در قرآن چهار گونه «نسخ» متصوّر است، كه عبارتند از: 1. نسخ حكم و تلاوت: آيه اى كه مشتمل بر حكمى است به طور كامل از صفحه قرآن محو شده باشد. 2. نسخ حكم و بقاى تلاوت: حكم در آيه نسخ شده باشد؛ ولى آيه همچنان در قرآن باقى است. 3. نسخ تلاوت و بقاى حكم: آيه از صفحه قرآن محو شده باشد؛ ولى حكم درون آن همچنان باقى و نافذ است. 4. نسخ مشروط: با تغيير شرايط، حكم سابق نسخ شده؛ ولى با اعاده شرايط گذشته، حكم منسوخ قابل بازگشت باشد. آنچه از اين انواع چهارگانه معقول و قابل پذيرش مى باشد، نوع دوم و چهارم است.

مُصحف امام علي(ع)، داراى ويژگى هاى خاصّى بود: 1. ترتيب دقيق آيات و سور، طبق نزول آنها رعايت شده بود. 2. قرائت آيات، بر طبق قرائت پيامبر(ص) ثبت شده بود. 3. مُصحف مشتمل بر تنزيل و تأويل بود. از سویی نقل شده امام(ع) پس از جمع آوری قرآن، آن را به مسجد آورد؛ در حالى كه مردم پيرامون ابوبكر بودند، به آنان گفت: بعد از مرگ پيامبر(ص) به جمع آورى قرآن مشغول بودم. آن گاه يكى از سران گروه با ديدن آنچه امام(ع) فراهم كرده بود، گفت: به آنچه آورده اى نيازى نيست. امام(ع) فرمود: ديگر هرگز آن‌ را نخواهيد ديد، و دیگر كسى آن را نديد.

در روند تکاملى انسان ها گاه برنامه اى کاملا مفيد و سازنده، در اثر تغيير شرايط زمان و مکان، زيانبار و لازم التغيير مي شود. البته اصول احکام الهى مثل توحيد، عدالت اجتماعى و ...، هرگز دگرگون نمى شود. تنها در تکامل مذاهب اين«خاتم اديان» است که دگرگونى در آن راه ندارد و نسخ در اديان گذشته بوده است، مثلا خداوند همه حيوانات را بر نوح(ع) حلال کرد، ولى اين حکم در شريعت موسى(ع) نسخ شد.

علم خداوند و آگاهى بى پایان او هرگز دگرگون نمى شود ولى پاره اى از موضوعات در اثر گذشت زمان تغییر مى یابد، مثلا ممکن است دارویى براى بیمارى، امروز داروى شفابخش باشد و چند روز دیگر براى همان بیمار، زیانبار و خطرناک. طبیب آگاه، امروز دستور استفاده از آن را مى دهد و چند روز دیگر آن را نسخ مى کند. این است فلسفه وجود ناسخ و منسوخ در قرآن.

به چند دليل تشخيص مكّي و مدني بودن سوره ها ضرورت دارد: 1. به خاطر شناخت تاريخ و مخصوصا تسلسل آيات و سور و تدريجى بودن نزول آنها. 2. به خاطر نقش اساسي در استدلال و استنباطِ احكام. 3 به خاطر مدني بودن بيشتر آياتِ مورد استناد در استدلالات كلامى و عدم مدرك قرار گرفتن آیات مکّي. 4. به خاطر حلّ و فصل بسيارى از مسائل قرآني.