تاریخ اجتهاد فقهی در مذهب شیعه دوره های مختلفی را چون دیگر دانش ها پیموده است:
1. عصر رسول خدا: عصر مشترک همه مسلمانان بوده كه همگى احكام خويش را بدون واسطه از آن حضرت مى گرفتند.
2. عصر حضور امامان اهل بیت(ع): تلاش های ائمه اطهار(ع) برای تبیین احکام و حل مشکلات امت اسلامی نمودهای متفاوتی داشت که یکی از آنها پرورش فقهایی از میان اصحاب خود بوده است.
3. عصر شكل ‏بندى و تبويب فقه‏: با شروع دوران غیبت کبری فقیهان جامع الشرایط مسئولیت افتا و پاسخ‏ گویى را به عهده گرفتند. در این مرحله، کار کسانی که باید آنان را‌ محدّث‌-فقیه نامید، تنظیم نصوص در قالب عبارات فقهی بدون ذکر سند بود.
4. عصر تحوّل در عرصه فقاهت و اجتهاد: اين دوره از عصر شيخ طوسى و با نوشتن كتاب «مبسوط» آغاز شد. در این دوره مسائل جدید با استفاده از قواعدو اصول کلی و تفریع فروع نگاشته شد.
5. عصر ركود و تقليد: اين دوره از نيمه قرن پنجم آغاز و تا پايان قرن ششم ادامه مى يابد. به سبب عظمت علمى شيخ طوسى تا سالها فقيه مستقلى كه بتواند بر خلاف نظرات شيخ فتوا دهد يافت نشد.
6. عصر تجديد حيات فقه: در اواخر قرن ششم راه نقد افكار شیخ طوسی گشوده شد. پرچمدار نهضت نقد آرای شیخ طوسی، محمّد بن ادريس حلّى بود. از دیگر علمای بزرگ این دوره «محقّق حلّى» نویسنده کتاب «شرایع الإسلام» است.
7. عصر اخبارى گرى‏: در اوایل قرن یازدهم هجری قمری، حدیث گرایی با فعالیت های شخصی به نام محمد امین استرآبادی مجددا ظهور کرد. اخباری ها فقط اخبار و احادیث را در استباط احکام شرعی موجّه دانستند و اعلام کردند که «قرآن» و «اجماع» و «عقل» را به عنوان راه های استنباط احکام به رسمیت نمی شناسند.
8. عصر تجديد حيات اجتهاد: اين دوره، از اواخر قرن دوازدهم آغاز شد و اخباری گری را به طور کلی از جریان مسلط حوزه های علمیه به زیرکشید. در اواخر سلطه اخباريون علّامه وحيد بهبهانى در برابر تفكّر اخبارى گرى برخاست و مبانى اخباريون را نقد كرد و به تقويت مبانى مجتهدان اصولى پرداخت.
9. عصر نوآورى هاى فقهى‏: اين دوره، از نيمه قرن سيزدهم آغاز شد. پيشواى این نوآوری ها در فقه و اصول، شيخ مرتضى انصارى بود. آخوند خراسانی یکی از برجسته ترین شاگرادن شیخ انصاری بود که خود نيز داراى نوآورى هايى در «اصول فقه» است.

در اينجا تصريحات پاره‌اى از درخشان‌ترين چهره‌هاى عالم تشيع را از نظر مى‌گذرانيم؛ كسانى‌كه گردونه اعتبار علوم دينى بر محور ايشان مى‌چرخد و پيشواى تحقيق و الگوى نقد و گزينش يك رأى به‌شمار مى‌آيند؛ از اين‌رو گفتار ايشان حجت و ديدگاه‌هاى آنان سند پذيرش است. اينان همه به يك صدا و بدون هيچ استثنايى، احتمال تحريف در قرآن را رد كرده و خط بطلان بر آن كشيده‌اند. كسانى مثل صدوق كه بر روايات ائمه‌اطهار(ع) احاطه تام دارند عدم تحريف قرآن را از اصول و اركان معتقدات شيعه دانسته است.

مسأله «غیبت»، به سادگی برای جامعه شیعه حل نشده و در دهه های پایانی قرن سوم و چهارم، مشکلات زیادی در جامعه شیعه به وجود آورد. همین امر باعث شد تا علمای شیعه به تفصیل درباره مسأله غیبت تحقيق كرده و ابعاد آن را روشن سازند كه از جمله آنها می توان به «محمد بن بحر رهنی»، «شیخ صدوق»، «شيخ طوسی»، «محمد بن ابراهیم نعمانی»، «شیخ مفید» و دیگران اشاره كرد.

مبانی اعتقادی شیعیان درباره جانشینی امامی پس از امام دیگر، نقش مهمی در تثبیت موقعیت امام جدید ایفا ‌کرده است. این عقاید کم و بیش در میان شیعیان رسمیت پیدا کرده و عدول از آنها پذیرفتنی نیست. بخشی از این مبانی تاكيد دارد كه زمین نمی تواند خالی از حجّت باشد و اگر تنها دو نفر در روی زمین زندگی کنند، حتماً یکی از آن دو، حجّت خدا خواهد بود و کسی که امامت او ثابت نشده، امامت فرزندان وی جایز نیست. علاوه بر اصل «خالی نبودن زمین از حجت خدا» دو آیه قرآن نیز به عنوان پشتوانه کلامی مساله «مهدویت» نازل شده است.

در اين باره چند دسته روايت داريم كه می گويند: هر قيامی قبل از ظهور شكست می خورد و اين كه تا نشانه‌ های ظهور آشكار نشده قيام نكنيد. در پاسخ بايد گفت: امر به معروف و نهی از منكر از مسلمات اسلام است و به خاطر اخبار واحد آنها را نبايد كنار گذاشت. ضمن این که امامان قيام ‌هايی را در عصر خود و عصر غيبت تاييد كرده ‌اند؛ مانند قيام زيد بن علی(ع) و قيام شهيد فخ. همچنین رواياتی را كه می گويد: هر قيام قبل از ظهور شرك آلود است را بايد توجيه نمود به این که منظور قيام بدون امامان يا قيام براي دعوت به خويشتن يا قيام‌ در زمان عدم آمادگی است.

تاریخ اصول فقه، به معنی سیر تحول و تطور علم اصول در طول زمان، در 8 دوره متصور است: دوره اوّل: عصر تأسیس اصول فقه توسط امام باقر(ع) و امام صادق(ع). دوره دوّم: دوره تصنیف توسط هشام بن حکم و دیگران. دوره سوم: دوره کمال و استقلال. دوره چهارم: عصر ركود و تقليد از آراء شیخ طوسی. دوره پنجم: عصر تجديد حيات‏ فقاهت و اجتهاد توسط ابن ادریس. دوره ششم: عصر پيدايش حركت اخبارى‏ گرى‏. دوره هفتم: عصر تجديد حيات اجتهاد توسط محقق بهبهانی و مقابله با اخباری گری. دوره هشتم: عصر نوآورى‏ هاى فقهى‏ و ابداع روش های تازه در اصول فقه.

تقريبا تمام علمای شيعه و عده بسیاری از علمای اهل سنت عقیده دارند که آن امام مسموم و شهید شده اند. مورخین و دانشمندانی از اهل سنت وجود دارند که منكر «مرگ طبيعى» امام(ع) بوده و يا لااقل «مسموميت» وى را قولى مرجوح دانسته اند. بعضی از علمای اهل سنّت با پذیرش اصل این موضوع، به دلایلی آن را منتسب به «مأمون» نمی دانند. نویسندگان دیگری نیز از اهل سنت وجود دارند که با پذیرش اینکه حضرت رضا(ع) به مرگ طبیعی از دنیا رحلت نکرده اند و با تصریح به این نکته که این پیشامد در زمان خلافت مأمون اتفاق افتاده، با «شک و تردید» این خلیفه عباسی را قاتل امام معرفی می کنند. بیانات دیگری نیز در منابع حدیثی و تاریخی اهل سنّت وجود دارد که «به صراحت» به «مسمومیت» امام رضا(ع) توسط «مأمون» اشاره می کنند.
از آن گذشته اختلافات داخلی بنی عباس و شورش آنها در بغداد علیه مأمون، انگیزه کافی را به مأمون برای چنین کاری می داده است. مأمون در حالی حضرت رضا(ع) را مسموم کرد که از خراسان به طرف بغداد می رفت و مرتب اوضاع بغداد را به او گزارش می دادند. به او گزارش دادند که بغداد قيام کرده، او ديد که حضرت رضا(ع) را نمی تواند عزل کند و اگر با اين وضع آشفته بخواهد وارد بغداد شود بسيار مشکل است. برای اينکه زمينه رفتن به آنجا را فراهم کند و به بنی عباس بگويد کار تمام شد، حضرت را مسموم کرد.

کوفه، از مراکز شیعه در طول حکومت بنی امیه بود و از شيعيان و گروهي با افکار خارجی، تشكيل شده بود. گروهی دیگر با عنوان «اشراف»، کم و بیش با بنی امیه هم‌داستان بودند. به گواه تاريخ، مردم عراق تنها با شمشیر رام می‌شدند و استبداد حكامي مثل زیاد، عبیدالله و یا حجاج، شاهدي بر این موضوع است. تشبيه مردم كوفه به زن حامله ‌که پس از تحمل درد دوران حمل، بچه‌ش را سقط می‌کند و شتران بی‌سرپرست که از یک سو گرد هم آمده و از سوی دیگر پراکنده ‌مي‌شوند از سوي امام علي(ع) قابل تأمل است.
اصولا مردم عراق روحیه خود را در برخورد با حکام در طول صد سال نشان دادند. غروری که این مردم در طی سال‌های فتح ایران به دست آورده بودند، سبب شده بود تا بر مدینه پیامبر مسلط باشند و هرگاه عزل حاکمی را می‌خواستند، حتی عمر را بر آن می‌داشتند تا حاکم مورد نظر را خلع کند. از اين رو چهره‌هایی که اهل حیله و نیرنگ نبودند، مغلوب به نظر می‌آمدند. عمار بن یاسر به عنوان یک انسان پاک و سعد بن ابی وقاص به عنوان یک شخصیت غیر سیاسی، از افرادی بودند که نتوانستند در کوفه دوام بیاورند؛ اما مغیرة بن شعبة به عنوان یک فاجر قدرتمند (آن چنان که عمر او را توصیف کرد) توانست تا مدتها بر کوفه حکم براند.

اعتقاد به «رجعت» از مباحث بسيار مهمي است كه سرچشمه قرآنى داشته و در احاديث پیامبر(ص) نيز به آن اشاره شده است و در کتب اهل سنت از اماميه با اين اعتقاد ياد مى كنند و اصحاب امامان(ع) نيز با مخالفان خود بر سر اين عقيده مباحثات زيادى داشته اند؛ مانند مناظرات مؤمن الطاق با ابوحنيفه. بعدها علماى شيعه سعى زيادى در راه تثبيت اين عقيده داشته اند به حدى كه برخى در اين باره كتاب تأليف كرده اند.

امام هادی(ع) به هنگام ورود به سامرا، با استقبال مردم مواجه شده و در خانه «خزیمة بن حازم» سکنی داده شدند. به نقل شیخ «مفید»، در نخستین روز ورود امام به سامرا، متوکل دستور داد تا حضرت را یک روز در «خان صعالیک» نگاه داشته و روز بعد به خانه ای که برای اسکان حضرت در نظر گرفته بودند، بردند. در واقع این اقدام به قصد تحقیر امام(ع) انجام گرفت. امام(ع) تا پایان عمر خود در این شهر به سر برد و گرچه به ظاهر مورد احترام خلیفه بود؛ ولی در باطن دسیسه هایی از سوي متوكل علیه آن حضرت می شد که هیچ کدام در عمل موفق نبود.