اولا: آیاتی از قرآن اهل کتاب را به خاطر اسلام نیاوردنشان، کافر و فاسق و مشمول لعن الهی خوانده، مانند آیه 89 سوره بقره.
ثانیا: این آیه نه تنها دلالتی بر پلورالیسم ندارد بلکه خودش دلیل نسخ و عدم مشروعیت شرایع قبلی است؛ زیرا ابتدا فرمان جنگ می دهد، سپس آنان را فاقد ایمان به خدا و فاقد دین حق می داند.
ثالثا: این آیه فقط دلالت بر همزیستی مسالمت آمیز اهل کتاب در کنار مسلمانان پس از تسلیم شدن در برابر حکومت اسلامی دارد و هیچ ربطی به پلورالیسم به معنای مشروعیت و حقانیت اهل کتاب ندارد.

از جمله اقدامات امام صادق(ع)، دور کردن شیعیان اصیل از غالیان منحرف بود. عدم همنشینی شيعيان با غلات و هر اهل بدعتی از توصيه های مهم امام ششم بود. حضرت، عقاید آنان را مورد انکار قرار داده و با میزان قرار دادن قرآن برای سنجش نقل ها و گفته های خود، از شیعیان می خواست ادعاهای نادرست غُلات را نپذیرند. امام صادق(ع) آنها را بدتر از مجوس و یهود و نصارا و مشرکین خوانده و می کوشید تا با تکفیر غُلات، آنان را از جامعه مسلمین طرد کرده و حوزه فکری شیعه را از آلودگی های آنان به طور کامل رهایی بخشد.

قرآن درباره يهود و نصارى مى فرمايد: «آنها گفتند: هيچكس جز يهود يا نصارى هرگز داخل بهشت نخواهد شد». آنها آنقدر خودبرتربين بودند كه بهشت را دربست مخصوص خود مى دانستند و حتّى اعتنايى به مؤمنان ديگر نداشتند. قرآن در پاسخ آنها مى گويد: «اين آرزوى آنهاست». آرزويى بى دليل و بى مأخذ و دور از واقعيت كه هرگز به آن نخواهند رسيد. سپس روى سخن را به پيامبر(ص) كرده مى گويد: «به آنها بگو دليلتان را بياوريد اگر راست مى گوئيد».

همان گونه كه خداوند متعال در مورد يهود و نصارا مى فرمايد: «هرگز يهود و نصارا از تو راضى نخواهند شد، تا [به طور كامل، تسليم خواسته هاى آنها شوى، و] از آيين [تحريف يافته] آنان، پيروى كنى» مستكبران عالم نیز دست از ايذا و آزار مسلمانان برنمى دارند و هر زمان كه مسلمانان يك گام عقب نشينى كنند آنها يك قدم جلوتر مى آيند. آری آنها زمانى از ما راضى خواهند شد كه با اسلام خداحافظى كنيم.

برخی برای اثبات «پلورالیسم رستگاری» به آیه 62 سوره بقره تمسّک کرده اند که می فرماید: «کسانی که به پیامبر اسلام ایمان آورده اند و کسانی که به آیین یهود گرویدند،... هر گاه به خدا و روز رستاخیز ایمان آورده و عمل صالح انجام دهند پاداششان نزد پروردگارشان مسلّم است». در پاسخ باید گفت: آیه به صیغه ماضی آمده و دلالت بر رستگاری افرادی دارد که قبل از ظهور اسلام به خدا و رسول خود ایمان آورده اند. از سویی یقین، حجت ذاتی است و اگر کسی یقین به دین خود داشته باشد؛ این شخص اهل نجات خواهد بود.

از برخى روايات استفاده مى شود كه در «عصر ظهور» فقط مسلمانان روى زمين باقى مى مانند و از روايات ديگر می فهمیم يهود و نصارا تا روز قيامت باقى خواهند ماند. لکن رواياتي كه دلالت بر بقاى يهود و نصارا تا روز قيامت دارد با ظاهر آيات قرآن مطابق است و به اين خاطر بر طايفه اول مقدم است. بنابراین يهود و نصارا گرچه در اقليت اند و فاقد اختيار و اقتدارند؛ اما جان و مال و آبرو و ناموس آنها در پناه دولت اسلامى محفوظ است.

خداوند در آیه 55 سوره آل عمران خطاب به حضرت عیسى(ع) مى فرماید: «ما پیروان تو را تا روز رستاخیز بر کافران برترى مى دهیم». طبق این آیه، یهود و نصارى تا دامنه قیامت در جهان خواهند بود، امّا در روایات مربوط به ظهور حضرت مهدى(ع) مى خوانیم، او همه ادیان را زیر نفوذ خود در مى آورد. در پاسخ به این شبهه باید گفت: هیچ مانعى ندارد که اقلیتى از یهود و نصارى، در پناه حکومت حضرت مهدى(ع) با شرایط «اهل ذمه» وجود داشته باشند. زیرا مى دانیم حضرت مهدى(ع) مردم را از روى اجبار به اسلام نمى کشاند.

اگرچه انجیل و تورات کنونی مخلوطى است از تعلیمات حضرت موسی(ع) و حضرت عیسی(ع) به همراه افکار و اندیشه هاى دیگران، ولی با این حال، بشارت هاى فراوانى به ظهور بزرگى که نشانه هاى آن جز بر اسلام و آورنده آن تطبیق نمى کند، دیده مى شود. غیر از پیشگوئى ها ، در سه مورد از «انجیل یوحنا» روى کلمه «فارقلیط» تکیه شده است، که در فارسی به «تسلی دهنده» است، ولی مهم این است که: در متن سریانى «اناجیل»، به جاى تسلّى دهنده «پارقلیطا» آمده، به معنى «شخص مورد ستایش»، که معادل «محمّد، احمد» است، می باشد.
 

آیات قرآن حاکى است که پیامبر اسلام(ص) علاوه بر قرآن، معجزات دیگری نیز داشت. مانند: شق القمر که در سوره قمر، آیه 1 و2 آمده. همچنین در سوره زخرف آیه 66، سوره اسراء آیه 1، سوره آل عمران آیه 61 و آیات دیگری سخن از معجزات پیامبر(ص) به میان آمده است.

«صِبْغَة» در اصل به معناى رنگ كردن است. اين تعبير در آيه 138 سوره «بقره» شايد به خاطر آن است كه نصارا نوزاد را بعد از روز هفتم با آب زرد رنگى غسل مى دادند و معتقد بودند كه اين رنگ او را پاك و پاكيزه مى كند. قرآن رنگ الهى را كه همان اسلام و توحيد است از همه اينها بهتر و بالاتر می داند.