با وجود آزادی نسبی در زمان امامت امام صادق(ع)، شدیدترین فشارها علیه شیعیان در دوران امویان و پس از آن در زمان منصور عباسی، اعمال می شد، به طوری که كسی جرأت ابراز وجود نداشت و مشایخ شیعه نمی توانستند احادیث ائمه را نقل كنند و اصحاب امام(ع) نیز برای صیانت خود از گزند منصور، مجبور بودند به طور کامل تقیّه كنند. منصور عباسي يكی از غلامان امام صادق(ع) را گرفت و هزار ضربه شلاق بر او زد تا جان داد. در این دوره اتهام رفض درباره هر کس، کافی بود که امنیت جانی و مالی او از بین رفته و گرفتار شکنجه شود.

حقوق «اقلیت های» دینی را می توان در چند بخش خلاصه کرد: 1- حقوق عقیدتی، که اسلام با وجود دعوت اهل کتاب به اسلام، اما آنان را در انتخاب آزاد گذاشته و اجبار در پذیرش اسلام را تجویز نمی کند. 2- اسلام در پناه قانون از پیروان سایر ادیان حمایت کرده و در صورت عمل به شرایط «ذمه» جان و مال آنان محترم است. 3- اسلام تعدی به اموال غیر مسلمانان را حرام دانسته و حقوق مالی و اقتصادی آنان را محترم می شمارد. 4- اسلام حقوق اجتماعی اهل کتاب را رعایت کرده و در صورت فقر و استضعاف برای آنان حقوقی مقرر کرده است.

یکى از تعالیم قرآنى آن است که مسلمان هر گاه نسبت به جان و مال و آبروى خود احساس خطر کند، از ابراز عقیده اش خوددارى کند، این کار در اصطلاح دینى و شرعى تقیّه نام دارد. تقیه طبق دلیل عقل و نقل لازم و صحیح است. بنابراین در تعریف بدعت داخل نمی شود.

تقیه از احکام شرعی است که ریشه در قرآن و سنت دارد. تقیه آن است که هرگاه مسلمانی نسبت به جان و مال و آبروى خویش احساس خطر کند، می تواند از ابراز عقیده خوددارى کند، این کار در اصطلاح شرع «تقیّه» نام دارد. در حقیقت، تقیه سلاح ضعیفان در برابر زورمندان فاسق است، از سویی جواز تقیه، بر مبناى عقل هم صحیح و لازم است، چون از سویى حفظ جان، مال و آبرو واجب است و از سویی اظهار عقیده و عمل بر طبق آن، وظیفه دینى است. لیکن در صورت تعارض این دو تکلیف، عقل حکم مى کند که انسان وظیفه مهم تر را مقدم بدارد.

شامیان پس از اغفال مردم عراق در جنگ صفین، صلح نامه ای را بر امام علی(ع) تحمیل نمودند که از این قرار بود: «اين صلح نامه ای است بین على بن ابى طالب و معاويه، كه ما تسليم حكم خدا و كتاب خدا هستيم و هرگاه دو حَكَم در قرآن حکمی در موضوع جنگ و صلح ما يافتند از آن پيروى مى كنيم در غیر این صورت به سنت پيامبر(ص) عمل مى كنیم». در ادامه دو لشكر متعد به امنیت و حفظ جان، مال، خانواده و قوم یکدیگر شدند.

يكي از موضوعاتي كه دستمايه ايراد بر شيعه شده است و آن را يكى از عيب هاى پيروان مذهب ما شمرده اند مسئله «تقيّه» مى باشد. بر اساس فقه شيعه، انسان می تواند در موردى كه جان يا مال يا ناموس او در خطر است و اظهار حق، هيچ گونه نتيجه و فايده اى ندارد، موقتاً از اظهار آن خوددارى كرده و به وظيفه خود به طور پنهانى عمل نمايد؛ همچنانكه قرآن نيز به اهمیت آن تصریح کرده است. تقیّه گاهى واجب، گاهى حرام و زمانى مباح است.

یکی از فلسفه های غیبت، حفظ جان امام زمان(عج) است. اگر حضرت از همان آغاز در بین مردم زندگی می کردند و یا پیش از موعد ظهور می کردند، جان ایشان در معرض خطر بود و موفق به انجام مأموریت الهی و اهداف بلند اصلاحی خود نمی شدند.یکی از فلسفه های غیبت، حفظ جان امام زمان(عج) است. اگر حضرت از همان آغاز در بین مردم زندگی می کردند و یا پیش از موعد ظهور می کردند، جان ایشان در معرض خطر بود و موفق به انجام مأموریت الهی و اهداف بلند اصلاحی خود نمی شدند.

قرآن در آیات متعدّدى تقیّه را در برابر کفّار و مخالفان مجاز شمرده است، به عنوان نمونه: در یک دستور صریح قرآنى مى خوانیم: «مؤمنان نباید کفّار را دوست خود انتخاب کنند، هر کس چنین کند از خداوند، بیگانه است، مگر این که بخواهید از آنها تقیّه کنید». فخر رازى مى گوید: «ظاهر آیه دلالت دارد بر این که تقیّه در برابر کفّار غالب مباح است، الّا اینکه مذهب شافعى این است که اگر وضع مسلمانان با یکدیگر همانند وضع مسلمین و کفّار شود، تقیّه براى حفظ نفس، حلال است». در روایات اسلامى نیز تقیّه بازتاب وسیعى دارد.

نفاق درست نقطه مقابل تقیّه است، منافق کسى است که در باطن به مبانى اسلام اعتقاد ندارد و یا در آن تردید دارد، اما در میان مسلمین اظهار اسلام مى کند. امّا تقیه آن است که فرد با ایمانى عقیده خود را براى حفظ جان و مال و ناموس خود، از این گروه متعصّب کتمان کند، و عکس آن نفاق است.
 

در اینکه چرا امام در ماجرای صفین بر ادامه جنگ با شامیان فرمان نداد و به ماجرای حکمیت تن داد دلائلی مطرح شده است. مانند: 1- اختلاف و تفرقه ياران امام. 2- کمی یاران و لزوم حفظ جان آنها. 3- ترس امام از انقطاع نسل امامت.