اسماعیلیه به شدت تناسخ را انکار کرده اند. تناسخ یعنى  روح پس از جدایى از بدن، به دنیا بازگشته و به بدن دیگری تعلّق بگیرد. بزرگان مذهب اسماعیلیه معتقدند؛ تناسخ رجوع به قهقرا است و امکان وقوع ندارد. زیرا نفس در حرکت استعلایی به رتبه عقلی رسیده و اگر دوباره با ماده یکی شود اصل معاد انکار می شود.

اسماعیلیان معتقدند نفس همه انسان ها پس از مرگ، در مکانى به نام اعراف جمع شده و در انتظار قیامت به سر می برند. اما  با وجود باور به معاد روحانى، نمى توان معتقد به وجود برزخ بود، چون با جدایى نفس از بدن، قیامت نفس شروع شده و لذت و حزن معنوى آغاز می گردد. ممکن است اسماعیلیه به سبب تصریح قرآن به برزخ، تأویلاتى را بیان کرده باشند.

اسماعیلیان در بحث معاد اندیشه فلوطین را گرفته اما به دنبال مخالفت با برخی از مباحث آن، اندیشه جدیدی را بنا نهادند. در نگاه آنان، در ابتدا نفس ناطقه، بالقوه محض است و سپس با کسب از معلم روحانى که همانا انبیاء و اولیاء الهى هستند، استعداد استفاده از نیروى معنوى را پیدا می کند، امام نیز علوم توحید و معاد را در نفس انسانِ مستعد تعلیم می دهد، و او را براى حضور در عالم بالا آماده مى سازد. نفس ناطقه به خاطر خصلتى که خداوند به او داده و از آثار عقول است، مثل عقول، باقى است و فنا در آن راه ندارد... .

معاد به معناى بازگشت انسان به حیات و زندگى جدید، یکى از ضروریات و اصول دین اسلام است و همه مذاهب اسلامى به آن اعتقاد دارند، ولى در جسمانی یا روحانی بودن آن اختلاف دارند. اسماعیلیه با تأثیر از اندیشه فلوطین، معاد را روحانی دانسته و جسمانی بودن آن را بی معنا می دانند. در نگاه آنان روح همواره زنده و فناناپذیر است.

اسماعیلیه معتقدند: معاد تنها روحانی است نه جسمانی، زیرا 1- اگر جسمانی باشد، باید احکام تکوینی مانند: بیماری و مرگ و... در آن جهان نیز وجود داشته باشد. 2- در معاد جسمانى، بدن ها پوسیده و تبدیل به بدن هاى جدید می شود و این بدن جدید باید عذاب بچشد، در حالی که  بدن جدید گناهى نکرده است. 3- با وجود آن که عذاب دورنى سهمگین تر از عذاب بیرونى است، چه نیازى به ایجاد یک بدن جدید است. 4- خداوند فرمود: شهدا نزد وى روزى مى خورند در حالی که بدن هایشان پوسیده است. بنابراین معاد جسمانى امکان ندارد.