روش قرآن براى همه مسائل اصولى، استدلال و برخورد منطقي است و از مخالفان خود نيز دليل و برهان طلب مى‌كند و كساني را كه از عقائد غير مستدل و غير منطقى پيروي می كنند سرزنش مى‌نمايد؛ اما در دنياي مسيحيت كنونى، وضع به گونه‌اي ديگر است. انسان بايد نسبت به يك سلسله عقائد تحمیلی مؤمن باشد و درباره آن‌ها بحث نكند؛ مثلا سؤال كردن از نحوه جمع شدن سه خدا با يگانگي او و اين كه چرا باید فرزند خدا براي گناه بشر قرباني شود؟ بي معناست؛ چراكه در مسيحيت، استدلال و برخورد منطقي جايگاهي ندارد.

اشکال می کنند که حضرت ابراهیم(ع) در حال سلامت کامل گفت: «من بیمارم» و همچنین شکستن بتها را به گردن بت بزرگ انداخت. این سخنان دروغ نبود چراکه اوّلا: چه بسا بیمارى مختصری در جسم او وجود داشته ثانیاً: سُقْم و سَقَمْ گاهی به معناى ناراحتى هاى روحى نیز به کار مى رود. در مورد شکستن بتها هم عبارت ایشان یک جمله شرطیه است یعنی اگر بتها سخن بگویند این کار را کرده اند. و سخن ابراهیم(ع) نوعى کنایه است که به این وسیله خرافى بودن عقائد بت پرستان را به رخ آنها بکشد.

بحث مَثَل و ممثول درکتاب «الهفت والاظلّه» منسوب به مفضّل بن عمر جُعفی، آمده و از امام درباره ممثولِ امام مى پرسد و امام جواب مى دهد که تو خیال مى کنى على و حسین کشته شدند و گرمى آهن را چشیدند، هیهات، حسن در زمان ابراهیم به صورت اسحاق و حسین به صورت اسماعیل درآمد و آنان ممثولان حسن و حسین بودند... حسین بن على در ظاهر هزار بار ذبح شده، ولى در واقع امام حسین هیچ آهنى بر گلو ندید. مَثَل حسین مَثَل مسیح است که بر کافران مشتبه شد و این وصف قتل تمام انبیاء و اوصیاء و اولیاء است.

بنابر نظر اسماعیلیه - همچون بوعلى سینا و فلاسفه مشاء - خدا قدیم ذاتى و عالَم قدیم زمانى و حادث ذاتى است. اکثر متکلمان مسلمان خدا را قدیم ذاتى و عالَم را حادث زمانى مى دانستند. این دیدگاه اسماعیلیه، مورد اعتراض اشاعره قرار گرفته و غزالى در فضائح الباطنیه مى نویسد: «اسماعیلیان قائل به دو خداى قدیم اند که براى آنها اولى از حیث زمان نیست. مگر اینکه یکى علت دیگرى است... اینان مثل مجوس قائل به دو إله هستند...».

معاد به معناى بازگشت انسان به حیات و زندگى جدید، یکى از ضروریات و اصول دین اسلام است و همه مذاهب اسلامى به آن اعتقاد دارند، ولى در جسمانی یا روحانی بودن آن اختلاف دارند. اسماعیلیه با تأثیر از اندیشه فلوطین، معاد را روحانی دانسته و جسمانی بودن آن را بی معنا می دانند. در نگاه آنان روح همواره زنده و فناناپذیر است.

یکی از فعالیت های نواب اربعه، پاسخ به سوالات و مشکلات عقیدتی و وسوسه های منکران وجود امام بود. آنان با استفاده از آموزش های امام، و دانش عمیق خود، با شایستگی این کار را به انجام دادند. آنان در این راستا، با پرهیز از اظهار عقیده شخصی در دین، گاه ناگزير، پرده از ديدارهاى سرّى خود با امام بر‏داشته و گاهی نیز توقیعی از سوی حضرت، آنان را در دفع شبهات یاری می کرد.

«تقیّه» به معناى حقیقى آن، یک قانون شناخته شده عقلایى است. در تمام جنگ ها در طول تاریخ، مخفى کارى در برابر دشمن یکى از مهم ترین اصول مبارزه است. در صدر اسلام و در آن زمان که مسلمانان در اقلّیت بودند هنگامى که گرفتار چنگال دشمنان مى شدند عقائد خود را کتمان مى کردند تا بیهوده نیروهای خود را هدر ندهند. همانند داستان عمّار و پدرش؛ و در آیات متعدّدى از قرآن همچون ماجرای مؤمن آل فرعون، این مسأله مجاز شمرده شده است.

على رغم ویرانى قبرستان بقیع و قبور شهداى احد و غیر آنها، گنبد و بارگاه ملکوتى پیامبر(ص) برپاست و مسلمانان از همه جاى دنیا به زیارت آن حضرت مى شتابند و این وضع سؤال مهمّى در اذهان همه زائران ترسیم مى کند که اگر این ها نشانه بت پرستى و شرک است، چرا این «نشانه بزرگ!» را در کنار این مسجد باشکوه و با عظمت نگه داشته اید و اگر نیست چرا بقیّه را از میان برداشتید؟

یکتاپرستان شبه جزیره عربستان به نام غیرمعطله شناخته می شدند. در مقابل، معطله غیریکتاپرستانی بودند که خود عقاید مختلفی داشتند. انکار اصل وجود خدا و معاد و بعثت انبیاء، پرستش بتها به عنوان شریک خدا، پرستش بتها به عنوان واسطه های خدا و اعتقاد به جسم و اعضاء داشتن خدا همگی ذیل عنوان معطله قابل طبقه بندی است. برهمایی ها در هند منکر خدا بودند، عده ای به پرستش اجرام آسمانی مشغول بودند و ادیانی مانند زرتشتی، مسیحیت و یهودیت، به دامان دوگانه پرستی، تثلیث و تحریف ها و خرافات افتاده بودند.

جامعه اعراب پیش از بعثت رسول الله(ص)، از سنتها و آموزه هایی سراسر خرافه، جاهلانه و بی اساس رنج می برد. سنت هایی مانند بت پرستی، دست زدن و سوت کشیدن و احیانا برهنگی در مراسم پرستش بتها، زنده به گور کردن دختران به نام دفاع از ناموس، تضییع حقوق زنان و بلاتکلیف گذاشتن شان طی جدایی با عنوان طلاق ظهار، جنگ و غارت، دختر خدا دانستن فرشتگان و... .