اولا: سخن خداوند در آیه 20 سوره انعام سخنی جدلی و در پاسخ عقیده باطل مشرکین بوده و منطبق با منطق آنها بوده، نه اینکه سبب فرزند نداشتن خداوند منحصر در همسر نداشتن او باشد! چرا که همسر گزیدن براى خداى تعالى معقول نيست، زیرا همسرگزینی از عوارض موجودات جسمانی و مادی است و او از چنین عوارضی پاک و منزه است.
ثانیا: کلام حضرت مریم(س) کلامی ناظر به شیوه های طبیعی تولد فرزندان انسان است و منافاتی با اراده الهی ندارد. حضرت مریم(س) در اين حال تنها به اسباب عادى مى انديشيد، در حالی که نظام عالم طبيعت مخلوق خدا و محكوم فرمان او است و هر گاه بخواهد مى تواند اين نظام را دگرگون سازد و به وسيله اسباب و عوامل غير عادى‏ موجوداتى را بيافريند.
ثالثا: هدف از تولد حضرت عیسی(ع) از مادری بدون همسر اين بوده كه خداوند بشرى به وجود آورد كه مظهر قدرت او باشد و از اين طريق حجّت را بر ملّت لجوج بنى اسرائيل كه زير بار دعوت دیگر پيامبران پس از حضرت موسى(ع) نمى رفتند، تمام كند و از آنجا که حکمت خاصی دارد، نمی توان داستان آن را به عنوان نقض دیگر آیات قرآن در چگونگی تولد فرزندان انسان در نظر گرفت.

«خداجوئى» به انگيزه هاى معرفت خداوند و «خدايابى» به مسأله اثبات وجود خدا و «خداشناسى» به بحث پيرامون صفات او مى پردازد. از اين سه آنچه مشكل است خداشناسى است. صفات خدا مانند ذاتش بى نهايت است و اسماء او نيز بي شمار. يك وجود لايتناهى كمالات لايتناهى دارد. صفات خدا با آنچه ما ديده و شنيده ايم قابل مقایسه نيست؛ چرا كه صفات مخلوقين آميخته با نقص است و صفات او خالى از نقص. به اين دليل در راه شناسايى صفات خدا بايد با احتياط گام برداريم تا از خطر تشبيه و قياس در امان بمانيم.

تفسیر موضوعی یعنی آیات مختلفی که در جای جای قرآن درباره موضوعی واحد وجود دارد، یکجا جمع آوری شود تا از مجموع آن، نظر قرآن درباره آن موضوع و ابعاد آن روشن شود. این درک جدید از آنجا به دست می آید که آیات قرآن همدیگر را تفسیر می کنند.

قرآن تأكيد زیادی بر لزوم استفاده از حسّ و مشاهده به عنوان يك منبع معرفت و شناخت می نماید. مانند: توجه دادن انسان ها به آسمان و زیبایی ها و نظم و استحکام آن، دعوت به مشاهده نظام آسمان ها و زمين و مخلوقات. پروردگار براى بيدارى دل ها و پيمودن راه توحيد و خداشناسى، دعوت به تامل در مسأله نزول باران و زنده شدن زمين هاى مرده، توجه دادن انسان به مبدأ آفرینش، دعوت انسان به بازنگری دوباره غذا و چگونگی پدید آمدن آن و به صورت کلی دعوت به تأمل در پدیده های گوناگون هستی نموده است.

مغز انسان در واقع اطاق كنترلی برای كارگاه عظيم بدن است؛ همان اطاق اسرارآميز با همان دكمه ها و چراغ هایی که با تحريك يك يا چند سلول بخشى از بدن را به كار انداخته و يا از كار مى اندازد؛ قلب، معده، دستگاه تنفس، چشم و زبان و گوش به فرمان اين اطاق كنترل عجيب هستند. آیا می توان باور کرد که در ساختمان اين اطاق كنترل استثنائى هيچگونه محاسبه و برنامه قبلى در كار نبوده و پديده هاى كاملا تصادفى دست به دست هم داده و چنين اعجوبه اى را بوجود آورده اند؟

امام علي(ع) در بخشی از حکمت 126 نهج البلاغه، درباره «شک کنندگان» در وجود خداوند می فرماید: «از كسى كه در خدا شك مى كند در شگفتم در حالى كه خلق او را مى بيند». در واقع امام نگاه به عالم هستی و مخلوقات آن را، بهترین راه خداشناسی می داند، به ويژه در عصر ما كه با گسترش علوم، شگفتى هاى خلقت نمايان گشته، خدا شناسى از هر زمانى آسان تر است؛ چراکه در اطراف ما جلوه های قدرت خدا به وضوح نمايان است.

در قرن ششم میلادی، قیلویونس و طرفدرانش برای خدا، سه طبیعت مختلف الجوهر در نظر گرفته که دارای هدف واحد هستند، البته کلیسا آنان را گمراه اعلام کرد. پدران کاپادوکیه در قرن چهارم، در تبیین دیدگاه ارتدوکس، از سه خدایی سر درآورده و سه اقنوم را سه شخص دانسته که در مفهوم کلی الوهیت با یکدیگر مشترکند، آنان رابطه جوهر با اقنوم، همانند رابطه کلی با جزئی دانسته و در مورد خدا، جوهر نمایانگر عامل مشترک، چون الوهیت یا دیگر صفات الهی است در حالی که اقنوم در ویژگی های خاص پدر و پسر و روح القدس دیده می شود.

«مغز» مهم ترین و دقیق ترین دستگاه بدن ماست و کارش فرماندهى قواى بدن و اداره امور تمام اجزاء و مخزن حافظه انسان است که با اندک ضربه ای به یک نقطه کوچک از آن ممکن است تمام اطلاعات ما نابود شود. جالب اینکه اگر بخواهیم تمام آنچه را در حافظه داریم روى کاغذ یا نوار پیاده کنیم، بدون شک اوراق و نوارهاى زیادى را تشکیل مى دهد که براى بیرون کشیدن یک تصویر یا یک نوار از میان آنها عده زیادى مأمور و بایگان لازم است، ولى حافظه ما همه این کارها را به سادگى و به سرعت انجام مى دهد.

يكى از گامهاى نخستين در راه اصلاح نفس و تهذيب اخلاق و پرورش ملكات والاى انسانى، خود شناسى است. زيرا خودشناسی، سبب شناخت عظمت و كرامت نفس، شناخت خطرات هواى نفس و تضادّ آن با سعادت انسان و آماده شدن برای مقابله با آن، پی بردن به استعدادهاى گوناگونى كه براى پيشرفت و ترقى از سوى خداوند در وجود انسان نهفته شده، شناخت ريشه های مفاسد اخلاقى و بهترين راه براى خدا شناسى است.

قرآن مجيد درسوره فصّلت ،آيه 53 با صراحت مى گويد:«ما آيات آفاقى و انفسى (عجائب آفرينش خداوند در جهان بزرگ و در درون وجود انسان) را به آنها نشان مى دهيم تا آشكار گردد كه او حق است». درسوره ذاريات، آيه 21 نیز مى فرمايد: «در درون وجود شما آيات خداست، آيا نمى بينيد؟». پیامبر(ص) می فرماید: «كسى كه مخلوق را بشناسد خالق را مى شناسد، و كسى كه رزق را بشناسد رازق را مى شناسد، و كسى كه خود را بشناسد پروردگارش را مى شناسد».