بر همه واجب است در اصول دين به اندازه توانايى خود تحقيق كنند و اگر بعد از تحقيق كامل به آيينى غير از اسلام معتقد شوند، معذور هستند؛ زيرا وظيفه عقلى و شرعى خود را انجام داده، ولى به خطا رفته‏ اند. خطایی که آنها را در همه حال مشمول مجازات مرتد نمی کند. زیرا ارتداد و ترتّب مجازات بر آن زمانی معنا می یابد که شخص بعد از پذیرش و تصدیق دین اسلام، علیه آنچه خود به راستی آن گواهی داده، عناد و لجاجت بورزد و – به هر دلیلی - دينی جديد اختيار كند و تظاهر به خروج از اسلام کرده و علیه آن تبلیغ کند.

تلبیغ و اظهار علنی گزاره های مخالف اسلام در واقع نوعی قیام علیه نظام موجود است و وقتی از سوی کسی ابراز می شود که از پدر يا مادری مسلمان متولد شده و در محیطی اسلامی پرورش یافته، احتمال خیانت و توطئه علیه او تقویت می گردد. چون درباره چنین شخصی با چنین پیشینه ای سخت می توان احتمال داد محتوای اسلامی درست در نظرش تبیین نشده باشد. اینجاست که به منظور حفظ جبهه داخلی از آسیب آن خیانت ها و توطئه ها و جلوگیری از نفوذ دشمنان و منافقانی که هدف شان متلاشی کردن نظم و نظام جامعه اسلامی و ایجاد هرج و مرج است، تشریع چنین حکمی برای ارتداد کاملا منطقی و موجه می نماید.

دینداری امری درونی است و از آنجایی که هیچ کس نمی تواند در امور قلبی اشخاص تصرف کند، مجبور کردن اشخاص به انتخاب و معتقد شدن به هر باوری، امکان ناپذیر است. به همین خاطر مراجع تقلید در ابتدای هر رساله توضیح المسائل می گویند هر کسی باید با تحقیق و عقل و فطرت خود انتخاب کند. البته چون انتخاب دین و اعتقاد یافتن به یک آیین و شریعت نیازمند رسیدن به درجه خاصی از رشد فکری و عقلی است، این کار مهم از کودکان نابالغ ساخته نیست. بنابراين ممکن است انسان تا سنينی كه هنوز به استقلال عقلی ورشد فكری نرسيده، در یقین خود به مسائل دينی از راهنمایی ها و آگاهی های دینی که والدين یا مربیانش به او می دهند، متأثر باشد و مراجع عظام نیز این نوع یقین را که از گفته دیگران به دست می آید در مسلمان بودن کافی می دانند.

«مستشرقین» در ارتباط با مکّي و مدني بودن سوره ها، چند شبهه طرح كرده اند: 1. شيوه سُوَر مكّي، شدّت و پرخاش گرانه است اما سُوَر مدني مسالمت آميز است. 2. آيه ها و سُوَر مكّي كوتاه و آيه ها و سُوَر مدني بلندند. 3. در سُوَر مكّي از تشريع خبرى نيست؛ اما در سُوَر مدني هست. 4. در سُوَر مكّي، برهان و استدلال به چشم نمى خورد؛ ولى در سُوَر مدني وجود دارد و ... که به این شبهات پاسخ هایی داده شده است ...

اولا: هر عقیده و دعوتی خود را حق معرفی می کند و هر آدمی باید برای دفع ضرر محتمل، با «تحقیق»، تشخیص دهد کدام عقیده منطبق بر حقیقت است.
ثانیا: تقلید در اصول دین منجر به دور و تسلسل می شود؛ زیرا اعتماد بر منابع دینی، انبیاء، اولیاء و علمای دین، خود فرع بر پذیرش حجّیّت آن منابع و سخن آن اشخاص است که با عقل ثابت می شود.
ثالثا: تقلید در «اصول دین» با منطق قرآن جایز نیست؛ چرا که در این صورت بشر با تقلید از پدران خود و تبعیّت از حدس و گمان از هدایت باز می مانند.
رابعا: تقليد از ديگرى احتياج به دليل دارد و اين دليل منحصر به «فروع دين» است؛ ولى «اصول دين» امور فطرى محدودى است كه هركس به فراخور عقل خويش مى تواند دليلى براى آن داشته باشد.

تاریخ اصول فقه، به معنی سیر تحول و تطور علم اصول در طول زمان، در 8 دوره متصور است: دوره اوّل: عصر تأسیس اصول فقه توسط امام باقر(ع) و امام صادق(ع). دوره دوّم: دوره تصنیف توسط هشام بن حکم و دیگران. دوره سوم: دوره کمال و استقلال. دوره چهارم: عصر ركود و تقليد از آراء شیخ طوسی. دوره پنجم: عصر تجديد حيات‏ فقاهت و اجتهاد توسط ابن ادریس. دوره ششم: عصر پيدايش حركت اخبارى‏ گرى‏. دوره هفتم: عصر تجديد حيات اجتهاد توسط محقق بهبهانی و مقابله با اخباری گری. دوره هشتم: عصر نوآورى‏ هاى فقهى‏ و ابداع روش های تازه در اصول فقه.

تمام افعال خدا حکیمانه بوده و سؤالات اعتراضی از او موضوعیت ندارد، زیرا فعل حكيمانه نزد عقلا مؤاخذه ندارد، اما اگر سؤالی از روى ايمان كامل به خدا صادر گردد و انگيزه سؤال آگاهى يافتن باشد، سؤال مشروعى است و اشكالى ندارد. چنين سؤالى از سوى نيكان نيز صادر شده و در قرآن نمونه هاى فراوانى از اين قسم ديده مى شود، مانند سؤال حضرت ابراهیم درباره چگونگی زنده شدن مردگان. این گونه سؤال ها در افعال خدا نه تنها جائز است، بلکه جهت دانش افزایی به آن سفارش شده است. پس در دین الهی جای هیچ خفقانی نیست.

مادیون در استدلال بر عدم استقلال روح، «ابزار کار» را با «فاعل کار» اشتباه گرفته اند. ارتباط ما از درون کشتی بوسیله بی سیم است؛ حال آن که پیام ها را درک می کند بی سیم است یا ما هستیم؟ و اگر مردگان چيزى نمى فهمند به خاطر اين است كه ارتباط روح آنها با بدن از بين رفته نه اينكه روح فانى شده است. در واقع استدلال مادیون تنها ثابت مى كند كه ميان سلول هاى مغزى و ادراكات ما ارتباطى وجود دارد؛ ولى اثبات نمى كند كه مغز انجام دهنده آن ادراكات است و ابزار آن نيست.

از منظر عقل، آزادی در «اظهار عقیده»، از اوّلیات حقوق انسان است؛ زیرا سبب تبادل و تکامل افکار می شود. از سویی اسلام نیز در «اظهار عقیده»، به انسان آزادی داده، و درهای مناظره و بحث را بر اساس منطق استدلال بر روی صاحبان مذاهب و ادیان باز می گذارد. لذا در قرآن می فرماید: «با حکمت و اندرز نیکو، به راه پروردگارت دعوت نما، و با آن ها به روشی که نیکوتر است، استدلال و مناظره کن». همچنین می فرماید: «بندگان مرا بشارت ده، همان کسانی که سخنان را می شنوند و از نیکوترین آنها پیروی می کنند».

درباره اثبات وجود خداوند بحث های زیادی وجود دارد، برخی وجود خدا را بدیهی و بی نیاز از اقامه برهان و استدلال می دانند، امّا آنان که برای اثبات وجود خداوند برهان اقامه می کنند، این براهین را به «لمّی و انّی»، یا به براهین «فطری و عقلی» تقسیم می نمایند. دلایل عقلی بر وجود خداوند نیز بسیار زیادند. برخی از آن موارد عبارتند از: برهان تغییر و حرکت، برهان وجوب و امکان، برهان نظم، برهان علّت و معلول، برهان صدّیقین و... ، که هر کدام به تناسب یقین آوری و اقناع، در مواجهه با مخاطبان مختلف به کار می روند.

نکوهش تقلید در قرآن ناظر به «تقلیدهای کورکورانه» مشرکان و بت پرستان از گذشتگان «جاهل» خود است؛ پیروی و تقلیدی که به هیچ وجه برای آنها علم آور و عملی از سر دست یافتن به باورهای یقینی نیست. در حالی که تقلید مکلفین از فقها و گرفتن احکام دین شان از آنها، نوعی مراجعه به «متخصص» و یقین آور است؛ امری منطقی که به خاطر فطری بودن نه تنها مورد تایید عقلا قرار می گیرد که حتی قرآن نیز در سوره نحل به آن توصیه نموده است.
گذشته از آن نکوهش ها و مذمت هایی که در آیات قرآن از تقلید صورت گرفته مربوط به اقتباس باورها در «اصول دین» است و حال آن که تقلید مصطلح فقهی در «فروع دین» یعنی احکام صورت می گیرد و طبق آموزه های دینی اصول دین تقلیدی نیستند و هر کسی باید با برهان و استدلال آنها را بپذیرد.