اسماعیلیه معتقدند که زمین هرگز خالى از حجّت که مظهر تمام ربوبیت است نمى شود و حجت خدا بر دو گونه است:  ناطق و صامت، و اساس حجت، روى عدد هفت مى چرخد و محمدبن اسماعیل را وصی هفتمین محمد(ص) می دانند. اسماعیلیه معتقدند که علاوه بر حجت خدا، پیوسته در روى زمین دوازده نفر نقیب که حواریین و خواص حجت اند وجود دارد.

زیدیه و اسماعیلیه، مثل امامیه از فرقه هاى شیعى است با این تفاوت که امامیه، امامت را بر اساس نصّ نبوى براى دوازده امام می داند ولی زیّدیه، نص بر امامت را تنها براى على و امام حسن و امام حسین(ع) مى دانند و رهبرى پس از آن بزرگواران از آنِ هر هاشمى است که قیام مسلّحانه کند و به امامتِ خودش دعوت کند. اسماعیلیه امامت را تا امام صادق(ع) قبول دارند و پس از او به امامت فرزندش اسماعیل معتقدند و استمرار آن را در فرزندان او مى دانند.

اسماعیلیان معتقدند نفس همه انسان ها پس از مرگ، در مکانى به نام اعراف جمع شده و در انتظار قیامت به سر می برند. اما  با وجود باور به معاد روحانى، نمى توان معتقد به وجود برزخ بود، چون با جدایى نفس از بدن، قیامت نفس شروع شده و لذت و حزن معنوى آغاز می گردد. ممکن است اسماعیلیه به سبب تصریح قرآن به برزخ، تأویلاتى را بیان کرده باشند.

اسماعیلیه به شدت تناسخ را انکار کرده اند. تناسخ یعنى  روح پس از جدایى از بدن، به دنیا بازگشته و به بدن دیگری تعلّق بگیرد. بزرگان مذهب اسماعیلیه معتقدند؛ تناسخ رجوع به قهقرا است و امکان وقوع ندارد. زیرا نفس در حرکت استعلایی به رتبه عقلی رسیده و اگر دوباره با ماده یکی شود اصل معاد انکار می شود.

یکى از اساسى ترین ویژگى هاى اسماعیلیه، تأکید فراوان آنها بر باطن دین است، به نحوى که یکى از معروف ترین نام هاى آنان باطنیه است. آنان معتقدند کسى که باطن شریعت را نداند، نه تنها از دین بى بهره است، بلکه مورد بیزارى رسول خدا(ص) نیز مى باشد. تأکید اسماعیلیه بر تأویل هاى نامناسب و بدون ضابطه، باعث تکفیر آنان از سوى مسلمانان شده است.

به نظر اسماعیلیه شرّ در ابداع، ریشه و اصلى ندارد و شرور عالَم به خاطر حضور ماده است و بالعرض پدیدار گشته است و خداوند خیر افاضه مى کند و شرّ به عرض در راه ها مى آید.

اسماعیلیان با ایجاد سازمان دعوت، جهان اسلام را به دوازده جزیره تقسیم کردند و براى هر جزیره یک داعى به عنوان رهبر دعوت قرار دادند. حجت، به عنوان بالاترین مرتبه دعوت، در کنار امام قرار داشت. داعی الدعات، در رتبه دوم و داعی بلاغ در رتبه سوم به عنوان منشى و نگارنده اوامر داعى الدعات قرار دارد. در رتبه چهارم، داعی مطلق با دو دستیار قرار دارد که وظیفه اصلی دعوت در هر منطقه را بر عهده دارد و پژوهش گران مذهب اسماعیلی را، مکالب، مکاسب و مستجیب می نامند.

اسماعیلیان در بحث معاد اندیشه فلوطین را گرفته اما به دنبال مخالفت با برخی از مباحث آن، اندیشه جدیدی را بنا نهادند. در نگاه آنان، در ابتدا نفس ناطقه، بالقوه محض است و سپس با کسب از معلم روحانى که همانا انبیاء و اولیاء الهى هستند، استعداد استفاده از نیروى معنوى را پیدا می کند، امام نیز علوم توحید و معاد را در نفس انسانِ مستعد تعلیم می دهد، و او را براى حضور در عالم بالا آماده مى سازد. نفس ناطقه به خاطر خصلتى که خداوند به او داده و از آثار عقول است، مثل عقول، باقى است و فنا در آن راه ندارد... .

معاد به معناى بازگشت انسان به حیات و زندگى جدید، یکى از ضروریات و اصول دین اسلام است و همه مذاهب اسلامى به آن اعتقاد دارند، ولى در جسمانی یا روحانی بودن آن اختلاف دارند. اسماعیلیه با تأثیر از اندیشه فلوطین، معاد را روحانی دانسته و جسمانی بودن آن را بی معنا می دانند. در نگاه آنان روح همواره زنده و فناناپذیر است.

اسماعیلیه معتقدند: معاد تنها روحانی است نه جسمانی، زیرا 1- اگر جسمانی باشد، باید احکام تکوینی مانند: بیماری و مرگ و... در آن جهان نیز وجود داشته باشد. 2- در معاد جسمانى، بدن ها پوسیده و تبدیل به بدن هاى جدید می شود و این بدن جدید باید عذاب بچشد، در حالی که  بدن جدید گناهى نکرده است. 3- با وجود آن که عذاب دورنى سهمگین تر از عذاب بیرونى است، چه نیازى به ایجاد یک بدن جدید است. 4- خداوند فرمود: شهدا نزد وى روزى مى خورند در حالی که بدن هایشان پوسیده است. بنابراین معاد جسمانى امکان ندارد.