امام علی(ع) درباره علت تاخیر در صدور جنگ صفين مي فرمايد: «تأخير در جنگ به سبب ترديد من در مبارزه با شاميان نیست! بلکه اميد دارم، گروهى از آنان به ما بپيوندند و هدايت شوند». نكته مهمّى که امام(ع) اشاره مى فرمايند این است كه جنگ براى مردان خدا نه يك هدف است و نه نخستين راه درمان؛ بلکه آنها تا آخرین لحظه تلاش می کنند که مردم هدایت شوند. تاريخ نيز نشان مى دهد كه حُسن ظنّ امام در اين باره بى دليل نبود؛ چرا كه گروه كثيرى در همان ايّام، توبه كرده و به سوى لشكر امام بازگشتند يا از جنگ كناره گيرى نمودند.

شامیان پس از اغفال مردم عراق در جنگ صفین، صلح نامه ای را بر امام علی(ع) تحمیل نمودند که از این قرار بود: «اين صلح نامه ای است بین على بن ابى طالب و معاويه، كه ما تسليم حكم خدا و كتاب خدا هستيم و هرگاه دو حَكَم در قرآن حکمی در موضوع جنگ و صلح ما يافتند از آن پيروى مى كنيم در غیر این صورت به سنت پيامبر(ص) عمل مى كنیم». در ادامه دو لشكر متعد به امنیت و حفظ جان، مال، خانواده و قوم یکدیگر شدند.

وقتی عمروعاصْ مصر را اشغال کرد، محمّد بن ابىُ حذَیفة زخمى شد. عمرو او را به سوى معاویة که آن هنگام در فلسطین بود، فرستاد. معاویه هم او را به زندان انداخت؛ امّا وی فرار کرد. با دستور معاویه عبیدالله بن عمرو  به دنبال او رفت  و او را در غاری پبدا کرد و همانجا گردن زد.

اصول گفتار و ريشه اعتقادى اين جمعيت را مى توان در چهار چيز خلاصه كرد: 1- تعليماتى كه از هندوها يا شاميها و غيره به دست آنها رسيده است. 2- قسمتى از معارف يونان كه پس از ترجمه و نشر آن در ميان مسلمين به آن ممزوج شده است. 3- يك رشته شعريات كه به مرور زمان از طرف صاحبان ذوق شعرى با تصوف در آمیخت. 4- قسمتى از معارف و حقائق اسلامى كه تا حدى با اصول سه گانه سابقه نزديك داشته یا قابل تأويل كردن بوده است.

امام علی(ع) در تشویق اصحاب برای نبرد با شامیان می فرماید: «كيست كه با سرعت با جهاد به سوى خدا رود، بهشت در سايه نيزه هاست». مقصود حضرت كسانى است كه از روى اراده و عشق به شهادت، گام در میدان نبرد می گذارند. سپس مى فرمايد: «امروز با آزمایش اعمال، مدعيان راستين و دروغين از هم شناخته مى شوند». سپس مى فرمايد: «به خدا سوگند! من به مبارزه با شاميان از آنها به خانه هاشان شايق ترم». در واقع آنان انگيزه اى براى جهاد ندارند و علاقمندند زودتر به خانه هایشان بازگردند ولى من شوق جهاد با دشمنان را در دل دارم.

امام علی(ع) برای ریشه کنی فتنه شامیان در نبرد صفین، به اصحاب خود می فرماید: «دشمنان هرگز از جاى خود بركنده نمى شوند، تا آن كه شمشير زنان سر آنها را شكافته و گروهها پشت سر هم آنان را تيرباران كنند و لشكرهاى سواره نظام آنان را تا شهرهايشان تعقيب كنند». در واقع امام از همراهان خود می خواهد پيروزى بر دشمن را نيمه كاره نگذارند که با عمل به اين دستور فتنه بنى اميه و سايه شوم آنها از سر مسلمانان كوتاه مى گشت. اما سپاهیان سخن امام رانادیده گرفته و طعم تلخ آن را نيز چشيدند.

وقتی عراقیان بر یاران معاویه چیره شده و پیروزی نزدیک شد، شامیان به پیشنهاد عمروبن عاص قرآن بر نیزه کردند. امام علی(ع) فرمود: من سزاوارترم كه كتاب خدا را اجابت كنم؛ امّا معاويه و یارانش نه اهل دين اند و نه قرآن...این نیرنگ است...تا شما را از خود بازدارند. اما عده ای از سپاه امام گفتند: ای علی اكنون كه به كتاب خدا فرا خوانده شده اى، شاميان را اجابت كن؛ و گرنه تو را می کشیم. این گونه عراقیان فریب شامیان را خوردند و پیروزی قاطع  را به نفع آنان واگذار کردند.

در اینکه چرا امام در ماجرای صفین بر ادامه جنگ با شامیان فرمان نداد و به ماجرای حکمیت تن داد دلائلی مطرح شده است. مانند: 1- اختلاف و تفرقه ياران امام. 2- کمی یاران و لزوم حفظ جان آنها. 3- ترس امام از انقطاع نسل امامت.

ابو ایّوب در نامه ای به معاویه می نویسد: ما را با کشندگان عثمان چه کار؟ کسى که عثمان را منتظر گذاشت و شامیان را از یارى او باز داشت، تو هستى. آنان که عثمان را کشتند، افرادى غیر از انصار بودند.

ابو طفیل، عامر بن واثله صحابى بر معاویه وارد شد. معاویه به او گفت: چه چیز، تو را از یارى عثمان باز داشت؟ گفت: اى امیر مؤمنان! تو که مردم شام را با خود داشتى، چرا یارى اش نکردى؟ معاویه گفت: همین که به خونخواهى او برخاسته ام، یارى او نیست؟ ابو طفیل خندید و سپس گفت: تو و عثمان، مانند گفته آن شاعرید که گفت: تو را نبینم که پس از مرگ، برایم گریه مى کنى در حالى که در زندگى ام، توشه اى همراهم نکردى.