قرآن كتاب تربيت و هدايت است؛ در آیاتی از قرآن که می گویند همه چیز در آن بیان شده و چیزی فرو گذار نشده است، منظور از «همه چيز» تمام امورى است كه براى پيمودن راه تربيت و هدايت لازم است. قرآن دایرة المعارفی بزرگ و گردآمده از همه گزاره های جزئی و فرمول های علومی چون رياضى و جغرافيايى و شيمى و فيزيک و گياه شناسى و... نیست. منظور از همه چیز در اين گونه آيات، يك امر نسبى است؛ يعنى تمام امورى كه در هدف هدايت و تربيت انسان دخالت دارد، در اين كتاب آسمانى هست. البته قرآن دعوتی كلى به كسب همه علوم و دانش ها كرده و تمام دانش هاى ياد شده و غير آن در اين دعوت كلى جمع است و علاوه بر آن گاه گاهى به تناسب بحث هاى توحيدى و تربيتى و... پرده از روى قسمت هاى حساسى از علوم و دانش ها برداشته است و برخی از حقایق علمی به گونه ای اشاره وار در قرآن بیان شده اند.

اولا: حضرت خضر(ع) طبق حکمت و اذن و فضل پروردگار به ابوابى از باطن علوم احاطه داشته كه موسى(ع) از آن آگاهى چندانى داشت. به همین خاطر وقتی حضرت موسی(ع) رفتار حضرت خضر(ع) را با معیار علوم ظاهری و احکام شریعت ارزیابی کرد، آنها را خارج از این ضوابط ظاهری می یافت و به حضرت خضر(ع) اعتراض می کرد و حق نیز این بود که اعتراض کند. وقتی منشأ چنین اعتراضی از سوی موسی(ع) عدم اطلاعش از تفاوت های مبنایی دانش ها، علوم و معارفی باشد که خداوند به هر کدام از او و خضر(ع) عطا کرده است، منافاتی با عصمت ندارد.
ثانیا: اظهار پشیمانی از اعتراضات و قضاوت های مورد اشاره در داستان موسی(ع) و خضر(ع) منافاتی با موضوع عصمت ندارد. چرا كه نه مربوط به اساس دعوت نبوت است و نه فروع آن و نه تبليغ دعوت. بلكه در مساله ای صرفا عادى و مربوط به زندگانى روزمره است. آنچه مسلم است هيچ پيامبرى در دعوت نبوت و شاخ و برگ آن مطلقا گرفتار خطا و اشتباه نمی شود و مقام عصمت او را از چنين چيزى مصون مى دارد.

امام علي(ع) درباره «قوّتِ در دین» مي فرمايد: «متقین در دین استوار و نیرومند هستند». آنها به خاطر علمی که دارند در اعتقاد و دین استوارند. قرآن هم در چند مورد به بنى اسرائيل توصيه به قوّتِ در دين می کند. آری دستورات اسلام را چه در رابطه با امور دنيوى و چه اخروى بايد با قوت گرفت، حتی به گفته امام صادق(ع) انسان باید با قوت به دنبال روزی برود. برای پیمودن راه حق و مبارزه با دشمنان به دستور قرآن باید از نیروی کافی اعم از تکنولوژی، صنایع و علوم مختلف دیگر استفاده کرد.

در سوره «کهف» به داستان حضرت موسی(ع) و حضرت خضر(ع) اشاره شده است. در این داستان حضرت موسى(ع) براى فراگرفتن علوم تازه اى نزد حضرت خضر(ع) آمد و از او تقاضا كرد تا از علومى كه خدا در اختيارش گذارده چيزى به ايشان بياموزد، ولی ناشکیبایی و بی صبری حضرت موسی(ع) سبب شد که تنها سه نکته مهم را در اين زمينه بياموزد، در حالى كه اگر صبر و حوصله بيشترى داشت هزاران نكته از اسرار علم برايش فاش مى شد.

امام علي(ع) در بخشی از حکمت 126 نهج البلاغه، درباره «شک کنندگان» در وجود خداوند می فرماید: «از كسى كه در خدا شك مى كند در شگفتم در حالى كه خلق او را مى بيند». در واقع امام نگاه به عالم هستی و مخلوقات آن را، بهترین راه خداشناسی می داند، به ويژه در عصر ما كه با گسترش علوم، شگفتى هاى خلقت نمايان گشته، خدا شناسى از هر زمانى آسان تر است؛ چراکه در اطراف ما جلوه های قدرت خدا به وضوح نمايان است.

قرآن در تبیین «هدایت فطری» انسان مى‌ فرمايد: «خداوند فجور و تقوا را به نفس آدمى الهام كرد»؛ در واقع خداوند درك حسن و قبح عقلى را به صورت فطرى در درون جان انسان قرار داده، تا او را در مسير سعادت و تكامل هدايت كند. همچنین در سوره «روم» مسأله فطرى بودن دين مطرح شده؛ آن هم دين «حنيف» يعنى خالى از هر گونه گرايش به سوى باطل و كجى. از سویی تعبير به «دين»، تمام مبانى اصول دين و حداقل كليّات فروع دين را شامل مى ‌شود. همچنین در سوره «علق» نیز از تعلیم آدمی به وسیله قلم و مسائلی که نمی دانسته سخن می گوید.

در نخستین آیات قرآن تکیه بر مسأله «علم» و «قلم» است، که بلافاصله بعد از نعمت بزرگ خلقت و آفرینش در این آیات ذکر شده است! پایه های اسلام از همان آغاز بر علم و قلم گذارده شده، و بى جهت نیست که قومى چنان عقب مانده، به قدرى در علوم و دانش ها پیش رفتند، که علم و دانش را ـ به اعتراف دوست و دشمن ـ به همه جهان صادر کردند، و به اعتراف مورخان معروف «اروپا»، این نور علم و دانش مسلمین بود که بر صفحه اروپاى تاریک «قرون وسطى» تابید، و آنها را وارد «عصر تمدن» ساخت.

آری در قرآن «بیان همه چیز» هست؛ ولى از آنجا که قرآن یک کتاب تربیت و انسان سازى است که براى تکامل فرد و جامعه در همه جنبه هاى معنوى و مادى نازل شده است، روشن مى شود که منظور از «همه چیز»، تمام امورى است که براى پیمودن این راه لازم است، نه این که قرآن «دائرة المعارف» بزرگی است که تمام جزئیات علوم ریاضى و جغرافیائى و شیمى و فیزیک و گیاه شناسى و مانند آن در آن آمده است.

اولا: اعتقاد شیعه به امامت اهل بیت ریشه در قرآن و سنت نبوی دارد و معتقدانی از صحابه صدر اول دارد لذا عدد شیعه درحال تغییر و فزونی است. ثانیا: تغییر به معنی پیشرفت و گسترش علوم و معارف شیعه در طی اعصار با حفظ مبانی و اصول بوده است. ثالثا: عنوان تشیع بر اساس معانی حبی، سیاسی و عقیدتی قابل طبقه بندی است و اطلاق شیعه بر مخالفین عثمان بوده فقط یکی از آن معانی است.

بسيارى از امور كه به عنوان اهداف بعثت پيامبران يا فلسفه وجودى آنان گفته مى شود، در مورد «وجود امام» نيز صادق است. تقويت و تایید شناخت عقلى به وسيله بيان پیشوای معصوم، معرفت به اموری که عقل از درک آنها عاجز است، تشخیص و اجرای صحیح ترین قوانین مورد نیاز انسان، پرورش مراتب اخلاق و ... از اهداف پیامبران و امامان است.