اولا: اگر این ایراد مورد قبول باشد، باید این سوال قبل از ایراد شبهه گر مطرح باشد که چرا رسول خدا(ص) چون حضرت عیسی(ع) و به جای ایشان محفوظ و زنده نگاه داشته نشده که رهبر قیام آخرالزمان باشد؟! اگر طول عمر حضرت عیسی(ع) به واسطه ایمان دینی مورد قبول و از لحاظ علمی هم ممکن است، این طول عمر به طریق اولی برای رسول خدا(ص) شایسته و ممکن خواهد بود. اما اراده و مصلحت الهی چنین اقتضا کرده که حضرت رسول(ص) از دنیا برود و حضرت عیسی(ع) زنده بماند . بنابر همین اقتضای حکمت الهی امام و رهبر قیام آخرالزمان از اولاد رسول خدا(ص) است که روایات فریقین نیز آن را تایید می کند.
ثانیا: شأنیت والاتر مقام امامت در مقایسه با مقام هایی چون «نبوت» و «رسالت» که به نوعی اقامه تمامی وظایف و به ثمر رساننده ارزش ها و آرمان های آن دو مقام  است، اقتضای این را دارد که امام مهدی(عج) عهده دار چنین مأموریت خطیری یاشند. به خصوص که نور وجود ایشات امتداد نور وجودی پیامبر اکرم(ص) با تمام فضائل شان - اعم از خاتمیت، وسعت مخاطبین رسالت برای همیشه تاریخ، دایره گسترده تر علم و معارف، ابلاغ برترین کتاب آسمانی یعنی قرآن، عصمت مطلقی که با ترک اولی هم مخدوش نشده - بر تمامی انبیای دیگر است. در نتیجه قیام ایشان گویی قیام خود پیامبر(ص) است.

اولا: سخن خداوند در آیه 20 سوره انعام سخنی جدلی و در پاسخ عقیده باطل مشرکین بوده و منطبق با منطق آنها بوده، نه اینکه سبب فرزند نداشتن خداوند منحصر در همسر نداشتن او باشد! چرا که همسر گزیدن براى خداى تعالى معقول نيست، زیرا همسرگزینی از عوارض موجودات جسمانی و مادی است و او از چنین عوارضی پاک و منزه است.
ثانیا: کلام حضرت مریم(س) کلامی ناظر به شیوه های طبیعی تولد فرزندان انسان است و منافاتی با اراده الهی ندارد. حضرت مریم(س) در اين حال تنها به اسباب عادى مى انديشيد، در حالی که نظام عالم طبيعت مخلوق خدا و محكوم فرمان او است و هر گاه بخواهد مى تواند اين نظام را دگرگون سازد و به وسيله اسباب و عوامل غير عادى‏ موجوداتى را بيافريند.
ثالثا: هدف از تولد حضرت عیسی(ع) از مادری بدون همسر اين بوده كه خداوند بشرى به وجود آورد كه مظهر قدرت او باشد و از اين طريق حجّت را بر ملّت لجوج بنى اسرائيل كه زير بار دعوت دیگر پيامبران پس از حضرت موسى(ع) نمى رفتند، تمام كند و از آنجا که حکمت خاصی دارد، نمی توان داستان آن را به عنوان نقض دیگر آیات قرآن در چگونگی تولد فرزندان انسان در نظر گرفت.

قرآن در سه جا به سخن گفتن مسيح(ع) در گهواره اشاره كرده است. با اين وجود، تصريحى نسبت به سخن گفتن او در گهواره و در مدت شيرخوارگى و پيش از سنّ معمول ندارد. در ميان انجيل ها، تنها انجيل لوقا سخن گفتن در گهواره را به جاى مسيح(ع) به يوحنّاى معمدان(يحيى بن زكريا) نسبت داده و ديگر اناجيل نسبت به اين نكته ساكت هستند.

قرآن، بشارت مسيح(ع) به آمدن پيامبر اكرم(ص) را مورد اشاره قرار داده است و اين مژده در ميان بشارت‌هاى مسيح(ع) وجود دارد؛ لکن این موضوع در ترجمه‌ها به گونه‌اى تحريف شده است. و این تحریف از آن جهت است که زبانى كه مسيح با آن اين بشارت را داده زبان عبرى است و زبان انجيل يوحنّا كه اين بشارت را نقل كرده نيز عبرى است؛ اما پس از ترجمه به زبان يونانى - كه مشخص نيست توسط چه كسى ترجمه شده - اصل آن گم شده و اثرى از آن نيست.

مسيحيان پنداشته‌اند كه حتماً مسيح به دار آويخته و كشته شده است؛ اما حقيقت همان است كه قرآن به صراحت فرموده است: «و حال آن كه آنان او را نكشتند و مصلوبش نكردند، ليكن امر بر آنان مشتبه شد؛ و كسانى كه درباره او اختلاف كردند، قطعاً در مورد آن دچار شك شده‌اند و هيچ علمى بدان ندارند، جز آنكه از گمان پيروى مى كنند، و يقيناً او را نكشتند؛ بلكه خداوند او را به سوى خود بالا برد»... .

می دانیم که قرآن تصریح دارد براینکه امر حضرت مسيح(ع) بر دشمنانش مشتبه شد و تصور کردند که او را به دار كشيده اند؛ در حالی كه خداوند او را به آسمان بالا برده است. اما اناجیل بر کشته و به دارکشیده شدن ایشان صحّه گذاشته‌اند. اما در اينجا يك پرسش باقى است: آيا مسيح با جان و جسمش به آسمان رفت و زنده و شاداب بر سر سفره پروردگار است تا در آخرالزّمان به زمين بازگردد؛ چنان كه در بسيارى از روايات اسلامى هست؟ يا آن كه فقط روح او به آسمان رفته و پيكرش در زمين است؟ بدين معنى كه خداوند او را ميرانده و قبض روح فرموده است؟ ...

اناجيل كنونى سالها بعد از مسيح نگاشته شده و داراى تناقضهاى آشكارى است و وجود خرافاتی مانند داستان شراب سازی حضرت عیسی(ع) با وجود حرمت آن در تورات، روشنگر اين واقعيت است.

مسیحیان درباره شخصیت مریم مجدلیه نیز مطالب متناقضی بیان نموده اند. برخی او را بدکاره می دانند که بعد از آشنایی با حضرت عیسی به او ایمان آورده. برخی هم معتقدند او گنهکار نبوده و... اما در هیچیک از اناجیل به ازدواج حضرت عیسی با این زن تصریح نشده است.

قول صحیح که اسلام نیز آن را قبول دارد این است که ایشان هرگز ازدواج نکرده؛ چنانکه امام علی(ع) در روایتی به آن تصریح نموده اند: «... نه همسرى داشت كه وى را بفريبد و نه فرزندى كه او را غمگين نمايد، و نه ثروتى كه او را به خود مشغول دارد، و نه طمعى كه خوارش سازد. مركبش پاهايش و خادمش دستهايش بود».

امام علي(ع) در خطبه 160 «نهج البلاغه»، درباره «زهد» حضرت عیسی(ع) می فرماید: «او سنگ را بالش خود قرار می داد؛ لباس خشن می پوشید؛ غذای ناگوار [مانند نان خشک] می خورد؛ چراغِ شب هایش ماه بود، میوه و گُل او گیاهانی بود که از زمین برای چهار پایان می رویید؛ نه همسری داشت که او را بفریبد و نه فرزندی که [مشکلاتش] او را غمگین سازد؛ نه مالی داشت که او را به خود مشغول دارد و نه طمعی که خوارش کند؛ مرکبش پاهایش بود و خادمش دست هایش».

جزئیات نقل شده در «انجیل» راجع به این داستان مجعول و میزان زنندگی آن، نشان می دهد که این چنین واقعه ای چه اندازه از ساحت مقدس انبیای الهی دور و چه میزان بی اساس و ساختگی است.
پذیرش اینکه زنی بد کاره – با توجیه اینکه در مقام توبه است – با اشک هایش پاهای شخصیتی قدیس را بشوید(!) با موهایش آن ها را خشک و مدام بر آنها بوسه بزند چیزی است که حتی از کشیشی معمولی هم بعید است چه برسد به نبی اولوالعزم الهی.
آثار خرافى و افسانه ای بودن این داستان از ظاهر آن کاملا نمایان است. كو آن همه اشک چشم كه كسى پاى ديگرى را [به جاى آب] با آن بشويد و با موهايش خشک كند؟!

برخی از منابع مسیحیت بیان قرآن در مورد حضرت عیسی(ع) و حضرت مریم(س) را متأثر از برخی نسخه های تحریف شده تورات قلمداد نموده و آن را خرافات پنداشته اند. این در حالی است که اناجیل معتبری مانند انجیل «لوقا»، «متّی» و «برنابا» به این مطلب پرداخته و بر واقعه تولد عیسی(ع) از مادر باکره صحّه گذاشته اند.