دینداری امری درونی است و از آنجایی که هیچ کس نمی تواند در امور قلبی اشخاص تصرف کند، مجبور کردن اشخاص به انتخاب و معتقد شدن به هر باوری، امکان ناپذیر است. به همین خاطر مراجع تقلید در ابتدای هر رساله توضیح المسائل می گویند هر کسی باید با تحقیق و عقل و فطرت خود انتخاب کند. البته چون انتخاب دین و اعتقاد یافتن به یک آیین و شریعت نیازمند رسیدن به درجه خاصی از رشد فکری و عقلی است، این کار مهم از کودکان نابالغ ساخته نیست. بنابراين ممکن است انسان تا سنينی كه هنوز به استقلال عقلی ورشد فكری نرسيده، در یقین خود به مسائل دينی از راهنمایی ها و آگاهی های دینی که والدين یا مربیانش به او می دهند، متأثر باشد و مراجع عظام نیز این نوع یقین را که از گفته دیگران به دست می آید در مسلمان بودن کافی می دانند.

قرآن كتاب تربيت و هدايت است؛ در آیاتی از قرآن که می گویند همه چیز در آن بیان شده و چیزی فرو گذار نشده است، منظور از «همه چيز» تمام امورى است كه براى پيمودن راه تربيت و هدايت لازم است. قرآن دایرة المعارفی بزرگ و گردآمده از همه گزاره های جزئی و فرمول های علومی چون رياضى و جغرافيايى و شيمى و فيزيک و گياه شناسى و... نیست. منظور از همه چیز در اين گونه آيات، يك امر نسبى است؛ يعنى تمام امورى كه در هدف هدايت و تربيت انسان دخالت دارد، در اين كتاب آسمانى هست. البته قرآن دعوتی كلى به كسب همه علوم و دانش ها كرده و تمام دانش هاى ياد شده و غير آن در اين دعوت كلى جمع است و علاوه بر آن گاه گاهى به تناسب بحث هاى توحيدى و تربيتى و... پرده از روى قسمت هاى حساسى از علوم و دانش ها برداشته است و برخی از حقایق علمی به گونه ای اشاره وار در قرآن بیان شده اند.

«اعجاز علمى قرآن» مربوط به اشاراتى است كه از گوشه هاى سخن خداوند آشکار شده و هدف اصلى نبوده؛ زيرا قرآن كتاب هدايت است و هدف اصلى آن جهت بخشيدن به زندگى انسان و آموختن راه سعادت است. اما برخی، قرآن را علاوه بر يك كتاب تشريعى، كتاب علمى نيز می دانند، و نکته دیگر اینکه، آيا قرآن در هنگام تحدّي، به این اشارات علمی نیز نظر داشته است؟ برخى معتقدند، اين گونه اشارات علمى دليل بر اعجاز می باشد؛ زیرا چنين سخنی در آن روزگار، جز از پروردگار جهان امكان صدور نداشته، لذا مسئله اعجاز علمى قرآن مطرح گرديده است!

اولا: ادعای راه افتادن جنگی خانمان سوز توسط آن امام ادعایی بی اساس است و قیام ایشان با حداقل جنگ و بیشتر با تکیه بر تشنگی بشر به صلح و عدالت و تبلیغ ها و اتمام حجت های خود امام و یارانش به ثمر می نشیند. چرا که حرکت تکاملی تاریخ و آموزه های دینی راجع به آینده به ما می گوید که در عصر او سطح عقل عمومی و دانش بشری به میزان بسیار زیادی گسترش می یابد.
ثانیا: اگرچه در آن زمان اسلام با تبليغ منطقى و پی گير از طرف اكثريت قاطع مردم جهان پذيرفته خواهد شد، اما باز هم همه ادیان از بین نمی روند و گروهی هنوز متدین به ادیان دیگر باقی می مانند. زیرا آن حضرت دنبال تحمیل دین اسلام با خشونت و زور بر همگان نخواهد بود.
ثالثا: ما شیعیان معتقدیم که قیام جهانی حضرت ولی عصر(عج) نه تنها نابود کننده تمدن بشری نیست، بلکه آن را تکمیل می کند. زیرا بازگشت به عقب نه ممكن است و نه منطقى و اين بر خلاف سنت آفرينش و اصل تكامل در زندگى انسانها است.

در این دو آیه تنها سخن از نطفه مرد در ميان است؛ زيرا تعبير به «ماءٍ دافِقٍ»؛ (آب جهنده)، در آیه 6 درباره نطفه مرد صادق است نه زن. روى اين حساب شركت دادن زن در اين بحث مناسب به نظر نمى رسد. مناسب ترين تعبير همان است كه گفته شود قرآن به يكى از دو جزء اصلى نطفه كه همان نطفه مرد است اشاره كرده و بنابراین منظور از «صلب» و «ترائب» قسمت پشت و پيش روى انسان است چرا كه آب نطفه مرد از ميان اين دو خارج می شود.

علمی که انبیاء با اراده الهی به آن دسترسی می یابند، محدود است نه نامحدود؛ انبیای الهی به اذن خدا در مواردی که نیاز به بهره گیری از آن دانش داشتند و در محدوده ای که خداوند متعال برای شان پیش بینی کرده بود، از علم غیب مطلع می شدند. اطلاع انبیای الهی از چنین محدوده معینی از علم غیب هیچ منافاتی با موضوع محدود بودن وجود مقدس آنها و نامحدود بودن حقایقی که بالقوه قابل کشف به وسیله علم غیب هستند، ندارد.

بین داده های علمی و گزاره های وحی چهار صورت تصور می شود و فقط در جایی که علم و وحی دو نظر متفاوت دارند تعارض ظاهری دیده می شود، در این موارد اگر وحی قطعی الصدور باشد و دلالت آن هم قطعی باشد، عقل اعتبار وحی قطعی را برهانی کرده و مخالف آن را حجت نمی داند، خصوصا وقتی می داند مبدا وحی، خداوند علیم است که در حریم علم او جهل راه ندارد و قلمرو درک علم بشری محدود است. اما اگر وحی قطعی الصدور نباشد یا دلالت آن ظنی باشد، در این صورت به حکم عقل داده های قطعی علوم تجربی حجت است و بر حکم ظنی شرع مقدم است.

در کتاب ها آمده است که در يك سال قحطى كه مردم سخت در فشار و مضيقه بودند، يكی از طلاب علوم دينى به كمك سگى شتافت كه از گرسنگی افتاده بود و بچّه هايش به پستان او آويخته بودند. اين جوان با فروش كتاب خود ناني تهيّه كرد و پيش سگ انداخت. سگ هم نگاهي به آسمان كرد، قطره اشكى از ديده فرو ريخت، گويا براى او دعا مى كرد. شب در خواب به آن جوان گفتند: «ما از جانب خود به تو دانش عطا كرديم».

نکوهش تقلید در قرآن ناظر به «تقلیدهای کورکورانه» مشرکان و بت پرستان از گذشتگان «جاهل» خود است؛ پیروی و تقلیدی که به هیچ وجه برای آنها علم آور و عملی از سر دست یافتن به باورهای یقینی نیست. در حالی که تقلید مکلفین از فقها و گرفتن احکام دین شان از آنها، نوعی مراجعه به «متخصص» و یقین آور است؛ امری منطقی که به خاطر فطری بودن نه تنها مورد تایید عقلا قرار می گیرد که حتی قرآن نیز در سوره نحل به آن توصیه نموده است.
گذشته از آن نکوهش ها و مذمت هایی که در آیات قرآن از تقلید صورت گرفته مربوط به اقتباس باورها در «اصول دین» است و حال آن که تقلید مصطلح فقهی در «فروع دین» یعنی احکام صورت می گیرد و طبق آموزه های دینی اصول دین تقلیدی نیستند و هر کسی باید با برهان و استدلال آنها را بپذیرد.

اولا: هر عقیده و دعوتی خود را حق معرفی می کند و هر آدمی باید برای دفع ضرر محتمل، با «تحقیق»، تشخیص دهد کدام عقیده منطبق بر حقیقت است.
ثانیا: تقلید در اصول دین منجر به دور و تسلسل می شود؛ زیرا اعتماد بر منابع دینی، انبیاء، اولیاء و علمای دین، خود فرع بر پذیرش حجّیّت آن منابع و سخن آن اشخاص است که با عقل ثابت می شود.
ثالثا: تقلید در «اصول دین» با منطق قرآن جایز نیست؛ چرا که در این صورت بشر با تقلید از پدران خود و تبعیّت از حدس و گمان از هدایت باز می مانند.
رابعا: تقليد از ديگرى احتياج به دليل دارد و اين دليل منحصر به «فروع دين» است؛ ولى «اصول دين» امور فطرى محدودى است كه هركس به فراخور عقل خويش مى تواند دليلى براى آن داشته باشد.