بعضى از نويسندگان اسلامى که تحت تأثير منطق مادّیون قرار گرفته اند، بى ميل نيستند كه با مادّى ها در موضوع انكار معجزات هم صدا شوند و از آيات قرآن مجيد نيز شاهدى براى مقصود خود بياورند! آنها مى گويند: «هنگامى كه مشركان عرب از پيامبر اسلام(ص) تقاضاى معجزات گوناگونى كردند، آن حضرت سريعاً به عجز خود اعتراف نمود و دست ردّ به سينه آنها گذارد ...»! در پاسخ بايد گفت: اولاً: بسيارى از خواسته هاى مخالفان پيامبر(ص)، منطبق با شرائط معجزه نبوده است. ثانياً: از آيات قرآن به خوبى بر مى آيد كه مخالفان پيامبر(ص)، مردمى لجوج، معاند و بى منطق بوده اند و حتى با ديدن معجزات آشكار باز هم حاضر نبودند در برابر حقيقت تسليم شوند.

پیامبران علاوه بر معجزه، قرائن دیگری نیز مانند «محتوای دعوت شان» یا «خصوصیات فردی و اخلاقی والا» دارند که وقتی در کنار عمل خارق العاده قرار می گیرند نبوت پیامبران و معجزه بودن عمل آنها را تأیید می کند.

سحر و عمل مرتاضان چند تفاوت با معجزه دارند:
1- کار مرتاضان و ساحران نتیجه مستقیم آموزش و تمرین است.
2- در کارهای ساحر و مرتاض تحدی و هماورد طلبی دیگران به تکرار آن اعمال خارق العاده نیست.
3- کار آنها محدود به قلمرو خاص و اعمال معین و غیر متنوع است.
4- وضع و صفات ساحران و مرتاضان الهی نیست.

برخلاف پیامبران که کارشان بدون تمرین و همراه با تحدی و در همه زمینه ها می باشد و اهداف آنها الهی است.

اقامه معجزه از سوی انبیاء،‏ به معناى انجام يك محال عقلى‏ نيست زيرا محال عقلى به حكم عقل غير ممكن است. مثل اين كه پيامبرى بخواهد در آن واحد چيزى موجود باشد و موجود نباشد و يا صخره عظيمى را در پوست يك تخم مرغ جا دهد بى آن كه صخره كوچك شود يا تخم مرغ بزرگ گردد. بنابراين محالات عقلى نه در بحث اعجاز و نه در هيچ بحث ديگرى قابل طرح نيست.
آنچه قابل طرح است، محال عادى مى باشد و معجزه فقط خرق يك‏ محال عادى‏ است. يعنى طبق روال معمولى قانون علت و معلول چنين چيزى با اسباب و شرايط معمولى و با نيروى انسانى قابل تحقق نمى باشد ولى هيچ مانعى ندارد كه با نيروى الهى و علّت فوق طبیعی یا علّت ناشناخته طبیعی حاصل گردد.

کرامت امری است خارق العاده که خداوند به مقربان درگاهش عطا کرده، اما نه برای اثبات حق یا تحدی، اگر چه ممکن است حقی با آن اتفاقا ثابت شود. اما معجزه به امر خارق العاده ای مى گويند که همراه با تحدی و ادعاى نبوّت‏ و يا امامت باشد.

برخی امر خارق العاده ای که برای اثبات ادعای منصبی از مناصب الهی صورت پذیرد را نیز معجزه دانسته اند، اما در این فرض از معنی اصطلاحی معجزه که طبق روایات اختصاص به انبیا و حجج الهی دارد، خارج شده اند.

«معجزه» به كار خارق العاده اى گفته مي شود كه از حدود توانايى نوع بشر خارج است و هيچ كسي نمي تواند همانند آن را بياورد و همراه با دعوى پيامبرى و تحدّي (يعني دعوت به مبارزه و مقابله) هم باشد.

«معجزه» منافاتي با «قانون علّيت» ندارد. اگر حادثه اى بر خلاف علل عادى واقع شود بايد گفت: آن هم علتى دارد كه ما تاكنون آن را نشناخته ايم و چيزهاى بسيارى چنين هستند! اين علت ممكن است كه يك مبدأ ماوراء طبيعى باشد يا يك عامل طبيعى ناشناخته و در هر صورت كسى كه توانسته آن نظم عادى علت و معلول طبيعى را بر هم بزند و آن حادثه را پديد آورد يك فرد عادى و معمولى نيست؛ زيرا فرض بر اين است كه اين كار (معجزه) از هيچ بشرى، حتى نوابغ جهان، ساخته نيست و چنين كسى حتماً با مبدئى مافوق جهان طبيعت رابطه دارد.

معجزه قانون علیت را نقض نمی کند. معجزه دارای علت است؛ هرچند ممكن است اين علت، علتی ماوراى طبيعى و یا يك علت طبيعى ناشناخته باشد. علاوه بر این برخلاف حوادث طبيعى که در آنها اسباب اثر خود را به تدريج مى ‏بخشند، در معجزه تأثیر اسباب به صورت آنى و فورى است.

معجزه هم كار خدا است، زيرا با استمداد از نيروى پروردگار و اذن او انجام مى‏ گردد و هم كار پيامبران است، چرا که به وسيله آنها انجام مى‏ شود. اینکه معجزه کار پیامبران باشد با توحيد افعالى خداوند منافاتی ندارد؛ چرا که همه این معجزات به اذن و اراده خدا بوده است و پیامبران استقلالی از خودشان نداشته اند.

زنده ماندن یونس نبی در دل نهنگ یک معجزه الهی می باشد. معجزه متکى به نیروى الهى است و هرگز به معناى انجام یک محال‌ عقلى و به معناى برهم زدن قانون علیّت نیست. دو وجه برای زنده ماندن در شکم ماهی در این مدت ممکن است: 1) ماهی که او را بلعیده به خواست الهی شرایطی داشته که امکان زنده ماندن انسان در شکم او وجود داشته است. 2) خداوند در دل ماهی قدرت زنده ماندن را به حضرت یونس(ع) عطا کرد.

معجزه با نبوغ نوابغ تفاوت های اساسی و جوهری دارد. نابغه کسی است که زودتر از دیگران مراتب «کسب» علم و دانش را طی می کند اما پیامبران علم و دانش خود را از دیگران کسب نمی کنند و معجزات آنها از عهده هیچ انسانی، حتی بهترین نوابغ، بر نمی آید. خارج بودن از قدرت انسانها و اختصاص داشتن به پیامبران، عدم احتمال خطا، عدم قابلیت تعلیم و تعلم، گواه صدق رسالت و نبوت بودن، مغلوب نشدن و فرياد تحدي از جمله ویژگی های اختصاصی معجزه است.