به نظر اسماعیلیه شرّ در ابداع، ریشه و اصلى ندارد و شرور عالَم به خاطر حضور ماده است و بالعرض پدیدار گشته است و خداوند خیر افاضه مى کند و شرّ به عرض در راه ها مى آید.

اسماعیلیان با ایجاد سازمان دعوت، جهان اسلام را به دوازده جزیره تقسیم کردند و براى هر جزیره یک داعى به عنوان رهبر دعوت قرار دادند. حجت، به عنوان بالاترین مرتبه دعوت، در کنار امام قرار داشت. داعی الدعات، در رتبه دوم و داعی بلاغ در رتبه سوم به عنوان منشى و نگارنده اوامر داعى الدعات قرار دارد. در رتبه چهارم، داعی مطلق با دو دستیار قرار دارد که وظیفه اصلی دعوت در هر منطقه را بر عهده دارد و پژوهش گران مذهب اسماعیلی را، مکالب، مکاسب و مستجیب می نامند.

بنابر نظر اسماعیلیه - همچون بوعلى سینا و فلاسفه مشاء - خدا قدیم ذاتى و عالَم قدیم زمانى و حادث ذاتى است. اکثر متکلمان مسلمان خدا را قدیم ذاتى و عالَم را حادث زمانى مى دانستند. این دیدگاه اسماعیلیه، مورد اعتراض اشاعره قرار گرفته و غزالى در فضائح الباطنیه مى نویسد: «اسماعیلیان قائل به دو خداى قدیم اند که براى آنها اولى از حیث زمان نیست. مگر اینکه یکى علت دیگرى است... اینان مثل مجوس قائل به دو إله هستند...».

دیدگاه اسماعیلیه همچون امامیه به پیروى از امام صادق(ع)، مفاد حدیث «لاجبر و لاتفویض بل أمرٌ بین امرین» است. ناصر خسرو در این زمینه مى نویسد: «خدا عادل تر از آن است که خلق را بر معصیت مجبور دارد و سپس ایشان را بر آن عقوبت کند... حالِ مردم در این باره کارى است میان دو کار، نه مجبور است و نه مختار و این قول جعفر صادق(ع) است».

در نگاه اسماعیلیه قضاء و قدر دو موجود علوى هستند که به تدبیر عالم پایین پرداخته و در تدبیر عالَم از طرف خداوند مأذون هستند. آن دو همان سابق و تالى یا عقل اول و نفس کلى هستند.

یکی از کتبی که نزد اسماعیلیان معتبر است الهفت و الاظلّه است. درباره آفرینش در این کتاب آمده که خداوند اظلّه را قبل از اشباح و اشباح را قبل از ارواح آفرید و اولین شى اى که خدا آفرید، ظلّ بود. او را از مشیّتش آفرید و تقسیم کرد. در ادامه خداوند ادوار دوازده گانه را آفرید و آن را به هفت دور مقرر داشت. سپس اولین رسول را که محمد مصطفى(ص) بود، در دهر و در همان اظلّه آفرید و به همین دلیل حضرت امیر(ع) فرمود: «بنا فتح الامر و بنا یختم» و پیامبر اولین حجاب شبحى است.

در کتاب الهفت و الاظلّه در تأویل تزویج ام کلثوم آمده است: «... حضرت امیر دخترش جریرة را به عقد او درآورد و بر او مشتبه شد و خیال کرد که امّ کلثوم است».

بحث مَثَل و ممثول درکتاب «الهفت والاظلّه» منسوب به مفضّل بن عمر جُعفی، آمده و از امام درباره ممثولِ امام مى پرسد و امام جواب مى دهد که تو خیال مى کنى على و حسین کشته شدند و گرمى آهن را چشیدند، هیهات، حسن در زمان ابراهیم به صورت اسحاق و حسین به صورت اسماعیل درآمد و آنان ممثولان حسن و حسین بودند... حسین بن على در ظاهر هزار بار ذبح شده، ولى در واقع امام حسین هیچ آهنى بر گلو ندید. مَثَل حسین مَثَل مسیح است که بر کافران مشتبه شد و این وصف قتل تمام انبیاء و اوصیاء و اولیاء است.

نمونه ای از اندیشه های فلوطین که بر اسماعیلیه تأثیر گذاشته از این قرار است: 1- فراتر از وجود چیزى است که در اندیشه نمى گنجد و از این رو بیان شدنى نیست. این فراتر از وجود به نام واحد خوانده مى شود. 2- بعد از واحد که مبدأ همه اشیاء است، عقل وجود دارد. خداوند در خود مى نگرد و این نگریستن تعقل است، لذا نخستین جوهر صادر مى شود که شامل همه موجودات حقیقى است. 3- جهان محسوس تصویرى از جهان معقول است. شر و بدى حاصل ماده است و ماده ذاتاً بد است و باعث بدى روح نیز مى شود.