتی که در رسواسازی حکومت اموی به وسیله سخنرانی های حضرت زینب و سایر افراد کاروان اسیران داشت، امری مرسوم در بین اعراب آن زمان بوده است، آن چنان که می بینیم که حتی پیامبر(ص) نیز در جنگ های شان، همسران شان را همراه با خود می بردند.

اولا: صلح، بدون رضایت امام(ع) به ایشان تحمیل شد؛ ایشان جنگ با فردی چون معاویه را بر صلح ترجیح می دادند. چنانکه خود ایشان خطاب به منتقدین صلح می فرمایند: «اگر یارانى داشتم شبانه روز با او مى‏ جنگیدم تا کار یکسره شود» و خطاب به معاویه می فرمایند: «اگر قرار به جنگ باشد پيش از هر كس بايد با تو بجنگم. چه مبارزه با تو از جنگ با خوارج لازم تر است».

ثانیا: امام حسن(ع) نه تنها هیچ گاه معاویه را تایید نکرد، بلکه همواره از انتقاد نسبت به معاویه دست نکشید و همواره با بیانات و اقدامات خود اعلام می کرد که خلافت معاویه را به رسمیت نمی شناسد. مناظره های آن حضرت با معاويه و مزدوران و طرفداران او شاهد اين معنا است.

ثالثا: معاویه فردی نیست که با پذیرش اجباری صلح توسط امام حسن(ع) تطهیر شود؛ گرچه معاویه با حجّت ظاهری مسلمان نامیده می شود، ولی منابع تاریخی اهل سنّت او را در حد یک منافق متظاهر، یک فرد فاسق و جنایت کار، یک حاکم بدعت گذار و دغل کار معرفی می کنند!

اگر كسی بگويد امام علی(ع) بر اسب، زكات مقرر فرمود و امام جواد(ع) هم بر خمس واجب معمولی خمس ديگری مقرر نمود؛ پس امامان هم حق تشريع و قانون گذاري داشته اند در جواب بايد گفت: كه در اينجا احكام حكومتى با احكام كلّى شرعى اشتباه شده است. احكام كلّى همان قوانين ثابتى است كه تا روز قيامت برقرار است؛ ولى احكام حكومتی، احكامى است كه به خاطر ضرورت ها به طور موقّت قرار داده مى شود مانند حكم تحريم تنباكو كه در يك روز وضع شد و در روز ديگرى برداشته شد.

در كوفه تاجرى بود كه به سادات قرض مى‌ داد و آن را به نام امام علي(ع) ثبت می كرد. مدّتی بعد ورشكسته شد و به سراغ بدهكارانش رفت؛ اما فايده ای نكرد. يك روز مردى از روى تمسخر به او گفت: آيا كسى كه هميشه به نام او قرض می دادى به دادت رسيد؟ تاجر اندوهگين شد. در خواب ديد كه پيامبر(ص)، به حضرت علی(ع) دستور دادن طلب تاجر را داد. امام هم كيسه اى با هزار اشرفى به او داد و فرمود: از اين به بعد هر كدام از فرزندانم قرض خواست به او بده. بعد از بيداری دفترش را نگاه كرد و ديد، قرض ها به ‌نام امام(ع) محو شده است.

مدفون بودن حضرت علی(ع) در نجف آن قدر روشن است که مورد اعتراف بسیاری از علما و مورخین معتبر اهل سنت همچون یعقوبی، ابن حزم، ابن ابی الحدید، ابن صباغ مالکی و شهاب الدین خفاجی قرار گرفته است.
ضمن اینکه علما و مورخین دیگری هم چون ابن عساکر، یاقوت حموی و ابن نجار بغدادی گواهی داده اند که «مغیره بن شعبه» در محل متفاوتی از نجف یعنی در «ثویه» دفن شد.
علاوه بر همه اینها روایات زیادی از اهل بیت(ع) وارد شده که در آنها قبر آن امام را در همین محل فعلی زیارت کرده و اصحاب شان را نیز به همین کار تشویق می کردند.

منابع معتبر پنهان ماندن مرقد مطهر امام علی(ع) در مقطعی از تاریخ را بنابر وصیت خود حضرت و به جهت مصون ماندن از هتاکی های وحشیانه عمال و مزدوران بنی امیه می دانند. قداست منحصر به فرد مرقد امام علی(ع) و مقام با شرافت و عوامل دیگر ایجاب می نمود تا حرمت این مزار حفظ شود. پنهان نگاه داشتن مرقد مطهر حضرت می تواند به دلیل عدم شناسایی و حفظ جان شیعیان زائر حضرت نیز باشد. در زمان امام صادق(ع) که تعرض به شیعیان کمتر بود مکان فعلی توسط ایشان معرفی گردید.

هنگامی که شرارتهاى خوارج بالا گرفت، امام علی(ع) به سوی آنها رفت تا كارشان را يكسره كند. ایشان درباره سرنوشت خوارج دو خبر غيبى بیان نمود. یکی اینکه در جواب کسانی که خبر دادند خوارج از نهر عبور کرده اند، فرمود: «آنها از نهر عبور نخواهند کرد، زیرا قتلگاه آنها در اين طرف نهر است» و دیگر اینکه فرمود: «از آنها ده نفر نجات نخواهد يافت و از شما ده نفر كشته نخواهد شد». همان طور كه حضرت خبر داده بود، آنها در همان طرف نهر کشته شدند و تنها نه نفرشان از مرگ نجات یافته و از سپاه امام نيز هشت نفر شهيد شدند.

امام علي(ع) در آغاز نامه 38 نهج البلاغه، توصيف بليغى از مردم «مصر» مى كند و مى فرمايد: «اين نامه، از بنده خدا على اميرمؤمنان به سوى مردمى است كه براى خدا خشمگين شدند، در آن هنگام كه در زمينش عصيان شده و حق او از بين رفته بود، در آن هنگام كه جور و ستم خيمه خود را بر سر نيكوكار و بدكار و حاضر و مسافر زده بود، زمانى كه نه معروف و نيكى وجود داشت كه انسان در كنارش احساس آرامش كند و نه از منكر و زشتى ها اجتناب مى شد [تا مشمول لطف خدا گردد]».

«زیاد» در ابتدا از یاران امیرالمومنین(ع) محسوب می شد و تا زمان صلح امام حسن(ع) نیز در کنار ایشان ماند. او فردی هوشیار، سخنور و توانمند بود که از طرف امام على(ع) به فرماندارى «فارس» رسيد و آن را با موفقیت اداره کرد؛ اما بعدها، معاويه از نقطه ضعف او كه حبّ جاه و مقام بود استفاده كرد و او را فریفت. زياد نیز براى تثبيت حكومتش، به سركوب قيام هاى مردمى بر ضد معاويه پرداخت. مخصوصاً شيعيان را هر جا که مى یافت به قتل مى رساند و جنايات بى شمارى مرتكب شد كه چهره او را در تاريخ اسلام تیره و تار كرده است.

امام علی(ع) در نامه 46 نهج البلاغه، به تمجید يكی از يارانش می پردازد كه ظاهرا بر مالک اشتر انطباق دارد. ایشان می فرماید: «تو از كسانى هستى كه من براى برپا داشتن دين از آنها كمك مى گيرم و سركشى و تكبر گنهكاران را به وسيله آنان درهم مى شكنم و گلوگاه هاى خطرناك را به كمك آنها حفظ مى كنم». اين تعبيرات نشان مى دهد كه امام(ع) گروهى از افراد شجاع و صاحب معرفت را انتخاب كرده تا در امور حساس و مهم از آنان كمك بگيرد و مخاطب اين نامه كه مالك اشتر است يكي از آنها است.