امام باقر(ع) آثار مهمی در فرهنگ و دانش اسلامی شيعی از خود به يادگار گذاشته است. بخش زيادی از مسانید فقهی و تفسیری شیعه، اخبار تاریخی در مورد انبیا، امیر المؤمنین(ع) و جنگ صفین، از ايشان نقل شده است. روايات اخلاقی، روایات فقهی در احکام و مناسک حج، و اخبار بسیاری در تفسیر قرآن از ايشان به ما رسيده است. همچنین امام باقر(ع) در موضوعات کلامی نیز روایاتی را از امام علی(ع) در مسائل مربوط به توحید و صفات خداوند نقل کرده‌ است.

دوران امامت امام باقر(ع) مصادف با ادامه فشارهای خلفای بنی امیه و حکام آنها بر شیعیان عراق بود؛ زیرا عراق مرکز اصلی شیعیان بود. اين فشارها جز در دو سال حكومت «عمر بن عبدالعزيز» به شدّت ادامه داشت. امام باقر(ع) با وجود اظهار علاقه شديد كوفيان به قیام، نسبت به اعتقاد و استواری شان اعتماد چندانی نداشت. از طرفی امام مجبور به رعایت تقیه بود، لکن بسیاری از شیعیان عراق در اثر فشار و اختناق موجود، انتظار داشتند که امام به عراق آمده و دست به شمشیر ببرد. در اين وضعيت، عده ای جذب «زيد بن علی» شدند كه دست به قيام زده بود.

موقعیت علمی امام باقر(ع) به عنوان نماینده علوم اهل بیت، بسیاری را وا‌داشت تا از محضر او بهره گرفته و حل اشکالات علمی خود را از او بطلبند. لذا این شهرت علاوه بر حجاز در عراق و خراسان نیز فراگیر شده بود. گستردگی روایات امام باقر(ع) در زمینه های فقه، اعتقادات و ... سبب شد تا محدثان اهل سنت مانند «ابوحنيفه» از ايشان نقل حدیث نمایند. از سویی در میان ائمه(ع) پس از امام علي(ع)، سند بخش عمده ای از روایات به امام باقر(ع) و صادق(ع) بر می گردد؛ زیرا این دو امام بیش از امامان دیگر فرصت نشر علوم آل محمد(ص) را پیدا کردند.

در زمان امام باقر(ع) اختلافات فقهی ميان فرق اسلامی‌ و وابستگي علمای اهل سنت به حاكمان اموی باعث شد تا ضرورت احیای سنت واقعی پیامبر(ص) به دور از شائبه های تحریف عمدی خلفا و علمای وابسته به آنان احساس شود. فروکش کردن تنش های سیاسی پس از حادثه کربلا و شکست ابن زبیر و یکپارچه شدن حاکمیّت مروانیان، علما را از صحنه سیاست به حوزه درس و حدیث كشاند. نقطه نظرات فقه شیعه كه در حد اذان، تقیه، نماز میت و ... محدود بود، با ظهور امام باقر(ع) به یک جنبش فرهنگی تحسین برانگیزی تبديل شد.

در شرائطي كه شماری از احبار یهود به ظاهر مسلمان شده و گروهی دیگر که هنوز به دین خود باقی مانده بودند در جامعه اسلامی پراکنده شده و مرجعیّت علمی قشری از ساده‌لوحان را به عهده داشتند، امام باقر(ع) وظيفه داشتند تا با يهود و اسرائيليات به مبارزه بپردازند؛ لذا احادیث اسرائیلی را محکوم کرده و به تکذیب احادیث دروغین و ساختگی یهودیان پرداختند. احادیثی که چهره ملکوتی انبیاء و پیامبران الهی را خدشه دار می کرد.

در زمان امام باقر(ع) شيعيان زيدي معتقد به قيام با شمشير بودند؛ اما به جاي رفتن به سراغ ائمه(ع) به دنبال شخص علوی صاحب شمشير رفتند و همين امر باعث شكست شان شد. با اينكه آنها در فقه پيرو «ابوحنیفه» و در کلام پیرو معتزله بودند؛ اما فعالیت های علمی امامان شیعه، به ویژه امام باقر(ع) و امام صادق(ع) سبب پیدایش مکتبی با فرهنگ غنی شد. در اين دوران، حکام اموی به خصوص «هشام بن عبدالملك» نسبت به اهل بیت(ع) سختگیری بسياری می ‌کردند و اين به آن خاطر بود كه ايشان ادعای امامت و زعامت دینی- سیاسی داشتند.

امام باقر(ع) در رواياتي از ولادت حضرت مهدی(عج) خبر داده است؛ از جمله در حديثي مي فرمايند: «از ما دوازده مُحَدَّث است، هفتمين بعد از من قائم است».

امام باقر(ع) در حديثي مي فرمايد: «زمانى بر مردم بيايد كه امامشان از آنها غايب گردد. پس خوشا به حال كسانى كه بر امر ما در آن زمان ثابت قدم باشند. همانا كمترين ثوابى كه براى آنها در نظر گرفته شده اين است كه خداوند مى فرمايد: اى بنده های من به سّر من ايمان آورديد و غيب مرا تصديق كرديد بشارت باد شما را به ثوابی نیکو از جانب من ...».

جنبش کربلا آخرین تلاش سیاسی ممکن برای بازگرداندن حکومت به آل علي(ع) است به طوري كه امام سجاد(ع) با سیاست نظامی خداحافظی کرد و علاوه بر اين كه در اندیشه سامان دادن قیام شیعی دیگری نبود؛ بلكه با جنبش‌های سیاسی- نظامی مخالف اموی و هوادار علویان نيز همکاری نکرد. فقه امام، دعای امام و شخصیت امام در شیعه به عنوان یک الگوی امامت شیعی پذیرفته شد. پس از رحلت امام سجاد(ع) حرکت شیعی دو بخش شد. بخشی به رهبري امام باقر(ع) مشی پدر را دنبال می‌کرد و بخشی با مشی انقلابی به رهبري زید بن علی قرار داشت.

امام باقر(ع) پنجمین امام شیعه از مادري به نام فاطمه دختر امام حسن(ع) متولد شد و توسط «ابراهیم بن ولید بن عبدالملک» مسموم و به شهادت رسید و در بقیع دفن شد. نقش انگشتری ایشان که معمولاً شعار ائمه در برخورد با مشکلات زمان خود بود، «اَلْعِزَّةُ لِلّهِ جَمِیعا» بوده است. از سویی حضرت را باقر می گفتند؛ زیرا شکافنده علم بوده و اصولش را مشخص و طرز استنباط فروع علم از اصول آن را بیان كرده است. همچنین پيامبر(ص) به جابر فرمود كه عمرت طولانی می شود و فرزندم را خواهی ديد كه هم نام من است، سلام مرا به او برسان.