مُصحف هاى عثمانى از نظر ترتيب سوره ها، همان ترتيبى است كه در مُصحف كنونى وجود دارد و با ترتيب مُصحف هاى صحابه، به‌ خصوص با مُصحف «اُبَيّ بن كعب»، تطبيق مى كرد. مُصحف هاى عثمانى به مقتضى شيوه نگارش كه در آن دوره رواج داشته، از هر نشانه و علامتى كه حروف نقطه دار و بى نقطه را مشخص كند، خالى بود. همچنین اين مُصحف ها به احزاب و اعشار و اخماس، تقسيم بندى نشده و مملوّ از غلط هاى املايى و تناقض هايى در رسم الخط بوده كه علت آن، ابتدايى بودن خطى است كه صحابه در آن زمان مى شناخته اند.

مورّخان در تعداد نسخه های عثمانی اختلاف دارند. «ابن ابى داود» تعداد آنها را شش نسخه دانسته، در حالی که «يعقوبى» دو نسخه ديگر را بر اين تعداد اضافه كرده ‌است؛ اما پس از گذشت زمانى طولانى، تغييرات و دگرگونى هايى در اين مُصحف ها به وجود آمد مانند نقطه گذاری، علامت گذاری و در نهایت نوشتن قرآن با خط نسخ زیبای عربی و دیگر خطوط متداول كه اين تغييرات به تدريج مُصحف هاى اوليه را كه در زمان عثمان نوشته شده بود، به دست فراموشى سپرد و رفته رفته اثرى از آنها باقى نماند.

امام علي(ع) در خطبه 164 درباره آينده عثمان چنين هشدار مي دهد: «من تو را به خدا سوگند مى دهم نكند تو همان پيشواى مقتولِ اين امّت باشى! چرا كه گفته مى شد [پيغمبر اكرم(ص) مى فرمود]: در اين امّت، پيشوايى به قتل مى رسد كه بعد از آن درهاى كشتار و جنگ به روى اين امت تا قيامت گشوده خواهد شد!». و اين همان پيش بينى دقيقى است كه پيامبر(ص) فرموده بود. مظالم و ستم ها سبب كشته شدن عثمان گشت و به دنبال آن و به بهانه خون عثمان، جنگها و جدال هاى عظيمى به وقوع پيوست و آثار و تبعات آن را حتى در عصر خود مشاهده مى كنيم.

امام علي(ع) درباره علت تأخير در مجازات قاتلان عثمان مي فرمايد: «در شرایط فعلی قدرت بر این کار ندارم، آنان بر قدرت خويش باقى و بر ما مسلّط، و ما بر آنها سلطه اى نداريم ... اين گروه پشتيبان هايى دارند و اگر حركتى صورت گيرد مردم به چند گروه تقسيم مى شوند؛ گروهى با شما، گروهي عليه شما و گروه سوّمى نه با شما هستند نه با آنها، پس صبر كنيد تا مردم آرام گيرند ... كارى نكنيد كه قدرت ما را تضعيف كند و شوكت ما را بريزد و سستى و ذلّت به بار آورد، من جايي كه ممكن است خويشتندارى مى كنم؛ امّا اگر نشد آخرين راه داغ كردن و سوزاندن [محل زخم] است!».

ایراد عمده کار شورشیان بر ضد «عثمان» این بود که خارج از محور قوانین قضایی اسلام، به طور خودسرانه عمل کردند. شایسته بود قبل از آنکه از طرف قشرهای پایین جامعه شورشی علیه عثمان انجام شود، بزرگان صحابه از مهاجرین و انصار، او را محاکمه می کردند تا کار به دست توده مردم نیفتد. بنابراین فرمایش امام(ع) در خطبه 168 «نهج البلاغه» که می فرماید: «اگر اوضاع آرام شود، من متخلفان را کیفر خواهم داد» کاملاً حساب شده و هماهنگ با قوانین قضایی اسلام است.

امام علي(ع) در پاسخ به اتّهام يكي از اعضاي شوراي خلافت درباره «حريص بودن خود به خلافت» مي فرمايد: «به خدا سوگند! شما با اينكه دورتريد، حريص تريد [چرا كه خلافت، شايسته اهل بيت پيامبر(ع) است كه به اين كانونِ هدايت نزديك ترند] و من شايسته تر و نزديكترم، من فقط حق خويش را مطالبه كردم [چرا كه از همه شايسته ترم و پيامبر(ص) نيز مرا تعيين فرموده]؛ ولى شما ميان من و آن حايل مى شويد و دست ردّ بر سينه ام مى گذاريد، هنگامى كه در آن جمع حاضر با اين دليل كوبنده به او پاسخ گفتم، مبهوت و سرگردان ماند و نمى دانست در پاسخم چه بگويد!».

دليل اين دستورهاى ضد و نقيض اين بود كه عثمان در آغاز گمان مى كرد ماندن على(ع) در مدينه سبب تشويق مردم به عزل او و بيعت با آن حضرت به عنوان خلافت خواهد شد. سپس هنگامى كه حضرت از مدينه بيرون رفت، عثمان احساس كرد كسى جز على(ع) نمى تواند از او دفاع كند و سبب نجات او از دست شورشيان شود، لذا از آن حضرت تقاضاى بازگشت به مدينه را كرد. باز هنگامى كه خبرهايى به او رسيد كه مردم شعار بيعت با امام را سر داده اند، وحشت بر او مستولى شد و بار ديگر تقاضاى خروج آن حضرت را از مدينه كرد.

مهمترين عواملی كه موجب خشم عمومی مردم نسبت به «عثمان» شد عبارتند از: 1- او پستهاى حسّاس كشور اسلامى را در ميان اطرافيان و خويشاوندان خود كه بسيارى از آنان نالايق، فاسد و دور از تعاليم اسلام بودند تقسيم نمود. 2- شخصيت هاى بسيار بزرگوار و برجسته اى همچون «ابوذر»، «عمار یاسر»، «عبدالله بن مسعود» و ... را تبعید و یا مجازات كرد. 3- اموال بيت المال را بدون حساب و كتاب در ميان اقوام و بستگانش تقسيم كرد در حالى كه مستمندان با ايمان در آتش فقر مى سوختند. 4- مخالف دستورات کتاب الله عمل می کرد.

حوادث مربوط به عثمان و قتل او، غير منتظره نبود؛ زيرا هر شخصِ هوشيارى پيش بينى مى كرد اين حكومت فاميلى كه همه مقدّرات يك كشور پهناور را به دست يك قوم و فاميل بسپارد پايدار نخواهد ماند و نطفه يك شورش و قيام عمومى را در دل خود پرورش مى دهد و اين يك سنت الهى در تمام طول تاريخ است. تعبیرات امام علی(ع) در «نهج البلاغه» نیز به این امر اشاره دارد: «خداوند گروهى را به گروه ديگر مبدّل ساخت و روزگار ديگرى را به جاى روزگار موجود نشاند و ما از پيش در انتظار دگرگونى هايى بوديم [و آن را پیش بینی می کردیم]؛ همچون كسى كه در خشكسالى در انتظار باران باشد».

امام علي(ع) در پی شکایت مردم از خلیفه سوم و تقاضاي آنان براي پادر مياني به نزد عثمان رفته و نخست از علم و آگاهی او به احکام اسلامی در مورد رعایت حقوق مردم سخن می گوید؛ سپس به سوابق عثمان از جمله همنشینی با پیامبر(ص) و سابقه پیوند خویشاوندی با پیامبر(ص) اشاره می کند و براى بازگرداندن عثمان به مسير صحيح، تأكيد مي كند كه راه حق و عدالت روشن است و چشم او بينا؛ چرا از بى راهه مى رود و جان خود را به خطر مى افكند؟ ولى با تأسف فراوان هيچ يك از اين بياناتِ دلسوزانه و خيرخواهانه در او اثري نگذاشت و سرانجام شد آنچه نبايد مي شد.