هنگامی که شرارتهاى خوارج بالا گرفت، امام علی(ع) به سوی آنها رفت تا كارشان را يكسره كند. ایشان درباره سرنوشت خوارج دو خبر غيبى بیان نمود. یکی اینکه در جواب کسانی که خبر دادند خوارج از نهر عبور کرده اند، فرمود: «آنها از نهر عبور نخواهند کرد، زیرا قتلگاه آنها در اين طرف نهر است» و دیگر اینکه فرمود: «از آنها ده نفر نجات نخواهد يافت و از شما ده نفر كشته نخواهد شد». همان طور كه حضرت خبر داده بود، آنها در همان طرف نهر کشته شدند و تنها نه نفرشان از مرگ نجات یافته و از سپاه امام نيز هشت نفر شهيد شدند.

«فتنه» به حوادث پیچیده ای گفته مي شود که ماهیت آن روشن نیست و ظاهری فریبنده و باطنی مملو از فساد دارد و جوامع انسانی را به بی نظمی، تباهی، فساد اموال و اَعراض و ... می کشاند. علل فتنه ها بیشتر از اختلافات ناشي مي شود و دو جناح، بی فکر و بی مطالعه، به جان هم می افتند و فضای جامعه را تیره و تار می سازند. فتنه ها، باعث مي شود كه گردبادهاى حوادث و ناامنى، همه چيز را از بيخ و بُن بر كَند و نابود سازد. «فتنه جمل»، «فتنه شامیان» و «فتنه خوارج» نمونه هاي بارز از فتنه در دوران حکومت امام علي(ع) هستند.

«حرقوص بن زهیر» رئيس خوارج نهروان بود و به علت داشتن زائده ای همانند پستان بر بازو، به «ذوالثديه» معروف شد. وي در ماجرای تقسیم غنائم در غزوه حنین به پیامبر(ص) اعتراض كرد و پيامبر(ص) نيز به او فرمود: واى بر تو! اگر من به عدالت رفتار نكنم، چه كسى به عدالت رفتار خواهد كرد؟»، پيامبر(ص) درباره اش پيشگوئي كرد كه: «پيروانى خواهد يافت كه از دين به در خواهند شد؛ همان گونه كه تير از كمان به در مى شود. آنها قرآن مى خوانند ولى از شانه و گلوگاهشان فراتر نمی رود. نشانه آنان وجود مردى است كه بر يكى از دستانش زائده ای چون پستان زنان دارد».

عقيل برادر اميرمؤمنان(ع) است و با هم از يك پدر و مادر هستند. او پسر دوم ابوطالب می باشد و بيست سال از امام علی(ع) بزرگتر بوده است. از مجموع آنچه درباره او نقل شده، چنين استفاده مى شود كه او مرد با ايمان و نيك نفسى بود، ولى از نظر روحى ضعيف بود و اگر گاهى لغزشى از او سرزده به علت همين ضعف بود. يكى از امتيازات او آگاهى وسيعش نسبت به علم انساب بود؛ قبائل عرب را خوب مى شناخت و از نسبهاى آنها آگاه بود. حتی بعضى او را يكى از نسب شناسان چهارگانه عرب شمرده اند.

در اینکه منظور امام(ع) از «کور کردن چشم فتنه»، كدام «فتنه» است؟ چهار تفسير وجود دارد: 1. فتنه «جنگ جمل». 2. فتنه «خوارج» در نهروان. 3. فتنه «معاویه» و «جنگ صفین». 4. فتنه به مفهوم عامّ آن كه از زمان رسول خدا(ص) در جنگ بدر آغاز شد و تا زمان امام علي(ع) ادامه يافت. در ميان اين تفاسير، تفسير اوّل كه اشاره به جنگ جمل دارد با تعبيرات خطبه، مناسب تر به نظر مى رسد.

«فتنه» به حوادث پیچیده ای گفته مي شود که ماهیت آن روشن نیست و ظاهری فریبنده و باطنی مملو از فساد دارد و جوامع انسانی را به بی نظمی، تباهی، فساد اموال و اَعراض و ... می کشاند. علل و عوامل فتنه ها بیشتر از اختلافات ناشي مي شود و دو جناح، بی فکر و بی مطالعه، به جان هم می افتند و فضای جامعه را تیره و تار می سازند. «فتنه جمل»، «فتنه شامیان» و «فتنه خوارج» نمونه هایی بارز از فتنه در دوران حکومت امام علي(ع) محسوب می شوند.

آن حضرت در تمام مدت زندگی خود با رسول خدا(ص) مأنوس بوده و حتی در وقت نماز از آن حضرت جدا نمی‌شد. رسول خدا(ص) سخت به او و برادرش اظهار علاقه کرده و با جملاتی گوشه‌ای از فضایل آنها را برای اصحاب بازگو کردند. در آثار حدیثی، شمار زیادی فضیلت برای حسنین نقل شده است که بسیاری از آنها نظیر حدیث «اَلْحَسَنُ وَ الْحُسَیْنُ سَیِّدَا شَبَابِ أَهْلِ الْجَنَّةِ» متواتر است. از آن حضرت درباره امام حسین(ع) فضایل اختصاصی نیز آمده است که یکی از مشهورترین آنها، روایت «حُسَیْنٌ مِنِّی وَ أَنَا مِنْ حُسَیْنٍ» است.
امام حسین(ع) در جنگ‌های جمل، صفین و نهروان حضور داشت و در کنار پدر به جنگ با پیمان ‌شکنان و ظالمان پرداخت. امام حسین(ع) در دوره امامت برادرش، به طور کامل از سیاست وی دفاع می‌کرد. آن حضرت در فاصله ده سال به اجبار، حکومت معاویه را تحمل کردند. مناسبات امام و معاویه و گفتگوهایی که در مواقع مختلف صورت گرفته، نشان از تسلیم‌ناپذیری امام از لحاظ سیاسی در برابر پذیرش مشروعیت قطعی معاویه است.
امام حسین(ع) از کنار صفه‌ای می‌گذشتند، در آن حال دیدند که گروهی از فقرا مشغول خوردن طعامی هستند. آنها از حضرت خواستند تا همراهی‌شان کند. امام فرمودند: «خداوند متکبران را دوست ندارد». آنگاه پایین آمده با آنها غذا خوردند. پس از آن به آنان فرمودند: «شما مرا خواندید و من اجابت کردم، اکنون من شما را می‌خوانم و شما اجابت کنید». آن وقت حضرت روی به رباب کرده و فرمودند: «هر چه آماده کرده‌ای حاضر کن». در نقلی هم آمده است که کنیزی دسته ریحانی را تقدیم امام حسین(ع) کرد؛ حضرت در برابر، او را آزاد کردند!

کوفه، از مراکز شیعه در طول حکومت بنی امیه بود و از شيعيان و گروهي با افکار خارجی، تشكيل شده بود. گروهی دیگر با عنوان «اشراف»، کم و بیش با بنی امیه هم‌داستان بودند. به گواه تاريخ، مردم عراق تنها با شمشیر رام می‌شدند و استبداد حكامي مثل زیاد، عبیدالله و یا حجاج، شاهدي بر این موضوع است. تشبيه مردم كوفه به زن حامله ‌که پس از تحمل درد دوران حمل، بچه‌ش را سقط می‌کند و شتران بی‌سرپرست که از یک سو گرد هم آمده و از سوی دیگر پراکنده ‌مي‌شوند از سوي امام علي(ع) قابل تأمل است.
اصولا مردم عراق روحیه خود را در برخورد با حکام در طول صد سال نشان دادند. غروری که این مردم در طی سال‌های فتح ایران به دست آورده بودند، سبب شده بود تا بر مدینه پیامبر مسلط باشند و هرگاه عزل حاکمی را می‌خواستند، حتی عمر را بر آن می‌داشتند تا حاکم مورد نظر را خلع کند. از اين رو چهره‌هایی که اهل حیله و نیرنگ نبودند، مغلوب به نظر می‌آمدند. عمار بن یاسر به عنوان یک انسان پاک و سعد بن ابی وقاص به عنوان یک شخصیت غیر سیاسی، از افرادی بودند که نتوانستند در کوفه دوام بیاورند؛ اما مغیرة بن شعبة به عنوان یک فاجر قدرتمند (آن چنان که عمر او را توصیف کرد) توانست تا مدتها بر کوفه حکم براند.

در جريان جنگ «صفين» و بر اثر قرآن به نيزه كردن معاويه، گروهي از سپاهيان امام علي(ع) با شعار «لا حكم الا لله»، امام(ع) را به پايان دادن جنگ و پذیرش «حكميت» مجبور کردند. پس از انحراف در قضيه «حكميت»، آنان از لشكر امام(ع) جدا شده و در منطقه «حروراء» اجتماع كرده و بر عليه حكومت امام(ع) شوريدند. امام(ع) تلاش‌های بسياری به عمل آورد تا آنها را به راه راست هدايت کند و گروه زيادی نیز از آنها جدا شدند؛ اما بقيه آنها در جريان جنگ «نهروان» به طور كامل شكست خورده و به جز ده نفرشان، همگي كشته شدند.

امام علی(ع) در مورد جنگ با «اصحاب جمل»، «صفّين» و «نهروان» مي فرمايد: «آگاه باشيد! خداوند مرا به نبرد با ستمگران، پيمان شكنان و مفسدان در زمين امر فرموده؛ اما با «ناكثين» [اصحاب جمل] نبرد كردم و با «قاسطين» [اصحابِ معاويه] جهاد نمودم و «مارقين» [خوارجِ نهروان] را بر خاك مذلّت نشاندم، اما «شيطان ردهه» (رئيس خوارج) با صاعقه اى كه بر او فرود آمد به گونه اى كه تپش قلب و لرزش سينه اش شنيده شد، شرّ او از من دفع گرديد، و گروه ديگرى از ستمگران باقى مانده اند كه اگر خداوند به من اجازه حمله ديگرى بدهد آنها را از ميان برداشته و دولت حقّ را به جاى آنها قرار مى دهم».