«اعجاز علمى قرآن» مربوط به اشاراتى است كه از گوشه هاى سخن خداوند آشکار شده و هدف اصلى نبوده؛ زيرا قرآن كتاب هدايت است و هدف اصلى آن جهت بخشيدن به زندگى انسان و آموختن راه سعادت است. اما برخی، قرآن را علاوه بر يك كتاب تشريعى، كتاب علمى نيز می دانند، و نکته دیگر اینکه، آيا قرآن در هنگام تحدّي، به این اشارات علمی نیز نظر داشته است؟ برخى معتقدند، اين گونه اشارات علمى دليل بر اعجاز می باشد؛ زیرا چنين سخنی در آن روزگار، جز از پروردگار جهان امكان صدور نداشته، لذا مسئله اعجاز علمى قرآن مطرح گرديده است!

امام علي(ع) درباره مراحل آفرينش آسمان ها می فرماید: «به آسمان ها در حالى كه به صورت دود بود، فرمان داد [فرمانى تكوينى، براى پيمودن مراحل خلقت و تكامل]، سپس [خلقت، وارد مرحله تازه اى شد] و در اين هنگام، میان بخش هاى مختلف آن پيوند برقرار گشت، سپس آسمان ها را از هم جدا ساخت و درهاى بسته آنها را باز گشود [و در ميان آنها فاصله انداخت]، و نگهبانانى از شهاب هاى ثاقب [و پر نور] بر هر راهى گماشت، آن ها را با دست قدرتش از اينكه گرفتار حركات ناموزون گردند [در ميان فضا] نگاهداشت و به آنها فرمان داد كه تسليم امر او [و قوانين آفرينش] باشند!».

هیچ کس وسعت حقیقی آسمان را نمی داند، اما با پیشرفت علم ابعاد تازه ای از آن کشف می شود. کهشکان راه شیری که منظومه شمسی در آن قرار دارد 100 میلیارد ستاره دارد که خورشید با اندازه ای بیش از یک میلیون بار بزرگتر از زمین، یکی از ستاره های متوسط آن است. طبق تحقیقات دانشمندان، تاکنون یک میلیارد کهکشان کشف شده که دورترین آنها هزاران میلیون سال نوری با زمین فاصله دارند که در ورای آنها فضای عظیم و تاریکی وجود دارد که ممکن است حاوی صدها میلیون کهکشان باشد. اينجا است که انسان به عظمت خداوند اعتراف مى ‌كند.

تنها چیزی که طبق این نظریه (بر فرض قبول آن) ثابت می شود این است که عالم ماده «حادث» است و این حدوث انفجاری و یکباره جهان، با «وجود خدا» منافات ندارد، چون خود این «انفجار» و «هسته اولیّه و متراکم جهان» نیاز به «علت» دارد. همان «ذره ای» که طبق این نظریه، این همه کهکشان از انفجار آن پدید آمده و با این نظم در حال حرکت هستند، هر چه باشد خود نیاز به خالقی دارد و از «عدم» بوجود نیامده و همان خالقی که آن «ذره» را بوجود آورده، این نظم شگفت انگیز را بین ذراتی که از انفجار آن حاصل شده قرار داده است و همه حرکات این عالم را اداره می کند، و هیچ چیزی در عالم «تصادفی» اتفاق نمی افتد، بلکه «علتی» دارد.

امام(ع) در سخنی به مهم ترین فایده کوهها اشاره کرده و می فرمایند: «خداوند كوهها را تكيه گاه زمين و همچون ميخهايى در آن كوبيد، به گونه اى كه زمين در عين حركت آرام گرفت تا اهل خود را در اضطراب فرو نبرد، يا آنچه را كه بر دوش حمل كرده فرو نيندازد يا از جايگاه خويش زايل نگردد». این تاثیر به این دلیل است که مواد مذاب و گازهای هسته زمین و وزش تند بادهای سطح آن و جاذبه کرات دیگر می تواند آن را غیرقابل سکونت کند، لکن این کوهها هستند که تعادل و آرامش را برای آن به ارمغان آورده اند.

احتمال نظم و هماهنگی در امور اتفاقی و تصادفی در حد صفر است. نظم و هماهنگی در پدیده های عالم، شائبه اتفاقی و تصادفی بودن آفرینش را از موضوعیت می اندازد و خبر از خالقی دانا، توانا، هوشمند و حسابگر برای آن می دهد. ما هرگز نمى ‏توانيم اندازه‏ گيرى موجودات مختلف اين جهان و كميت و كيفيت حساب شده آن را معلول تصادف بدانيم، زیرا با «حساب احتمالات» سازگار نيست. ما روی هر پدیده ای که مطالعه کنیم خواهیم دید که ساختار آن از انسجام و عملکرد آن از قوانین مشخص و ثابتی پیروی می کند. ما هر قدر مطالعات خود را دقيق تر و عميق تر كنيم به وحدت و يگانگى خالق جهان هستی ايمان بيشترى پيدا خواهيم كرد و امکان ناپذیری پدید آمدن آن بر اساس تصادف را عمیق تر درک خواهیم نمود.

قرآن در سوره «ذاریات»، یکی دیگر از معجزات علمی را بیان کرده، می فرماید: «ما پیوسته آسمان را گسترش می دهیم». این آیه در گذشته برای دانشمندان و مفسران مبهم بود لذا آن را به نزول باران و توسعه رزق تفسیر می کردند؛ اما مشاهدات منجمان، این حقیقت را آشکار ساخت که کرات آسمانی و کهکشان ها به سرعت از هم دور می شوند. جان آلدر می گوید: از ستارگان امواجی پخش می شود که نشان می دهد، ستارگان به سرعت از مرکز جهان دور می شوند و این مفهوم گسترش پیوسته آسمان است.

منظور قرآن از هفت آسمان چیزی بسیار فراتر از آنچه در یونان قدیم به آن قائل بوده اند، می باشد و دلالت بر تعدّد «مجموعه های عظیم نجومی»، فراتر از کهکشان و سحابیها دارد. از نظر قرآن زمین و خورشید و ماه و سایر اجرام آسمانی همه در مدار خود در حرکت اند و این برخلاف یافته های نجوم یونان قدیم است که زمین را ثابت و محور حرکت آسمان ها می دانست. ضمن اینکه عقیده به هفت آسمان با معانی مختلف آن پدیده ای قدیمی تر از نظریه نجوم یونان قدیم است و در یونان قدیم غالبا به افلاک نه گانه قائل بوده اند نه هفت آسمان.

مراد از آسمان‌هاى هفتگانه، مجموعه‌اى از ستارگان و كواكب عالم بالا است و منظور از عدد هفت همان عدد معروف است نه عدد تكثير به معنى بسيار. از آيات ديگر قرآن نيز بر مى‌آيد كه تمام آنچه از ستارگان و سيّارات و كهكشان‌ها مى‌بينيم مجموعه آسمان اول است و در ماوراى آن، شش مجموعه عظيم ديگر (شش آسمان) وجود دارد كه بعضى برتر از بعض ديگر است و تاكنون از دسترس علم انسان بيرون بوده است.

هميشه مشاهده آسمان‌ ها و زمين، براى انسان‌ تفكّرانگيز بوده؛ لکن با پیشرفت علم و دانش، عظمت جهان اسرارآميز بالا نیز در نظر انسان بيشتر شده است. در واقع ما در برابر جهانی قرار گرفته ‌ايم که عظمت آن از يك سو و نظم حاكم بر آن از سوى ديگر، پرده از قدرت و علم بى ‌انتهاي آفریننده آن بر مى ‌دارد. از این رو قرآن می فرماید: «به یقین در آفرینش آسمانها و زمین، و آمد و شد شب و روز، نشانه هاى [روشنى] براى خردمندان است». همچنین می فرماید: «آیا در خدایى که آسمانها و زمین را آفریده، شک و تردیدى است». و... .