فريضه الهى «امر به معروف و نهى از منكر» از جهتى دو مرحله دارد؛ يك مرحله آن وظيفه عموم مردم است و مرحله ديگر، بر عهده حكومت اسلامى است و مردم نبايد در آن دخالت كنند: 1. مرحله قلبى و زبانى؛ يعنى با ديدن يك منكر در قلب و روح از آن گناه و گناهكار بيزار شويم و اين بيزارى سبب شود كه با زبان خوش توأم با ادب و احترام نهى از منكر كنيم. 2. مرحله فيزيكى و اجرايى؛ كه وظيفه گروه خاصّى است، نه همه مردم، كه همان حكومت اسلامى است.

هدف امام علي(ع) از به دست گرفتن حکومت همچنان که گفته های مورخین گواه آن است، حفظ اصول و ارزش های اسلامی بود؛ ارزش هایی که در زمان حکومت خلفای پیشین به دلیل افکار جاهلی به فراموشی سپرده شد. لذا هنگامی که مردم دست بیعت به سوی امام(ع) دراز کردند در ابتدا مخالفت کرد؛ چراکه می دانست حکومت حق و عدالت بر مردمى كه عادت به ظلم و ستم كرده اند، بسيار مشكل است و با مخالفت هاى شديد سران دنياپرست روبرو خواهد شد؛ ولى پس از تمام شدن حجّت مسئوليت را پذيرفت.

درباره تعبیر «یاتی بسلطان جدید» درباره امام زمان(عج) دو احتمال وجود دارد: 1. مقصود اسلوب و روش جديد در اداره حكومت و شؤون اجتماع باشد كه بشريت نظير آن را در هيچ نوع از حكومت ها نديده است. 2. مقصود سلطنتى است كه نسبت به سلطنت ها و حكومت هاى سابق بر خود جديد است؛ ولى تجديد كننده حكومت و سلطنت رسول خدا(ص) می باشد.

طبق روايات، حضرت مهدى(عج) بين «اهل كتاب» بر اساس کتاب آسمانی آنها حكم خواهد كرد؛ حال ممکن است مقصود اجراي احكام اين كتب بر معتقدان به آنهاست كه اسلام نياورده و تحت ذمّه اسلامند. و یا اینکه مقصود، تطبيق اين كتب در آن قسمتى است كه فرمان به داخل شدن در اسلام و ايمان به پيامبر اكرم(ص) داده است؛ آن مواردی كه در نسخه هايى از انجيل که در دست حضرت مهدى(عج) يا حضرت عيسى(ع) می باشد، وجود دارد و همان موارد را برای اتمام حجت به اهل کتاب نشان مى دهند.

بنابه گفته روايات، پايتخت حكومت حضرت مهدى(عج)، شهر «كوفه» خواهد بود. امام باقر(ع) مى فرمايد: «مهدى(ع) قيام مى كند و به سوى كوفه مى رود و منزلش را آنجا قرار مى دهد»، حضرت على(ع) نیز در این باره مى فرمايد: «روزگارى فرا می رسد كه مسجد كوفه، عبادتگاه و مصلاى مهدى(عج) گردد».

مطابق روایات، «رجعت» همانند معاد عمومي و همگاني نيست؛ بلکه مخصوص افراد خاص و کساني است که ايمان محض و خالص يا کفر محض و خالص دارند. رواياتي نیز داریم که اشاره به بازگشت افراد به طور خصوص و با ذکر نام دارد؛ امام صادق‏(ع) فرمود: «نخستين کسي که زمين براي او شکافته مي‏ شود و به زمين باز مي‏ گردد، حسين بن علي‏(ع) است».

درباره اينكه رهبر و شخص اول در «حكومت عدل جهاني» كيست؟ سه نظريه وجود دارد كه نظريه صحيح، رهبريت حضرت مهدي(عج) است؛ چون امام زمان(عج) وارث طرح كامل حكومت عدل جهانى توحيدى از پيامبر(ص) است و بنابر روايات، عيسى(ع) امامت جماعت بر مسلمين را به امام مهدى(عج) واگذار مي كند و حكمت اقتضا مي كند كه رهبر حكومت جهاني از امت اسلامي باشد.

پيمان امام بر سر اصولى است كه راه و رسم ایشان را در حكومت تبيين مى كند. امام على(ع) مى فرمايد: «همانا قائم از يارانش بيعت مى گيرد كه: مسلمانى را دشنام ندهند ... حريمى را هتك نكنند، كسى را به ناحق نزنند، طلا و نقره را به عنوان گنج ذخیره نكنند، ... لباس درشت بپوشند و صورت بر خاك بگذارند ... و در راه خدا به جهادى شايسته دست يازند. خود امام نيز متعهد مى شود كه از همان راهى برود كه آنان مى روند و چون آنان لباس بپوشد و بر مركبى مانند مركب آنان سوار شود و ...».

امام مهدى(عج) متدين به دين اسلام است و چون ایشان خاتم اوصياى پيامبر اسلام(ص) است و حكومت عدلش در تمام زمينه هاست و بر امت اسلامي حكومت خواهد كرد و بعد از ظهور، احكام اسلام و سنت رسول خدا(ص) را به اجرا خواهد گذاشت؛ لذا دين حاكم در آن زمان، دين اسلام خواهد بود.

حكومت مهدى(عج) شبيه هيچ يك از حكومت هاى موجود در دنيا نيست؛ زيرا اولاً: ایشان اسلام را به عنوان برنامه حكومتى عادل پياده می كند. ثانياً: اساس حكومت هاى رايج در دنيا بر ظلم و تعدى استوار است؛ در حالى كه يكى از اهداف حكومت امام زمان(عج) برچيدن ظلم و بى عدالتى و گسترش عدل و داد در سطح جامعه است. ثالثاً: همه نظام ها و قوانين موجود در جهان بر ماديت و اسقاط عنصر الهى در امور استوار است؛ ولی حكومت مهدى(عج) بر پايه معنويت و ارتباط انسان با خدا و تربيت جسم و روح استوار است.