امام جواد(ع) در دوران خود با چندين فرقه‌ انحرافی مواجه بودند. یکی از این فرقه ها، فرقه «اهل حدیث» بود که قائل به جسميت خداوند بودند. از این رو امام(ع) به شیعیان اجازه ندادند پشت سر آنها نماز گزارده و به آنان زکات بپردازند. «واقفه»، فرقه ای است كه پس از شهادت امام کاظم(ع) بر آن حضرت توقّف کرده و منكر امامت امام رضا(ع) شدند. لذا امام جواد(ع) شیعیان را از اقتدا به آنان نهی کردند. از سویی «غلات» نیز سهم بسزایی در بد نام کردن شیعیان داشتند، لذا مورد تنفر امامان(ع) بودند.

از جمله اقدامات امام صادق(ع)، دور کردن شیعیان اصیل از غالیان منحرف بود. عدم همنشینی شيعيان با غلات و هر اهل بدعتی از توصيه های مهم امام ششم بود. حضرت، عقاید آنان را مورد انکار قرار داده و با میزان قرار دادن قرآن برای سنجش نقل ها و گفته های خود، از شیعیان می خواست ادعاهای نادرست غُلات را نپذیرند. امام صادق(ع) آنها را بدتر از مجوس و یهود و نصارا و مشرکین خوانده و می کوشید تا با تکفیر غُلات، آنان را از جامعه مسلمین طرد کرده و حوزه فکری شیعه را از آلودگی های آنان به طور کامل رهایی بخشد.

محمد بن ابى زینب مقلاص اسدی که فرقه غالى خطابیه به وى منسوب است یکى از پایه گذاران اسماعیلیه است. او قبل از گرایش به غلو از یاران مهم امام صادق(ع) بود ولی امام افکارش را شدیداً رد کرد و در مواضع گوناگون به لعن و نفرین او پرداخت و از او با عناوین کافر، مشرک و دشمن خدا یاد کرد. او به امام صادق(ع) دروغ مى بست و احادیثى را به نام امام از خود ساخته و در کتاب های روایی قرار مى داد. از اندیشه هاى مهم ابوالخطاب، حلول روح الهى در انسان، تناسخ و اباحه گرى است.

عباسیان نسبت به کوچکترین فعالیت امام صادق(ع) حساس بودند. لذا امام(ع) سیاست تقیّه را پیش گرفت و می فرمود: امام بر حق لازم نیست بدون مقدمه و نبود شرایط، قیام کند. این سیاست عده اى از پیروانش را راضى نکرد و ناراضیان، اسماعیل، فرزند ارشد امام را با خود همراه ساختند. به این امید که اسماعیل  پس از پدرش رهبر شیعیان خواهد شد اما مرگ زود هنگام اسماعیل تمام برنامه های آنان را بهم ریخت لذا مرگ وى را نپذیرفتنه و گفتند او همان مهدى موعود و امام قائم است. این گروه به اسماعیلیه معروف شدند.

یکى از اساسى ترین ویژگى هاى اسماعیلیه، تأکید فراوان آنها بر باطن دین است، به نحوى که یکى از معروف ترین نام هاى آنان باطنیه است. آنان معتقدند کسى که باطن شریعت را نداند، نه تنها از دین بى بهره است، بلکه مورد بیزارى رسول خدا(ص) نیز مى باشد. تأکید اسماعیلیه بر تأویل هاى نامناسب و بدون ضابطه، باعث تکفیر آنان از سوى مسلمانان شده است.