آنان كه ادعا كرده‌اند اين آيه قرآن «تمامى موجودات را جفت (نر و ماده) آفريديم» منافات با علم روز دارد بر اثر برداشتى است كه از تعبير «زوجين» داشته‌اند و آن را همواره به معناى جفت نر و ماده پنداشته اند. در صورتى كه «زوج» در برخی از آيات به معناى «صنف» و مراد از «تثنيه»، مطلق تعدّد و تكثّر است؛ بدين معنا كه از هر چيزى، اصناف و انواع متعدّدى آفريديم.
 أمّا اگر اشارتى هم در برخی از آیات در اين باره باشد، باز هم اعتراض معترض وارد نيست؛ زيرا در علم زيست شناسى ثابت شده است كه هيچ موجود زنده‌اى از قانون لقاح جنسى (نر و ماده) مستثنى نيست.
ضمن اینکه واژه «شىء» غير جانداران را هم در بر مى‌ گيرد و لحن برخی از آیات تأكيد مى ‌كند كه همه اشيا مانند جانداران براساس قانون زوجيت به وجود آمده اند؛ چرا که شالوده جهان هستى بر اتم استوار است و اتم نيز متشكل از يك جفت است: الكترون و پرتون.

هیوم بر این باور است که «برهان نظم» ماهیّت «تجربی» دارد و ما پدید آمدن کلیّت جهان و ویژگی های آن را تجربه نکرده ایم تا بتوانیم بگوییم که در ورای آن ها سازنده ای دانا و توانا وجود دارد.
نقد: نياز نظم به ناظم، حكم عقل است و برای پی بردن به دانش و توانایی سازنده یک پدیده، نیاز به تجربه پدیده های مشابه نیست.
هیوم می گوید: ماده ممکن است در ذات خود دارای منبع یا منشاء نظم باشد.
نقد: اثر ذاتی ماده منجر به نظم در کلیّت یک پدیده نمی گردد.
هیوم می گوید: با برهان نظم نمی توان نظام موجود را «نظام اكمل» و خالق آن را بی نقص دانست. برهان نظم مستلزم «توحید» نیست. حوادث ناخوشايند طبیعت(شرور) با نظم جهان سازگاری ندارد. استدلال «تمثیلی» نظم مستلزم و منتج به «محدودیّت» و «انسان وارگی» خدا می گردد.
نقد: این اشکالات از آنجا ناشی می شود که هیوم از حدود کاربرد «برهان نظم» غافل است. او پنداشته همه مسائل الهیات را از یک برهان استنناج می کنند و آن «برهان نظم» است.

عالم مادّه حادث است، چون برهان حرکت و سکون مى گوید جهان مادّه دائماً در معرض حرکت و سکون است و حرکت و سکون از«امور حادث» است و چیزى که معروض حوادث است حادث مى باشد. دلیل علمى حادث بودن عالم، مدام در حال فرسودگى و«آنتروپى» بودن آن است. این فرسودگى یعنی اینکه جهان مادّه پایان و سرانجامى دارد و هنگامى که قبول کنیم پایانى دارد، باید قبول کنیم آغازى هم داشته. بنابراین عالم حادث است.

بر اساس اکتشافات دانشمندان، طبیعت مظهر مشیّت و اراده خداوند است. طبیعت، با نظمی حیرت آور، نقشه حساب شده و هدفى مشخّص، به وظایف سنگین خود ادامه مى دهد. این ها همه گواه وجود آفریدگاری بزرگ است. طبیعت فاقد شعور و اراده، هرگز نمی تواند از طریق تصادف، اطاق گِلى بسازد، تا چه رسد به این که نطفه ای را آن قدر پرورش دهد تا به انسان متفکری تبدیل شود. از این رو چنین جهانى نمى تواند معلول مادّه بى روح و طبیعت بى شعور باشد، پس این طبیعت، فعل خداست و از او جدا نیست.

با توجّه به معنای لغوی «عرش» و مناسبتی که با «عظمت و قدرت» پیدا می کند، شایسته ترین معنای «عرش الهی» همان «حاکمیّت و قدرت» بی پایان و مطلق خداوند یا «مجموع جهان هستی» است که با تدبیر خداوند به وجود و حیات خود ادامه می دهد.
کرسی نیز به معنایی همچون «منطقه قلمرو حكومت» و یا «منطقه نفوذ علم الهی» و یا وجودی وسيع تر از تمام آسمان ها و زمين و محیط بر آنها تفسیر شده است.
بدیهی است هیچ کدام از این معانی عرش و کرسی موجب «جسم انگاری» خدا نمی شود.

زمان از ویژگی های عالم ماده است؛ چون زمان مقدار حركت است که تنها در موجودات مادي وجود دارد. بنابراين تنها برای موجود مادی گذشته و حال و آينده معني پيدا می كند؛ امّا براي موجودي كه بالاتر از عالم ماده واقع شده، نه حركت معنایی دارد و نه زمان. براى ذاتى كه همه جا حضور دارد، و ازل و ابد را فراگرفته، ماضى و مضارع و حال بى‏ معنى است، همه حوادث در تمام طول زمان نزد او حاضرند (هر كدام در ظرف مخصوص خود) و او به همه حوادث و موجودات عالم، چه در گذشته و چه در حال و آينده يكسان احاطه دارد.
خداوند هميشه به ذات پاك خود كه علّت همه اشياء است احاطه دارد؛ به تعبير ديگر اگر ما آگاهى به علّت اشياء داشته باشيم مى‏ توانيم آگاهى به نتيجه و معلول آنان نيز پيدا كنيم، چرا كه هر علّتى تمام كمالات معلول و بالاتر از آن را دارد. به عبار دیگر خداوند عالم به ذات خویش است و چون ذات او علّت تمام اشیاء می باشد، تمام اشیاء با خصوصیات آنها و همه اتّفاقات عالم هستی از اول تا آخر در نزد او حاضر اند. پس هنگامى كه او به ذات خويش عالم باشد در حقيقت به همه آنها آگاه است.

رزق و روزى موجودات زنده، از جالب ترین مسائلى است که با گذشت زمان و پیشرفت علم، صحنه هاى شگفت انگیزى از آن فاش مى گردد، همه موجودات حتی گیاهان در اعماق دریا، جنین در شکم مادر و... روزی آنها توسط خداوند مشخص شده. از سویی در آیات قرآن، هنگام بحث از روزى خواران تعبیر به دابه و جنبنده شده که اشاره لطیفى به رابطه انرژى و حرکت دارد. هر جا حرکتى هست نیازمند ماده انرژى زاست، یعنى ماده اى که منشأ حرکت باشد و اگر حرکت را به معنى وسیعش تفسیر کنیم، گیاهان را هم در بر مى گیرد، و آن حرکت در مسیر نمو دارند.

حرکت جوهری توسط ملاصدرا مطرح شده است. براساس این نظریه ماده اجسام، وجودى است سیّال، که دائماً ذاتش دگرگون مى شود و هر لحظه وجود تازه اى است که با وجود قبل فرق دارد، اما چون این دگرگونیها با هم اتصال دارد یک شىء محسوب مى شود. نتیجه اش این است که دائماً خداوند دست در کار خلقت و آفرینش جدیدى است، و دائماً ما مستفیض از فیض ذات او هستیم، آیه «وَ کُلَّ یَوْم هُوَ فِى شَأْن» را نیز به این معنى تفسیر کرده اند.

در بسیاری از آیات قرآن، وجود خدا و کلام او و گام نهادن در طریق او به نور تشبیه شده و مفرد هم آمده و نشان می دهد کلام خدا و ایمان به خدا و راه او، همه یک حقیقتند بر خلاف ظلمات که جمع آمده است. وجه این تشبیه این است که نور که لطیف ترین موجود جهان ماده است سرچشمه همه مواهب مادی می باشد.

یقیناً اصل «علّیت» جزء اصول مسلّم علوم بشرى است. معجزات نیز داراى علّت هستند. لکن ممکن است این علّت، علّت ماوراى طبیعى باشد زیرا این عالم منحصر به مادّه و طبیعت نیست. یا حتّى ممکن است یک علت طبیعى ناشناخته داشته باشد.