استنباط احکام از قرآن به مقدماتی مانند دانش عربی، علوم قرآن و تشخیص محکمات از متشابهات و ناسخ از منسوخ و... نیاز دارد. بدون دانستن این مقدمات، تلاش برای فهم قرآن به برداشت های ناقص و انحرافی می انجامد که در سخنان بزرگان دینی به عنوان «تفسیر به رأی» شناخته شده و بسیار نکوهش شده است.
استخراج احکام از روایات نیز به قوه تشخیص عـام و خاص، مطلق و مقید، معانی امر و نهی موجود در احادیث، ملازمات مضامین احادیث، شناخت رجال سلسله راویان حدیث، شناخت موارد تقیه از غیرتقیه، روایت‌های صحیح‌ السند از غیرصحیح السند و... وابسته است.
از آن گذشته برای پدیده های جدیدی را که پیشینه ای در روایات معصومین و احکام شرعی گذشته ندارند و به اصطلاح فقها به نام «مسائل مستحدثه» شناخته می شوند، بدون طی کردن مراحل اجتهاد مصطلح، نمی توان حکمی استنباط کرد.
داشتن چنین تخصص هایی از همه برنمی آید و بایستی عموم مردم از متخصصین پیروی کنند، در غیر این صورت جامعه به همان تشتت و اختلاف نظر عمیق و عدم انسجام علمی و فکری ای که سلفیه و وهابیت بر اثر آسان گیری در اجتهاد دچارش شده، مبتلا می گردد.

درباره اين سؤال كه تأويل «متشابهات» در قرآن را چه كسي مي داند؟ «علامه طباطبایی» می فرماید: «علم به تاویل متشابهات، صرفا مخصوص پروردگار است و برای دیگران جز سر تسلیم فرود آوردن راه دیگری نیست؛ اما باید راه دست یابی به حقایق نهفته در آیات متشابه برای پویندگان باز باشد؛ زیرا اگر فرض شود در قرآن آياتى وجود داشته باشد كه آحاد مسلمانان و دانشمندان و حتى معصومین(ع) از محتواى آن آگاهى نداشته باشند، حتما مقام حكمت الهى زير سؤال مى رود و قطعا اين فرضيه محالى است و از ديدگاه حكمت بارى تعالى كاملا به دور است.

«اِحکام» در قرآن در سه معنی به کار رفته است: 1. استوار بودن گفتار يا كردارى كه راه شبهه در آن بسته باشد. 2. پايدار و ثابت بودن، در مقابل ناپايدار. اَحكام ثابته در شريعت را محكم گويند، در مقابل اَحكام منسوخه. 3 . اِتقان و دقت در عمل يا گفتار. اِحكام به معناى سوم تمامى آيات قرآن را در بر مى گيرد و به معناى دوم، مخصوص آيات غير منسوخه است. به معناى نخست صرفا در مقابل آيات متشابهه به كار رفته است. «تشابه» نيز در قرآن به دو معنی همانند و يكسان بودن، و شبهه انگیز بودن، به کار رفته است.

«تفسير» از ريشه «فَسَرَ الأَمْرَ» به معناى أوْضحه و كشف عنه (آشكار نمودن) گرفته شده، از این رو در تعریف تفسیر گفته اند: تفسیر برگرفتنِ نقاب از چهره اَلفاظِ مشكله است. همچنین «تأويل»، از ريشه «اَوْل» گرفته شده، لذا تأويل به معنى اِرجاع دادن مى باشد، و زمانی به كار مى رود كه گفتار يا كردارى مايه شبهه، و یا موجب حيرت و سرگردانى شده باشد. لذا تأويل گر در جهت رفع شبهه اقدام نموده، ظاهر شبهه انگيزِ آن گفتار يا كردار را به جايگاه اصلى خود (وجه صحيح آن) باز مى گرداند.

براى «اِحكام» و «تشابه» تفاسير بسيارى بيان شده، که عبارتند از: آيات متشابهات آياتى است كه درباره صفات خداوند آمده است. همچنین متشابهات، آيات مربوط به احوال و اهوال روز قيامت و آخرت است. به نقل علامه طباطبایی(ره) متشابه آن است كه مجمل بوده و معنى روشنى نداشته باشد؛ متشابه مفهومى پيچيده و سر در گم دارد و محكم دليل روشن و استوار دارد؛ در متشابه، راه رسيدن به معنى بسته است؛ ولى براى محكم راه باز است؛ متشابه آن است كه بيش از يك معنی را متحمل است؛ ولى محكم بيش از يك معنی را متحمل نيست.

به تازگی دو تفسير عجیب درباره «محكم و متشابه» ارائه شده كه عبارتند از: 1. مرحوم طالقانى می گويد: «قرآن داراى دو وجود و دو مرحله است، مرحله پيش از نزول و پس از نزول. قرآن، پيش از نزول محكم، ثابت و نامتغيّر است؛ اما همان محکمات پس از نزول، در ظروف انديشه هاى گوناگون و به صورت كلمات و آيات متفرق تبين گرديده، و به صورت متشابه در آمده است. 2. محكمات آياتى هستند كه اصول اساسى و ديدگاه هاى كلى مكتب را بيان مى كنند؛ اما آيات متشابه مشتمل بر مطالبى است كه خود «اصل» نيستند، اما منبعث از اصول بوده، لذا فاقد خصلت ثبات و پايدارى می باشند.

بیشتر علمای شیعه بر جواز و امکان تفسیر قرآن استدلال کرده و حجّیبت تفسیر غیر معصوم را پذیرفته اند؛ این علما کتب تفسیر نوشته و در اجتهاد فقهی خود بر تفسیر قرآن تکیه کرده اند.
تنها بخشی از علمای شیعه(اخباریان) در برهه ای از زمان اعتقاد داشتند که تفسیر قرآن فقط با روایات اهل بیت جایز است و دیگران حق تفسیر ندارند!
این درحالی است که برخی از علمای اهل سنت نیز فقط تفسیر پیامبر، صحابه و تابعین را حجّت می دانستند!

اصطلاح «علوم قرآنی» به مجموعه مسائل مرتبط با شناخت قرآن و شؤون مختلف آن گفته می شود و مباحث بيرونى «قرآن» را مورد بررسی قرار می دهد؛ در حالی که «معارف قرآنی» به درون و محتواى «قرآن» از جنبه تفسيرى می پردازد. به عبارت دیگر «علوم قرآنی» مقدمه ای برای «معارف قرآنى» و تفسير است. در «علوم قرآنى» مباحثى مانند پدیده وحى، تاریخ نزول قرآن، جمع و تأليف قرآن، مسئله قرائت و قُرّاء، محکم و متشابه، ناسخ و منسوخ و ... مطرح شده است.

زبان، ساده ترين ابزارى است كه آدمى مى تواند در حيات اجتماعى، معانى متصوّره خويش را مورد تبادل و تفاهم قرار دهد؛ از این رو شرايع الهى كه براى هدايت انسانها آمده و با آنان سخن گفته، از همين شيوه معمولى و متعارف بهره جسته است و چون روى سخن با مردم است، بايد با زبانى قابل فهم براي ايشان باشد. «قرآن» در ميان قوم عرب نازل گرديد و با زبان عربيِ رسا و آشكار بر آنان عرضه شده است. در واقع زبان قرآن، زبان مردمی است كه مورد خطاب قرار گرفته اند كه سهل و آسان و بدون پيچيدگى در بيان بر آنان عرضه شده است.

مُصحف امام علي(ع)، داراى ويژگى هاى خاصّى بود: 1. ترتيب دقيق آيات و سور، طبق نزول آنها رعايت شده بود. 2. قرائت آيات، بر طبق قرائت پيامبر(ص) ثبت شده بود. 3. مُصحف مشتمل بر تنزيل و تأويل بود. از سویی نقل شده امام(ع) پس از جمع آوری قرآن، آن را به مسجد آورد؛ در حالى كه مردم پيرامون ابوبكر بودند، به آنان گفت: بعد از مرگ پيامبر(ص) به جمع آورى قرآن مشغول بودم. آن گاه يكى از سران گروه با ديدن آنچه امام(ع) فراهم كرده بود، گفت: به آنچه آورده اى نيازى نيست. امام(ع) فرمود: ديگر هرگز آن‌ را نخواهيد ديد، و دیگر كسى آن را نديد.