روایات متعددی در باب شهادت امام علی(ع) وجود دارد. در برخي از روايات آمده كه حضرت در مدخل ورودی مسجد مورد حمله «ابن ملجم» قرار گرفته است. در نقل‌ دیگر آمده امام(ع) در حال بیدار کردن مردم برای نماز بود که مورد حمله قرار گرفته است. اما بسیاری از تواریخ، اشاره به نقل نخست دارند. در مقابل، روایات دیگری زمان حمله «ابن ملجم» را در هنگام نماز می دانند. لذا «میثم تمار» می گوید: امام نماز صبح را آغاز کرده بود و در حالی که یازده آیه از سوره انبیاء را خوانده بود، که «ابن ملجم» با شمشیر ضربتی به سر امام زد.

بعد از پيامبر(ص) و انحراف خلافت، امام(ع) به همراه اهل بيتش به در خانه‌های انصار می‌رفت تا حقش را بگيرد؛ اما او را بر حریص بودن به خلافت متهم مي‌كردند. با حمله حكومت به خانه‌اش و جراحت همسر و شهادتش و دفن پنهاني او، امام دریافت كه نه توانایی در افتادن با حكومت را دارد و نه مبارزه كردن به مصلحت اسلام است، لذا راه مصالحه را در پیش گرفت و كم‌كم گوشه‌گیر شد و سراغ زندگی شخصی رفت و حكومت نيز او را تحقير و منزوي كرد؛ با اين حال، امام از هر فرصتی برای معرفی خود و خدماتش به اسلام و مسلمين بهره مي‌برد.

ابن تیمه می گوید: هیچ دلیلی نزد شیعه برای اثبات ایمان علی وجود ندارد مگر اینکه ایمان سه خلیفه اول را نیز ثابت می کند.
پاسخ: سابقه اسلام و جهاد علی آنقدر روشن است که شیعه نیازی به استدلال درباره فضیلت او ندارد و استناد شیعه به کتب اهل سنت در بیان فضائل امیرالمومنین فقط برای مجاب کردن آنها به وسیله احادیث خودشان است. ثانیا چه ملازمه ای بین ایمان علی با ایمان امثال خلفای سه گانه وجود دارد؟ ثالثا جهاد و فداکاری علی(ع) به هیچ وجه قابل مقایسه با کارنامه دیگران در این امر نیست.

اولا: برخی از لغت شناسان تفاوتی در معنای ولایت چه با فتح واو و چه با کسر آن نمی نهند. ثانیا: متبادر به ذهن از واژه ولی همان معنای سرپرستی است. ثالثا: روایاتی که شان نزول آنرا درباره امیرالمومنین می دانند تعلق گرفتن آن را به عموم مسلمین رد می کند. رابعا: می تواند ولایت به معنای سرپرستی باشد نه لزوما نصرت و یاری. خامسا: حصر در آیه بخوبى نشان مى دهد که ولایت به معناى دوستى نیست زیرا دوستى مؤمنان منحصر به مؤمنانى که در حال رکوع زکات مى دهند نیست.

ایشان می فرماید: «به خدا سوگند طلحه در خونخواهى عثمان شتاب نکرد، مگر از ترس آن که از او بازخواست شود؛ زیرا کسى بر ریختن خون عثمان حریص تر از او نبود. به خدا سوگند، طلحه و زبیر و عایشه،...  خونى را طلب مى کنند که خود بر زمین ریختند و خودشان عهده دار آن بودند، پیامد خون عثمان تنها بر گردن آنان است و آنان همان گروه ستمکارند».

امیر مؤمنان علي(ع)، بنابر قول مشهور، در سیزدهم رجب سال سی ‌ام عام الفیل (ده سال پیش از بعثت و بیست و سه سال قبل از هجرت) به دنیا آمد. در برخی نقل ‌ها از هفتم شعبان، بیست و سوم شعبان و نیمه رمضان به عنوان روز تولد آن حضرت یاد شده است. شهادت آن حضرت نیز در بیست و یکم رمضان سال چهلم هجری در شهر کوفه واقع شده است.

ادله امامت حضرت امیر در نگاه اسماعیلیان همان دلیل هایى است که امامیه براى امامت ایشان اقامه کرده اند. مانند: حدیث غدیر خم و نصب ایشان به ولایت، حدیث یوم الانذار، حدیث منزلت، آیه برائت، آیه مباهله، آیه «أفمن یهدى الى الحق احقّ أن یتبع أمن لایهدى» و آیات و روایت دیگر که دلالت بر نصب حضرت امیر(ع) به عنوان جانشین پیامبر مى نماید.

امام قبل از شروع جنگ جمل، پیامى به وسیله ابن عباس براى زبیر که یکی از دو فرمانده جنگ جمل بود فرستاد و این پیام مؤثّر واقع شد و او از جنگ کناره گیرى کرد، هر چند در یکى از بیابانهاى بصره به دست مردى به نام «ابن جرموز» کشته شد. امام(ع) حدیثی را به زبیر یادآوری کردند که پیامبر(ص) خطاب به زبیر فرمودند: «تو با امیرالمومنین(ع) خواهی جنگید درحالی که ظالم هستی». این سخنان باعث شد او از جنگ کناره بگیرد.

فاطمه صغری(س) در کوفه فرمودند: «از جمله چیزهایی که بر پیامبر(ص) نازل شد، پیمان گرفتن بر ولایت امیرالمومنین(ع) بود ولی مردم حق او را غصب کردند و او را به ناحق به شهادت رساندند... اى كوفيان! اى حيله گران و ...! ما خاندانى هستيم كه خداوند ما را مبتلاى شما ساخت و شما را مورد آزمون ما قرار داد، ولى امتحان ما را نيكو قرار داد (ما از عهده اين آزمون به خوبى برآمديم)... شما ما را تكذيب كرديد و در حق ما ناسپاسى روا داشتيد، كشتن ما را حلال دانستيد و اموال ما را به غارت برديد، گويا ما مسلمان نيستيم».

پیامبر(ص) در سال سوم بعثت مأمور به دعوت علنی شد. ایشان بستگان نزدیکش را به خانه «ابوطالب» دعوت کرد، آنها در آن روز، حدود چهل نفر بودند، هنگامى که پیامبر(ص) مى خواست وظیفه خود را ابلاغ کند، «ابولهب» با گفته هاى خود زمینه را از میان برد، لذا فرداى همان روز پیامبر(ص) آنها را دوباره به غذا دعوت نموده و پیام الهی را ابلاغ نمود و در آن مجلس فرمود: هر کس ایمان آورد برادر، وصی و خلیفه بعد از من خواهد بود. ولی جز امیرالمومنین(ع) کسی نپذیرفت.