استنباط احکام از قرآن به مقدماتی مانند دانش عربی، علوم قرآن و تشخیص محکمات از متشابهات و ناسخ از منسوخ و... نیاز دارد. بدون دانستن این مقدمات، تلاش برای فهم قرآن به برداشت های ناقص و انحرافی می انجامد که در سخنان بزرگان دینی به عنوان «تفسیر به رأی» شناخته شده و بسیار نکوهش شده است.
استخراج احکام از روایات نیز به قوه تشخیص عـام و خاص، مطلق و مقید، معانی امر و نهی موجود در احادیث، ملازمات مضامین احادیث، شناخت رجال سلسله راویان حدیث، شناخت موارد تقیه از غیرتقیه، روایت‌های صحیح‌ السند از غیرصحیح السند و... وابسته است.
از آن گذشته برای پدیده های جدیدی را که پیشینه ای در روایات معصومین و احکام شرعی گذشته ندارند و به اصطلاح فقها به نام «مسائل مستحدثه» شناخته می شوند، بدون طی کردن مراحل اجتهاد مصطلح، نمی توان حکمی استنباط کرد.
داشتن چنین تخصص هایی از همه برنمی آید و بایستی عموم مردم از متخصصین پیروی کنند، در غیر این صورت جامعه به همان تشتت و اختلاف نظر عمیق و عدم انسجام علمی و فکری ای که سلفیه و وهابیت بر اثر آسان گیری در اجتهاد دچارش شده، مبتلا می گردد.

به تازگی دو تفسير عجیب درباره «محكم و متشابه» ارائه شده كه عبارتند از: 1. مرحوم طالقانى می گويد: «قرآن داراى دو وجود و دو مرحله است، مرحله پيش از نزول و پس از نزول. قرآن، پيش از نزول محكم، ثابت و نامتغيّر است؛ اما همان محکمات پس از نزول، در ظروف انديشه هاى گوناگون و به صورت كلمات و آيات متفرق تبين گرديده، و به صورت متشابه در آمده است. 2. محكمات آياتى هستند كه اصول اساسى و ديدگاه هاى كلى مكتب را بيان مى كنند؛ اما آيات متشابه مشتمل بر مطالبى است كه خود «اصل» نيستند، اما منبعث از اصول بوده، لذا فاقد خصلت ثبات و پايدارى می باشند.

جوانه هاى تفسير موضوعى قبل از هر چيز در خود قرآن ديده مى شود؛ و دستور قرآن در زمينه تفسير آيات متشابه به وسيله آيات محكم، نوعى از تفسير موضوعى است. در كلمات معصومین نيز نمونه هاى فراوانى آمده كه روش گردآورى آيات مربوط به يك موضوع، جمع بندى و استفاده از آن را به ما می آموزد. مثلا پیامبر(ص) در حدیثی برای استدلال درباره نکوهش دنیا به آیاتی از سوره حدید، زخرف، اسرا و ق؛ و علی(ع) در جمع بندی معنای کفر، به آیاتی از سوره جاثيه، نمل، بقره، ممتحنه، عنكبوت و ابراهيم استشهاد می نمایند.

این کتاب که یکی از منابع کم نظیر و بسیار مهم در زمینه تفسیرآیات متشابه قرآن به شمار می رود توسط رشیدالدین ابوجعفر محمد بن علی بن شهر آشوب مازندرانی معروف به ابن شهر آشوب (م 588 ق) تالیف شده است. ابن شهر آشوب که یکی از دانشمندان بزرگ شیعه و جامع علوم و فنون بود و مورد اعتماد شیعه و سنی می باشد، این کتاب را بنا به در خواست عده‌ای از فضلای زمان خود برای روشن ساختن معنای آیات متشابه قرآن و زدودن اختلافات موجود در زمینه این آیات نوشته است.

اصطلاح «علوم قرآنی» به مجموعه مسائل مرتبط با شناخت قرآن و شؤون مختلف آن گفته می شود و مباحث بيرونى «قرآن» را مورد بررسی قرار می دهد؛ در حالی که «معارف قرآنی» به درون و محتواى «قرآن» از جنبه تفسيرى می پردازد. به عبارت دیگر «علوم قرآنی» مقدمه ای برای «معارف قرآنى» و تفسير است. در «علوم قرآنى» مباحثى مانند پدیده وحى، تاریخ نزول قرآن، جمع و تأليف قرآن، مسئله قرائت و قُرّاء، محکم و متشابه، ناسخ و منسوخ و ... مطرح شده است.

مُصحف امام علي(ع)، داراى ويژگى هاى خاصّى بود: 1. ترتيب دقيق آيات و سور، طبق نزول آنها رعايت شده بود. 2. قرائت آيات، بر طبق قرائت پيامبر(ص) ثبت شده بود. 3. مُصحف مشتمل بر تنزيل و تأويل بود. از سویی نقل شده امام(ع) پس از جمع آوری قرآن، آن را به مسجد آورد؛ در حالى كه مردم پيرامون ابوبكر بودند، به آنان گفت: بعد از مرگ پيامبر(ص) به جمع آورى قرآن مشغول بودم. آن گاه يكى از سران گروه با ديدن آنچه امام(ع) فراهم كرده بود، گفت: به آنچه آورده اى نيازى نيست. امام(ع) فرمود: ديگر هرگز آن‌ را نخواهيد ديد، و دیگر كسى آن را نديد.

مراد از «آیاتٌ مُحْکَماتٌ» آیاتى است که مفهوم آن به قدرى روشن است که جاى گفتگو و بحث در آن نیست. و منظور از«متشابهات» یعنى آیاتى که معانى آن در بدو نظر، پیچیده است و در آغاز، احتمالات متعددى در آن مى رود اگر چه با توجه به آیات محکم، تفسیر آنها روشن می شود.

خداوند در آیه 120 سوره هود در پاسخ به این سؤال می فرماید: «ما سرگذشت پیامبران را براى تو بیان کردیم، تا قلبت را محکم و اراده ات را قوى کنیم. و در این اخبار حقایق مربوط به زندگى و حیات، پیروزى و شکست و عوامل موفقیت و شکست امتها همگى براى تو آمده است که براى مؤمنان موعظه، اندرز و تذکر است».

«قناطير» جمع «قِنطار» يعني چيز محکم يا مال زياد است و تمام مصاديق بيان شده همان مفهوم وسيع مال زياد را دارد. «خَيل» به معنى اسب ها يا اسب سواران است.  «مُسَوَّمَه» به معنى نشاندار يا برازنده است.

خداوند در سوره آل عمران آیات قرآن را به دو دسته محکم و متشابه تقسیم می کند.علما درباره تأویل آیات متشابه با کمک آیات محکم و سنّت اثبات شده و مسلم، وحدت نظر دارند. قرآن با انتقاد از تاویل آیات متشابه به وسیله فتنه گران که در پی سوءاستفاده از آیات قرآن هستند و برای پرهیز از غلطیدن در دام تجسّم و تشبیه و مخالفت با اصول مسلم قرآنی موجود در آیات محکم، تاویل اینگونه آیات را تابع شرایط و ضوابط خاص تفسیری دانسته که توسط راسخون در علم صورت می گیرد.