آیاتی در قرآن وجود دارد که به تحریف قسمت هایی از تورات و انجیل که باب میل اهل کتاب نبوده اشاره دارد؛ از جمله: «يَسمعُون‏ كَلامَ الله ثم يُحرّفُونه» و «يَلوُونَ‏ ألسِنتَهُم‏ بِالكِتابِ‏ لِتحسبُوهُ من الكِتابِ وَ ما هُو من الكِتابِ» و «يُحرّفُونَ الكَلِمَ عَن مَواضعهِ‏». همچنین تفاوت اساسی قرآن با تورات و انجیل در نقل داستان انبیاء به تحریف شدگی این دو کتاب در این باره دلالت دارد. با وجود اینها در قرآن شواهدی است که قسمت هایی از این دو کتاب در زمان نزول قرآن تحریف نشده، مانند تعبیر «مُصدّق لِما مَعهُم‏» در آیاتی از سوره بقره و مائده.

اولا: آیات زیادی از قرآن، اهل کتاب را به اسلام آوردن دعوت و تشویق و بلکه الزام کرده است و همچنین آنان را به خاطر اسلام نیاوردنشان، کافر و فاسق و مشمول لعن الهی خوانده است. بنابراین آنها را به رسمیت و مشروعیت و حقانیت نشناخته است.
ثانیا: این آیه در مقام منّت گذاری و رفع عسر و حرج از مسلمانان نازل شده است؛ زیرا با اهل کتاب روابط تجاری و اجتماعی تنگاتنگ دارند. قبل از سوره مائده منع شرعى وجود داشته، و سوره مائده که در مقام منّت‏ گذارى و تخفیف است دلالت دارد بر اینکه آن منع قبلى به منظور تخفیف برداشته شده است؛ پس آیه ربطی به پلورالیسم ندارد.

مشرکان، پیشنهادی پلورالیستی و سازشکارانه داشتند که حاوی معامله و پذیرش متقابل عقیده و تدین به آیین شرک و توحید بود. این سوره پاسخی کوبنده به درخواست آنها و نفی هر گونه سازش است. این آیه ردّی بر قابل تبعیّت بودن هر نوع عقیده غیر از توحید است، نه پذیرش حقانیّت همه عقاید! اساسا روایات یکی از ویژگی های این سوره را «برائت و بیزاری از شرک» معرفی کرده اند؛ پس چگونه می توان پلورالیسم یا آزادی شرک و الحاد را از این سوره نتیجه گرفت!
آیه شریفه در مقام این است که بفرماید: شما به دین من نخواهید گروید و من نیز به دین شما نخواهم گروید؛ نه اینکه شما آزادید هر آیینی حتی شرک داشته باشید. شاهد این ادّعا، شأن نزول سوره، روایات وارد شده درباره این سوره و محتوای کل قرآن است که به شدّت شرک و کفر را طرد می کند.

بزرگداشت گروهی از اهل کتاب در قرآن و وعده پاداش به آن ها هرگز به معنای تایید همه آنها نیست، زیرا قرآن در آیات زیادی صریحا ایمان نیاوردن به خاتم انبیاء(ص) را مساوی کفر و باعث عقاب می داند. انبیاء گذشته همگی به آمدن پیامبر خاتم(ص) بشارت می دادند و اساسا یکی از دستورات تورات و انجیل، ایمان به پیامبر خاتم(ص) است.
معنای این آیات فقط بزرگداشت آن دسته از اهل کتاب است که قبل از بعثت خاتم انبیاء(ص) در انتظار ایشان بودند و نیز کسانی که پس از بعثت، با تطبیق اوصاف یاد شده در کتب آسمانی قبلی بر آن حضرت(ص)، به ایشان ایمان آوردند؛ درواقع بزرگداشت ایمان و اسلام آوردن آنان است، نه بزرگداشت اهل کتاب بودن آنان.

با توجه به اینکه قرآن بعضی از عقاید شرایع گذشته را انحرافی و کتب آنها را تحریف شده می داند و با توجّه به اینکه اسلام دیگران را فقط به سوی خویش دعوت می کند، روشن می شود که تصدیق کتب آسمانی گذشته به معنای مشروعیت کنونی آنها نیست.
معنی تصدیق کتابهای پیشین نیز به معنی تصدیق اصول کلی و مشترک بین همگان است، مانند ایمان به حق تعالی و معاد و رسالت و تایید اصول عام فقهی و اخلاقی مانند صداقت و نیکی و اصل نماز و روزه و مثلا حرمت سرقت و زنا و شراب خواری.

اولا: آیاتی از قرآن اهل کتاب را به خاطر اسلام نیاوردنشان، کافر و فاسق و مشمول لعن الهی خوانده، مانند آیه 89 سوره بقره.
ثانیا: این آیه نه تنها دلالتی بر پلورالیسم ندارد بلکه خودش دلیل نسخ و عدم مشروعیت شرایع قبلی است؛ زیرا ابتدا فرمان جنگ می دهد، سپس آنان را فاقد ایمان به خدا و فاقد دین حق می داند.
ثالثا: این آیه فقط دلالت بر همزیستی مسالمت آمیز اهل کتاب در کنار مسلمانان پس از تسلیم شدن در برابر حکومت اسلامی دارد و هیچ ربطی به پلورالیسم به معنای مشروعیت و حقانیت اهل کتاب ندارد.

برخی می گویند: نحوه گرفتن «جزیه» تحقیرآمیز است؛ زیرا قرآن می فرماید: «... تا زمانی که با خضوع و تسلیم، جزیه را به دست خود بپردازند». لکن علامه طباطبایی(ره) می فرماید: «کلمه صِغَر به کسر صاد و فتح غین، به معنی کوچک و صغیر است. لکن صَغَر به فتح صاد و غین، به معنی ذلّت خواهد بود. و قرآن آن را درباره اهل کتاب استعمال کرده، و منظور از ذلّت ایشان، قبول سنت اسلامی و تسلیم آنان در برابر حکومت عادلانه اسلام است. نه این که مسلمین و یا حاکمان اسلامی به آنان توهین کنند؛ زیرا این معنی با وقار اسلامی سازگاری ندارد».

گسترش اسلام در جزیره العرب و سایر نقاط با جنگ و شمشیر نبود، بلکه عواملی مانند شخصیت پیامبر(ص) و نوع رسالت حضرت، سبب توسعه اسلام گردید. نخست شخصیت پیامبر(ص) که از قبیله قریش و از خانواده هاشمی بودند، امتیاز ویژه ای از حیث پاکی، قداست و زعامت داشت که قابل مقایسه با هیچ قومی نبود. از سویی اسلام در جزیره العرب ظهور کرد؛ سرزمینی که از نفوذ دو دولت روم و ایران دور بود. همچنین قرآن معجزه ای بود که عرب فصیح را متحیر ساخته و در آن قوانین و معارف دینی و خبرهای غیبی با اسلوب فصیح و بلیغ آمده است. و ... .

قرآن در آیات بسیاری به اتحاد بین ادیان الهی اشاره کرده و آنان را بر اساس محورهایی دعوت به همسویی کرده است. 1- ایمان به همه پیامبران و کتب آسمانی، که خداوند می فرماید: «پیامبر، به آنچه از سوی پروردگارش بر او نازل شده، ایمان آورده است. و همه مؤمنان به خدا و فرشتگان او و کتاب ها و فرستادگانش، ایمان آورده اند». 2- خداوند اهل کتاب را به وحدت دعوت کرده و می فرماید: «ای اهل کتاب! بیایید به سوی سخنی که میان ما و شما یکسان است ...». در واقع قرآن پیروان ادیان را بر محور توحید و نفی شرک، دعوت به اتحاد می کند.

با توجه به آیات و روایات، بعد از ظهور امام مهدی(عج) هیچ دین زنده ای به جز اسلام وجود نخواهد داشت و اسلام بر سرتاسر جهان حاکم خواهد شد. امّا با این همه نمى توان گفت که اقلّیّت هاى کوچکى از پیروان ادیان آسمانى دیگر مطلقاً وجود نخواهد داشت؛ هر چند اکثریّت انسانها به نظام توحیدى اسلام گرایش خواهند کرد، امّا امکان دارد افرادى بر اثر اشتباه یا تعصّب، بر عقیده پیشین باقى بمانند و این یک امر طبیعى است. البتّه اگر چنین اقلّیّتى هم وجود داشته باشد، به صورت یک اقلّیّت سالم و با حفظ شرایط «اهل ذمّه» مورد حمایت آن حکومت اسلامى خواهند بود.