منظور از خداشناسی فطری این است که هر انسانی می تواند با توجه درونی و تامل قلبی عمیق، رابطه اش را با خالقش کشف کند. ارتباطی که به خاطر دنیاطلبی انسان و سرگرم شدنش به امور روزمره، زیر حجابی از غفلت قرار گرفته است. ترس اگر چه نقش سازنده ای در کنار زدن آن حجاب غفلت دارد، امّا آنچه واقعا آدمی را هنوز به نجات و ادامه حیات امیدوار می کند، تبلور فطرت توحیدی انسان از میان حجاب های غفلت و توجه دوباره به آن سرشت خداجوی درون نهادش است.
اگر ترس عامل توجه انسان به خدا باشد، می باید انسان های ترسو دیندارتر از سایرین باشند در حالی که این گونه نیست و انسان های دیندار از دیگران شجاع تر و جسورترند. ترس نه تنها عامل ایمان به خدا نیست، بلکه خود معلول بی ایمانی و مقهور ایمان است؛ اثر آرام بخشى مذهب در برابر عوامل ترس، قابل انکار نبوده و توجّه به مبدأ و خاستگاهی که قدرت وسیع و گسترده دارد، انسان را به آرامش دعوت کرده و تسکین می دهد.

می توان با توجه دادن او به ندای فطرت و نظم حاکم بر جهان و دعوت کردن او به تأمل در پدیده های مرگ و حیات، در کنار ادله عقلی صرف، با او بحث و گفتگو کرد.
امور فطرى همواره در طول تاريخ ثابت است و نوعى خداباوری در نهاد و فطرت هر فردی وجود دارد.
همچنین نظم در هر مجموعه ای، حکایت از شعور، طرح و هدف می کند و انسان هر کجا نظم و قوانین ثابتی دید، مبداء آن را جست و جو کرد.
هر انسانی اعتراف مى كند كه حیاتش از خودش نیست و همه مى ميرند؛ اينجا نيز جاى تفكر و انديشه است؛ اگر هستى آنها از خودشان بود، بايد جاودانه می بودند!
طبق برهان عقلی «امکان و وجوب» نیز جهان و موجوداتش همه از ممکنات اند که برای وجودشان نیازمند موجود و علّتی می باشند که وجودش ذاتی است و نیازمند به علتی نیست.

با مطالعه تاریخ انبیا در می یابیم که دعوت آنها داراى دو جنبه نفى و اثبات بوده؛ نفی عبادت غیر خدا و اثبات ربوبیّت ذات مقدّس، که اساس یگانه پرستی است. پیامبران تلاش می کردند با معرفی مبدأ حقیقى به اجتماع، اجازه ندهند  نیروى درونى و فطرت با مصادیق غلطى مانند: بت، ماه، ستاره و... اشباع شود زیرا که خدا پرستى از ابتداى خلقتِ بشر، وجود داشته و اکنون هم اکثریّت مردم جهان خداپرست اند.

اوّلا: بلوغ و سنّ ازدواج دختران و پسران یک موضوع قراردادى نیست که بخواهیم براى آن حد و مرزى تعیین کنیم؛ بلکه یک امر طبیعى و فطرى است. ثانیاً: در تدوین قانون باید همه جوانب را در نظر گرفت؛ زیرا معدّل «سنّ بلوغ جنسی» در دختران کشور ما 14 و در پسران 16 مى باشد و فاصله زیاد سنّ ازدواج با سنّ بلوغ مفاسد و مشکلات بی شماری به وجود می آورد. ثالثاً: ازدواج و همسر گزینى موجب شکفته شدن استعدادهاى نهفته است و جوانى که نتواند این نیازش را برطرف نماند، نمى تواند صحیح و آرام فکر کند.

از نگاه اسلامی «توهين» به عقاید و مقدسات ديگران، امری ناپسند بوده و حتّی «فحّاشی» به بت بی جان نیز مذموم است؛ ضمن اینکه جان، مال و آبروی هر انسانی فارغ از «عقیده اش» محترم است. اما این به معنای درست پنداشتن و صحیح شمردن، حق دانستن و به رسمیّت شناختن همه آن عقاید نمی باشد. یعنی «عقیده» از حیث «عقیده» و «مبنای آن» مصون از نقد، چالش و مبارزه نخواهد بود و از این حیث محترم نیست. راه دين در تعامل با پيروان باورهای مختلف، نقد و بررسي عقلاني آنهاست؛ آنها که بر پایه منطق و مبانی عقلی و فطری بنا شده باشند، محترم شمرده شده و آنها که بر اساس تقلید، تعصب، خرافه و ... باشند، ارزشی نخواهند داشت و با عقایدی مانند بت پرستی، شیطان پرستی، انحرافات جنسی اخلاقی و ... که نوعی انحراف و بیماری فکری و اخلاقی است، مانند یک بیماری برخورد خواهد شد، نه نوعی «اندیشه و باور محترم عقلانی»!

درباره اثبات وجود خداوند بحث های زیادی وجود دارد، برخی وجود خدا را بدیهی و بی نیاز از اقامه برهان و استدلال می دانند، امّا آنان که برای اثبات وجود خداوند برهان اقامه می کنند، این براهین را به «لمّی و انّی»، یا به براهین «فطری و عقلی» تقسیم می نمایند. دلایل عقلی بر وجود خداوند نیز بسیار زیادند. برخی از آن موارد عبارتند از: برهان تغییر و حرکت، برهان وجوب و امکان، برهان نظم، برهان علّت و معلول، برهان صدّیقین و... ، که هر کدام به تناسب یقین آوری و اقناع، در مواجهه با مخاطبان مختلف به کار می روند.

در آياتي از قرآن اشاره به این اصل كلّى شده كه: نور خداشناسى در اعماق قلب همه انسان ها مخفى است و انسان ها در سختى ها و گرفتارى هاى شديد، آنجا كه دستشان از وسائل عادى كوتاه مى شود، ناگهان به فطرت اصلى خويش باز مى گردند، و نور خداشناسى در وجودشان شعله مى گيرد، و به ياد مبدأ علم و قدرت یعنی خداوند مى افتند و از او طلب کمک و یاری می کنند.

فطرت خداشناسی با لحن های مختلفی در روایات بیان شده: در بعضى مسأله توحيد و در بعضی خداشناسی به عنوان يك امر فطرى معرّفى شده؛ در بعضى هم تمام اصول اسلام به عنوان يك امر فطرى معرّفى شده و در بعضى هم روى مسأله ولايت تكيه شده و نشان می دهد فطرت توحيد نمى تواند از بقيه اصول اعتقادى جدا باشد.

قرآن در مساله توحید در خالقیت از منظر بت پرستان می فرماید: «هر گاه از آنان بپرسى: چه كسى آسمانها و زمين را آفريده، و خورشيد و ماه را مسخّر كرده است؟ مى گويند: خداوند يگانه!». در واقع بت پرستان بت ها را همتای خداوند در عبادت و موثر در سرنوشت انسان ها می دانند. آنان بر اساس فطرت هیچگاه بت ها را خالق آسمان و زمین نمی دانند. اما تفكيك ميان توحيد در خالقيّت، و توحيد در عبادت، تناقض واضحى است، زيرا شايسته عبوديّت كسى است كه خالق و رازق است.

هر انسانی بر مبنی فطرت، خود و جهان هستی را نیازمند خالقی نیرومند و جاودانه می بیند. ندای فطرت، ندایی پاک و سرشار از مهر و محبت است که با استحکام و منطق، فرمان اعتقاد به خدا را صادر می کند. البته شدّت و ضعف تأثیر فطرت، بستگی به شرایط محیط، تربیت و تبلیغات دارد. به عنوان مثال؛ اشخاص در هنگام قدرت هیچ توجهی به خدا ندارند اما در تنگنای شکست و ناتوانی با رغبت به این مبدء مقدس توجه می کنند.