منابع معتبر پنهان ماندن مرقد مطهر امام علی(ع) در مقطعی از تاریخ را بنابر وصیت خود حضرت و به جهت مصون ماندن از هتاکی های وحشیانه عمال و مزدوران بنی امیه می دانند. قداست منحصر به فرد مرقد امام علی(ع) و مقام با شرافت و عوامل دیگر ایجاب می نمود تا حرمت این مزار حفظ شود. پنهان نگاه داشتن مرقد مطهر حضرت می تواند به دلیل عدم شناسایی و حفظ جان شیعیان زائر حضرت نیز باشد. در زمان امام صادق(ع) که تعرض به شیعیان کمتر بود مکان فعلی توسط ایشان معرفی گردید.

مدفون بودن حضرت علی(ع) در نجف آن قدر روشن است که مورد اعتراف بسیاری از علما و مورخین معتبر اهل سنت همچون یعقوبی، ابن حزم، ابن ابی الحدید، ابن صباغ مالکی و شهاب الدین خفاجی قرار گرفته است.
ضمن اینکه علما و مورخین دیگری هم چون ابن عساکر، یاقوت حموی و ابن نجار بغدادی گواهی داده اند که «مغیره بن شعبه» در محل متفاوتی از نجف یعنی در «ثویه» دفن شد.
علاوه بر همه اینها روایات زیادی از اهل بیت(ع) وارد شده که در آنها قبر آن امام را در همین محل فعلی زیارت کرده و اصحاب شان را نیز به همین کار تشویق می کردند.

امیر مؤمنان علي(ع)، بنابر قول مشهور، در سیزدهم رجب سال سی ‌ام عام الفیل (ده سال پیش از بعثت و بیست و سه سال قبل از هجرت) به دنیا آمد. در برخی نقل ‌ها از هفتم شعبان، بیست و سوم شعبان و نیمه رمضان به عنوان روز تولد آن حضرت یاد شده است. شهادت آن حضرت نیز در بیست و یکم رمضان سال چهلم هجری در شهر کوفه واقع شده است.

بعد از پيامبر(ص) و انحراف خلافت، امام(ع) به همراه اهل بيتش به در خانه‌های انصار می‌رفت تا حقش را بگيرد؛ اما او را بر حریص بودن به خلافت متهم مي‌كردند. با حمله حكومت به خانه‌اش و جراحت همسر و شهادتش و دفن پنهاني او، امام دریافت كه نه توانایی در افتادن با حكومت را دارد و نه مبارزه كردن به مصلحت اسلام است، لذا راه مصالحه را در پیش گرفت و كم‌كم گوشه‌گیر شد و سراغ زندگی شخصی رفت و حكومت نيز او را تحقير و منزوي كرد؛ با اين حال، امام از هر فرصتی برای معرفی خود و خدماتش به اسلام و مسلمين بهره مي‌برد.

«قیس بن سعد» فرزند «سعد بن عباده» رئيس خزرج، و رئيس محافظان پيامبر(ص) و از شيعيان امام علی(ع) بود كه در همه جنگ ها در ركاب امام(ع) حاضر و از هر نظر مورد اعتماد بود.

در جريان بازگشت از «غزوة العشيره» عمار می گوید: به خاطر طولانى بودن راه، من و حضرت علي(ع) در زير سايه نخل هاى كوچك خوابيده بوديم. ناگهان پيامبر(ص) با پايش ما را تكان داده و از خواب بيدار كرد و خطاب به حضرت علي(ع) فرمود: «اشقی الاولین» چه کسی بود؟ حضرت علي(ع) فرمود: کسی که ناقه حضرت صالح(ع) را پی کرد. حضرت رسول(ص) باز سؤال کرد: «اشقی الآخرین» چه كسي است؟ امام(ع) فرمود: نمی دانم، پیامبر(ص) فرمود: كسى كه با شمشير بر فرق سرت می زند و تو را شهيد مي كند.

«صحیفه النّبی»، «صحیفه علی»، «کتاب علی»، «کتاب نبی» و یا «الجامعه» همه مصداق یک چیز هستند و با «مصحف علی» تفاوت اساسی دارد؛ زیرا مراد از «صحیفه» و یا «الجامعه» مجموعه ای از احادیث است که منشاء بسیاری از احکام و یک کتاب فقهی و حقوقی می باشد. امّا «مصحف علی(ع)» همان قرآن به کتابت علی(ع) می باشد که از نظر تعداد آیات و سوره ها همانند قرآن موجود در میان مسلمین می باشد، مگر اینکه بر اساس ترتیب نزول تنظیم شده و مشتمل بر تفسیر، تاویل، و توضیحاتی است که در فهم قرآن تأثير به سزايى دارد.

امام علی(ع) در رواياتي از ولادت حضرت مهدی(عج) خبر داده است؛ از جمله در حديثي می فرمایند: «او يازدهمين فرد از اولاد من است، او مهدى اى است كه زمين را پر از عدل خواهد كرد آن گونه كه از جور و ظلم پر شده باشد، از براى او حيرت و غيبتى است كه اقوامى در آن گمراه و گروهى نيز در آن هدايت مى شوند».

امام علی(ع) در اندرز مهمی به فرزندش می فرماید: «هرگز كسى را به مبارزه دعوت مكن؛ ولى اگر كسى تو را به مبارزه فرا خواند اجابت کن؛ زيرا دعوت كننده به مبارزه ستمكار و ستمكار در هر حال مغلوب است»، این سخن امام(ع) ناظر به میدان جنگ است؛ زیرا پذیرفتن این چنین دعوتي در غیر میدان جنگ، نه تنها مطلوب نیست؛ بلكه حرام است. از سویی مسلمانان دستور داشتند آغازگر جنگ نباشند، اما در صورتى كه كسى از لشكر دشمن در وسط ميدان قرار می گرفت و مبارز می طلبيد، سكوت در برابر او جايز نيست؛ زيرا چنين سكوتى مساوى با شكست است.

اولا: پذیرش این ادعا متضمن پذیرش مخالفت پیامبر(ص) با حکمی است که صریحا در قرآن مجاز شمرده شده است؛ یعنی«جواز ازدواج همزمان مرد مسلمان با چهار زن». چگونه رسول خدا(ص) آنچه را که اسلام مباح کرده، انکار نموده است؟!
ثانیا: طبق روایات اهل سنّت و شیعه، رسول خدا(ص) فرمود: «من فاطمه را به عقد علی در نياوردم مگر آنكه خدا در آسمان او را به همسرى علي در آورد»؛ آیا معقول است که خداوند كسى را برای همسری حضرت زهرا(س) برگزیده باشد که او را آزار نمايد؟!
ثالثا: نقل این واقعه در منابع اهل سنّت، نهایتا به یک راوی، یعنی «مسور بن مخرمه» باز می گردد؛ بنابراین این انتظار می رود که این راوی وقایع مربوط به این موضوع را به یک گونه نقل کند. در حالی که وحدتی در چگونگی نقل جزئیات آن وجود ندارد! چنین تناقض و تهافتی اعتبار این واقعه را به شدت زیر سؤال می برد. تاریخ ‏نویسان می گویند به دنیا آمدن مِسوَر بعد از هجرت پیامبر(ص) از مکه به مدینه بوده و مسور در آن زمان نهایتا شش یا هفت سال بیشتر نداشته است؛ اگر راوی اصلی در سنّی نبوده باشد که این وقایع را دیده و در حافظه خود ضبط کند، یا خود در بزرگ سالی این روایات متناقض را ساخته، یا جاعلان به زبانش بسته اند و از آنجا که دروغ گو کم حافظه است دچار تناقض می شود.
رابعا: سند این حدیث حتّی با معیار های اهل سنّت نیز قابل پذیرش نیست؛ درباره دو تن از رجال سند این حدیث، یعنی «مسور» و «زهری»، در منابع رجالی و تراجم اهل سنّت اوصافی ذکر شده که قبول این حدیث را از آنان دچار مشکل می کند.