امام رضا(ع) در عصر خود با ديدگاه های كلامی انحرافی مواجه بودند كه بيشتر از سوی معتزله و اهل حدیث مطرح می شد. مباحث مربوط به توحید، به ویژه بحث صفات خدا، از جمله صفت عدل که ارتباط مستقیمی با موضوع جبر و اختیار داشت، از داغ ترین مباحث کلامی آن عصر بود. اهل حدیث نیز با پذيرش ظاهر آیات و روایاتی که دالّ بر تشبیه بود، خدا و صفاتش را به شکل یک انسان تصویر کرده و برای او چشم و دست و پا و ... قائل بودند. همچنین از ديگر مباحث كلامی می توان به مسأله رؤیت خدا، اثبات دست برای خدا و بخشوده نشدن گناهان کبیره اشاره كرد.

امام باقر(ع) آثار مهمی در فرهنگ و دانش اسلامی شيعی از خود به يادگار گذاشته است. بخش زيادی از مسانید فقهی و تفسیری شیعه، اخبار تاریخی در مورد انبیا، امیر المؤمنین(ع) و جنگ صفین، از ايشان نقل شده است. روايات اخلاقی، روایات فقهی در احکام و مناسک حج، و اخبار بسیاری در تفسیر قرآن از ايشان به ما رسيده است. همچنین امام باقر(ع) در موضوعات کلامی نیز روایاتی را از امام علی(ع) در مسائل مربوط به توحید و صفات خداوند نقل کرده‌ است.

تعبیرهاى کنایى امرى عادى در زندگى بشر است. خداوند متعال نیز به جهت فهم مردم مطابق با محاورات آن ها در قرآن کریم سخن گفته است تا با الفاظ و اسلوب هاى متداول بین مردم مطالب عالى را به آنها تفهیم کند. و اصولا هر گاه حکم عقلى برهانى بر خلاف شرع بود باید شرع را تأویل نمود و در آنجا که ظاهر آیه یا روایت با حکم عقلى قطعى مخالف است نباید آنها را به ظاهرش حمل نمود.

در خصوص صفات خداوند، بین علما و متکلمان سه نظریه وجود دارد: 1- نظریه تأویل؛ که مبتنی بر تنزیه خداوند است، که مطابق عقیده اهل بیت(ع)، بسیاری از فلاسفه و بسیاری از علماى اهل سنّت، از جمله: معتزله و ماتریدیه است. 2- نظریه تفویض و توقف؛ که نظر جماعتى دیگر از علماى اهل سنّت مانند: مالک بن انس و سفیان بن عیینه است. 3- نظریه حمل به ظاهر؛ قول کسانى است که تأویل صفات و هم چنین تفویض و توقف آن را حرام مى شمارند، و معتقدند که تمام صفات را بر ظاهرشان باید حمل نمود.

در روايات آمده است كه بهاي نفْس انسان چيزي جز بهشت نيست. اگر كسي آن را به غير نعمت هاي بهشتي بفروشد در حقيقت به خود ظلم كرده است. نكته مهم اين است كه روايت بهشت را بهاي بدن هاي ما قرار داده است. بنابراين بهاى روان و نفس آدمى كه قادر به تكامل و رسيدن به اوج صفات الهى است هرگز براى ما قابل درك نيست.

شناخت الهی از طریق «آیات آفاقی و انفسی» از آنجا دارای اهمیّت است که انسان را به «اصل وجود خداوند و برخی از صفات الهی» واقف می سازد. امّا نکته مهمّ اینجا است که این اندازه از شناخت، برای هدایت و درک سعادت کافی نیست؛ زیرا برای دستیابی به رستگاری و سعادت، باید به «محتوای دین و فرامین راستین الهی» دست یافت و بدان عمل کرد و این مهم بدون «شناخت حجت الهی» امکان پذیر نیست. با توجّه به مسئولیّت «حجّت خدا» در رشد معنوی مردم، رهبری سیاسی و اجتماعی ایشان و پاسدارى از شرايع آسمانى، روشن است که نشناختن «حجّت الهی» و پیروی نکردن از ایشان تا چه اندازه می تواند زیانبار باشد و حتّی به گمراهی از دین ختم گردد. آنچنان که در دعای منقول از امام صادق(ع) می خوانیم: «اللَّهُمَّ عَرِّفْنِي حُجَّتَكَ فَإِنَّكَ إِنْ لَمْ تُعَرِّفْنِي حُجَّتَكَ ضَلَلْتُ عَنْ دِينِي‏». بر اساس این ضرورت هاست که می گوییم باید «حجت الهی» را شناخت تا واسطه آشنایی ما با دین گردد و نیازهای ما از آموزه های وحیانی را برطرف کند؛ به همین دلیل شناخت «حجت الهی» از اهمیّت بسیاری در میان تعالیم دینی برخوردار است.

در دیدگاه آنان لازمه وحدانیت، تنزیه مطلق الهى، نفى مضاعف است. یعنى خداوند نه به وجود توصیف مى شود نه به لاوجود یا عدم. او نه حىّ، نه لاحىّ، نه عالم است نه لاعالم، نه موصوف است نه لاموصوف. خدا بالاتر از آن است که به چیزى توصیف شود. او بالاتر از اسم و رسم و صفت است. حتى لفظ الله بر خدا جایز نیست. توحید به این است که الوهیت را از ما سواى او سلب کنیم و تنزیه او به این است که اسماء و صفات را از او دور کنیم. ولى به ناچار با الفاظى از او یاد مى کنیم.

در قرن ششم میلادی، قیلویونس و طرفدرانش برای خدا، سه طبیعت مختلف الجوهر در نظر گرفته که دارای هدف واحد هستند، البته کلیسا آنان را گمراه اعلام کرد. پدران کاپادوکیه در قرن چهارم، در تبیین دیدگاه ارتدوکس، از سه خدایی سر درآورده و سه اقنوم را سه شخص دانسته که در مفهوم کلی الوهیت با یکدیگر مشترکند، آنان رابطه جوهر با اقنوم، همانند رابطه کلی با جزئی دانسته و در مورد خدا، جوهر نمایانگر عامل مشترک، چون الوهیت یا دیگر صفات الهی است در حالی که اقنوم در ویژگی های خاص پدر و پسر و روح القدس دیده می شود.

هنگام مطالعه آیه 24 سوره یوسف، در ابتدا چنین تصور مى شود که این آیه یوسف(ع) را در قصد گناه با زلیخا شریک مى کند و این با مقام عصمت نمى سازد، زیرا معصوم حتّى قصد گناه هم نمى کند. کمى تأمّل در متن آیه براى رفع این اشتباه کافى است؛ زیرا قرآن مى گوید: «اگر برهان پروردگار را نمى دید، قصد وى مى نمود»، و مفهوم این سخن دقیقاً این است که او قصد گناه نکرد؛ زیرا برهان پروردگارش را مشاهده کرد.