توحید ذاتى یعنى، یکتایى ذات پاک خداوند به عنوان خالق تمام جهان هستى که مبدأ تمام امور است; در مقابل دو گانه پرستان و ثنویین که براى عالم هستى دو مبدأ قائل بودند: «یزدان» و «اهریمن». آنها مى گفتند: انسان از خیر و شر آفریده شده است و آفریننده خیر نمى تواند آفریننده شر باشد همان گونه که آفریننده شر نمى تواند خالق خیر باشد; در نتیجه قائل به وجود دو مبدأ بودند، «یزدان» مبدأ تمام امور خیر و «اهریمن» مبدأ تمام امور شر.
ادیان توحیدى، بویژه دین اسلام، با این عقیده به مبارزه برخاست. از دیدگاه یک مسلمان، شرّى در عالم و جود ندارد; بلکه هرچه هست خیر است. این انسان هاى بد هستند که از آن سوء استفاده مى کنند; مثلا قدرت، مال و ثروت، مقام و حتّى شهوات خیر هستند; ولى انسان بد از این ها استفاده نامشرع مى کند و به وسیله آن شر مى آفریند; پس سوء استفاده از چیزى دلیل بر شر بودن آن نیست.
در میان سایر جانداران نیز این قاعده جارى است; مثلا سمومى که حیوانات سم دار دارند نیز شرّ نیست; چون از یک سو و سیله دفاعى آن حیوان در مقابل خطرات مختلف است و از سوى دیگر، با این سموم، بسیارى از داروهاى حیاتبخش ساخته مى شود. بسیارى از شرکت هاى داروسازى در دنیا، انواع حیوانات سمّى را پرورش مى هند و از سموم آنها دارو تهیّه مى کنند.
نتیجه این که در جهان شرّى وجود ندارد تا نیاز به دو مبدأ باشد; بلکه هرچه هست خیر است و مبدأ جهان نیز واحد است، بنابراین منشأ و مبدأ تمام امور در جهان هستى فقط ذات پاک خداوند یکتا است. این را توحید ذاتى گویند.
