شیعیان اعتقاد دارند که وصیت نانوشته مانده پیامبر اکرم(ص) در حادثه «یوم الخمیس»، تصریح ایشان به مساله ولایت و خلافت امام علی(ع) است. زیرا اولا: خود خلیفه دوم که مانع نوشته شدن آن وصیت نامه بود، در مواردی به این حقیقت اعتراف کرده است. ثانیا: تمهید پیامبر در گسیل داشتن اصحاب به همراهی با سپاه اسامه نشانگر نگرانی ایشان از ثبت مکتوب این جانشینی و مخالفت آن اصحاب با این امر بود. ثالثا: تعبیر آن حضرت مبنی بر گمراه نشدن امت بعد از ایشان در صورت نگاشتن آن وصیت، شباهت بسیار زیادی به تعبیر حدیث ثقلین در گمراه نشدن امت با تمسک به ثقلین است.

در منابع حدیثی و در نقل حوادث مربوط به میلاد امام زمان(عج) گفته شده که ایشان هنگام تولد سجده کردند و اذکاری را زمزمه نمودند. جریان یافتن اراده الهی به وقوع چنین اتفاقات معجزه آسایی نه تنها امری نامعقول نیست بلکه درباره شخصیت های مقدس دیگری همچون حضرت عیسی(ع) سابقه داشته است و قرآن کریم تصریح می کند که آن حضرت در گهواره سخن گفته اند. واقع شدن این امور، مسأله ای است که صرفا در قاعده اسباب و شرایط معمولی و نیروی انسانی عادی، ممکن است محال به نظر برسد در حالی که چون مستلزم هیچ محال عقلی ای نیست مانعی ندارد که با نیروی الهی حاصل گردد.

دلالت منابع تاریخی بر جریان تولد حکیم بن حزام در کعبه قطعی نیست؛ این ادعا حدود سیصد سال بعد از تولد حکیم بن حزام، توسط افراد مجهولی نقل شده است و شواهد فراوانی وجود دارد که جعلی می باشد. این روایت مشکوک بدلیل اتهامات و شائبه های بسیاری مردود و غیر قابل پذیرش است. حافظ کنجی از علمای اهل سنت نیز می گوید: «امیر مؤمنان(ع) شب جمعه سیزده رجب، سال سی ام بعد از واقعه عام الفیل در داخل خانه خدا به دنیا آمد. کسی پیش از آن حضرت و بعد از آن، در داخل کعبه به دنیا نیامده است و این، از فضایل اختصاصی آن حضرت است که خداوند به جهت بزرگداشت مقامش به او عنایت کرده است».

منابع معتبر پنهان ماندن مرقد مطهر امام علی(ع) در مقطعی از تاریخ را بنابر وصیت خود حضرت و به جهت مصون ماندن از هتاکی های وحشیانه عمال و مزدوران بنی امیه می دانند. قداست منحصر به فرد مرقد امام علی(ع) و مقام با شرافت و عوامل دیگر ایجاب می نمود تا حرمت این مزار حفظ شود. پنهان نگاه داشتن مرقد مطهر حضرت می تواند به دلیل عدم شناسایی و حفظ جان شیعیان زائر حضرت نیز باشد. در زمان امام صادق(ع) که تعرض به شیعیان کمتر بود مکان فعلی توسط ایشان معرفی گردید.

اولا: از روایات استفاده مى شود که خلافت رسول خدا(ص)، امرى الهى است که زمام آن بالاصاله به مردم واگذار نشده است؛ رسول خدا(ص) به صراحت در برابر کسانی که تقاضای سهم و جانشینی در حکومت داشتند، فرموده است: «إنَّ الْمُلْكَ لله، يَجْعَلُهُ‏ حَيْثُ‏ يَشَاء» و فرموده: «الْأَمْرُ إلَى اللَّهِ، يَضَعُهُ حَيْثُ يَشَاءُ». با وجود نص الهی پیامبر(ص) بر خلافت امام علی(ع)، انتخاب ابوبکر اجتهاد در برابر نص است؛ این در حالی است که آیات قرآن به صراحت از واجب الاطاعه بودن دستورات پیامبر خبر می دهند: «يا أَيُّهَا الَّذِينَ آمَنُوا أَطِيعُوا اللَّهَ وَ أَطِيعُوا الرَّسُولَ وَ أُولِي‏ الْأَمْرِ مِنْكُمْ‏».
ثانیا: ابوبکر هرگز با اجماع صحابه و در یک روند دمکراتیک انتخاب نشد، بلکه در زمان انتخاب او بسیاری از صحابه حضور نداشتند؛ بسیارى از اصحاب به دستور پیامبر(ص) در سپاه اسامه بوده؛ برخی خبر وفات پیامبر(ص) را دریافت نکرده بودند؛ از انصار کسى جز رهبرانشان حضور نداشت؛ از مهاجرین جز سه یا چهار نفر در سقیفه حضور نداشتند و افراد سرشناسی مانند: امام على(ع)، ابن عباس، مقداد، سلمان، ابوذر، عمار، مشغول تجهیز و دفن پیامبر(ص) بودند. علاوه بر آن بسیاری از بزرگان صحابه، در موارد گوناگون مخالفت خود را با این خلافت اعلام کردند. ضمن اینکه توجه به نقش قبیله بنی اسلم و استفاده از آنها برای فشار آوردن به مردم مدینه برای بیعت اجباری، دموکراتیک بودن این خلافت را زیر سؤال می برد.

واژه‏ ‏«مصحف» در این روایات به معنای مجموعه‏ ای از نوشته‏ ها كه بین دو جلد قرار دارد، می باشد نه به معنای کتاب قرآن. حضرت زهرای مرضیه(س) که سرور زنان عالم است، همچون حضرت مریم(س) محدثّه بود و جبرئیل بر ایشان نازل می شد. پذیرش محدثه بودن حضرت زهرا(س) نباید برای مسلمانان اهل سنت که در منابع‌ خود خلیفه دوم را نیز شخصی محدَّث معرفی می کنند امر غریبی باشد. در ایّام بعد از رحلت رسول خدا(ص)، جبرییل برای تعزیت نزد حضرت فاطمه(س) می ‏آمد و ایشان را ‏از حوادثی كه درباره‏ ‏ فرزندانشان رخ می ‏دهد آگاه می ‏كرد و امام علی(ع) آنها را می‏ نگاشت؛ این نگاشته‏ ها مصحف فاطمه(س) نامیده می شود و همان طور که در احادیث اهل بیت(ع) نیز تصریح شده حکمی از حلال و حرام در آن مورد اشاره قرار نگرفته است.

امام صادق(ع) فرمود: اميرمؤمنان(ع) براى نيازمندى، پنج بار شتر خرما فرستاد و او شخصى آبرومند بود كه جز از امام(ع) از ديگرى سؤال نمى‌ كرد. يك نفر خدمت حضرت بود، گفت: يا علی(ع) آن مرد از شما تقاضايى نكرد، وانگهى يك بار شتر او را كفايت مى كرد. امام فرمودند: «اگر به كسى كمك كنم بعد از آن كه سؤال نمايد، در اين صورت آن ‌‌چه به او داده ‌ام قيمت همان آبروى اوست كه ريخته است! هر كس چنين كارى با برادر مسلمان خود بنمايد، به خداى خويش دروغ گفته؛ زيرا براى همان برادر دينى خود درخواست بهشت مى ‌كند؛ ولى از كمك مختصرى به مال بى ‌ارزش دنيا مضايقه مى‌ نمايد».

در كوفه تاجرى بود كه به سادات قرض مى‌ داد و آن را به نام امام علي(ع) ثبت می كرد. مدّتی بعد ورشكسته شد و به سراغ بدهكارانش رفت؛ اما فايده ای نكرد. يك روز مردى از روى تمسخر به او گفت: آيا كسى كه هميشه به نام او قرض می دادى به دادت رسيد؟ تاجر اندوهگين شد. در خواب ديد كه پيامبر(ص)، به حضرت علی(ع) دستور دادن طلب تاجر را داد. امام هم كيسه اى با هزار اشرفى به او داد و فرمود: از اين به بعد هر كدام از فرزندانم قرض خواست به او بده. بعد از بيداری دفترش را نگاه كرد و ديد، قرض ها به ‌نام امام(ع) محو شده است.

قرآن به مردم با ايمان دستور مى ‏دهد كه از «طيّبات» اموال خود انفاق كنند. «طيّبات» هم به پاكيزگى ظاهرى و مادّى و هم به پاكيزگى معنوى و باطنى اطلاق مى ‏گردد؛ يعنى، اموالى را می توان انفاق كرد كه هم خوب و مفيد باشد و هم خالى از هر گونه شبهه و آلودگى به حرام. اگر اموال پست و كم ارزش را انفاق كنيم، اين كار هم توهين به مقام پروردگار است و هم تحقير نيازمندان و آزرده ساختن روح آنهاست. پس بايد در راه خدايى انفاق كرد كه‏ نيازى به انفاق ما ندارد و اوست كه اين نعمت ها را در اختيار ما قرار داده است.

مدفون بودن حضرت علی(ع) در نجف آن قدر روشن است که مورد اعتراف بسیاری از علما و مورخین معتبر اهل سنت همچون یعقوبی، ابن حزم، ابن ابی الحدید، ابن صباغ مالکی و شهاب الدین خفاجی قرار گرفته است.
ضمن اینکه علما و مورخین دیگری هم چون ابن عساکر، یاقوت حموی و ابن نجار بغدادی گواهی داده اند که «مغیره بن شعبه» در محل متفاوتی از نجف یعنی در «ثویه» دفن شد.
علاوه بر همه اینها روایات زیادی از اهل بیت(ع) وارد شده که در آنها قبر آن امام را در همین محل فعلی زیارت کرده و اصحاب شان را نیز به همین کار تشویق می کردند.