اختلاف فتاوی فقط در محدوده اندكى از فقه و شريعت كامل اسلام است و فقهاى مذاهب اسلامى در اكثر مسائل فقهى اتّفاق نظر دارند. علاوه بر آن شريعت اسلامی يكى بيش نيست و اگر اختلافى در احكام فقهى منبعث از فتاواى فقيهان مشاهده مى ‏شود، ناشى از اختلاف برداشت آنان از منابع فقهى شريعت است. برخی از مهم ترین عوامل اختلاف زا عبارت اند از: اختلاف در پاره اى از منابع استنباط احكام‏ مانند ظواهر آيات قرآن‏ و عرف‏، دسترسى يا عدم دسترسى به برخى از احاديث‏، اختلاف در معيار وثاقت راويان‏، اختلاف در جهت صدور حديث‏ از حیث واقعى يا تقيه اى بودن حديث‏ و ثابت یا موقتى بودن حکم آن، اختلاف در نسخ حكم‏، اختلاف قرائت آيات يا نقل متون احاديث‏، اختلاف در دلالت آيات و روايات و فهم و تفسير آنها، اختلاف در ترجيح ادلّه متعارض‏، اختلاف در موارد حجيّت اصول عمليّه‏، اختلاف نظر در مورد محدوده قواعد فقهيّه‏، اختلاف در دايره حجيّت عقل‏، اختلاف در اقسام اجماع‏، تأثير شرايط اجتماعى در فتواى مجتهد، اختلاف در مصادیق و موضوعات احکام و... .

نسخ طبق تعریف اصطلاحی عبارت است از رفع قانون سابق ـ که هنگام تشریع بر حسب ظاهر اقتضای دوام داشت ـ به وسیله قانون بعدی، به صورتی که اجتماع آن دو با هم ممکن نباشد. در نسخ رأی جدیدی ایجاد نمی شود چون این مطلب بر خدا محال است. زیرا مستلزم تغییر رأی در اثر خطا یا نقص است و این هر دو از ذات خداوند منتفی است. نسخ تنها به ما خبر می دهد که زمان اعتبار حکم قبلی به آخر رسیده است. یعنی رأی و نظری تغییر نکرده است، زیرا که از اول بنا به این تغییر بوده است. ذات مقدس خداوند بر اساس علم بی پایان خود، از تغییر مصالح و مفاسد احکامی که تشریع کرده و به تبع آن از تغییر احکام آن موضوعات مطلع است و فقط آگاهی خود را در قالب وضع قوانین جدید و نسخ قوانین گذشته، به اطلاع بشر نیز می رساند. در صورتی نسخ، اختلاف و تناقض محسوب می شود که به معنای ابطال حکم سابق با تمام خصوصیّات آن باشد. در صورتی که نسخ به معنای پایان یافتن «زمان حکم» و نه «ابطال» آن است.

نظر اهل بيت(عليهم السلام) در تفسير اين آيه چنين است: اين سخن يهوديان به معناى عقيده ديگر آنان است كه مى‌گويند خداوند پس از خلقت به دليل آنكه در ازل همه چيز را مقدّر كرده است، ديگر چيز جديدى خلق نمى‌كند: «جفّ القلم بما هو كائن إلى يوم القيامة» و پس از آن تقدير، ديگر تغييرى در كار نيست.  اين عقيده رايج يهوديان بود كه از طريق اسرائيليات به احاديث اهل سنت نفوذ كرد. خداوند نيز سخنان آنان را رد كرد و فرمود: دستانش باز است و هرگاه اراده كند، هر چه بخواهد، انجام مى‌دهد.

استدلال هایی که راجع به این موضوع با توجه به آیات قرآن نقل شده، هیچ کدام درست و منطقی نیستند. آیه نقل شده از سوره سجده اشاره به موضوعاتی چون توحید و معاد دارد و چنان برداشتی از آن با الفاظ و واژه های استفاده شده در این آیه هیچ مناسبتی ندارد. آیه نقل شده از سوره یوسف نیز اخطاری به مشرکان است که به آنها یادآور می شود هنگام رسیدن وقت عذاب، تأخیری در نزول آن وجود نخواهد داشت و راه فراری از آن نیست. 

«نسخ تلاوت» پندارى است كه در سخن‌هاى بسيارى از اهل حديث  و جمعى از اصوليان اهل‌سنت آمده است. ايشان در تلاشند كه بدين وسيله رواياتى را كه به نظرشان صحيح آمده و بر ازدست رفتن بسيارى از آيات قرآن حكايت دارد حل نمايند؛ از اينرو با استفاده از يك اسلوب ساختگى مى‌گويند: تلاوت اين‌دسته از آيات، نسخ شده است اما حكمشان تا ابد باقى است. مثل آيه «رضعات دهگانه»، آيه «سنگسار پيرمرد و پيرزن» و آيه «لا يملأ جوف ابن‌آدم إلّا التراب»، و بسيارى ديگر از اين دست آيات كه معتقدند از جمله آيات قرآن بوده و در زمان پيامبر(ص) تلاوت مى‌شده است اما بعدها برداشته شده و از سينه‌ها محو شده است؛ با اين حال، همواره عمل به حكم آن واجب است.

پندار ديگرى در زمينه تحریف قرآن کریم وجود دارد كه در تكلّف و ساختگى بودن، شبيه مسأله «نسخ تلاوت» است. مى‌گويند: پاره‌اى از آيات از دل‌ها فراموش شد به‌گونه‌اى كه يادى از آنها در دل‌ها و ذهن‌ها نمانده است. اين مسأله، مانند مسأله نسخ تلاوت است و آنان بدين وسيله مى‌كوشند رواياتى را كه در پندار ايشان صحيح نموده شده و بر ضايع شدن بسيارى از آيات قرآن پس از وفات پيامبر(ص) حكايت دارد، حل نمايند.

قرآن منبع اصلی استنباط «عقیده» و «عمل» شیعه است. شیعه معتقد است قرآن تنها کتابى است که سراسر آن صحیح است و غیر از قرآن، همه کتاب ها بدون استثنا قابل نقد و بررسى هستند. از نظر شیعه اگر اختلافى در مسأله اى رخ داد، حَکَم و داور در مورد آن مسأله قرآن است. شیعه تمام طعنه زنندگان بر قرآن از هر مسلکی را نقد می کند؛ از نظر شیعه رد و تکذیب قرآن و طعن زدن در دین از نشانه های ارتداد می باشد.
امّا اهل سنت روایات صحابه را بی چون و چرا می پذیرند و گاهی آن را بر قرآن ترجیح می دهند. حتّی بعضی از اهل سنت در مواجهه با قرآن به حدی آن را بی اعتبار کردند که «خبر واحد» را مهمتر از قرآن و نسخ کننده حکم آن می دانند؛ برای مثال خبر واحد ابوبکر را در ارث انبیاء بر قرآن ترجیح می دهند!
اگر شیعه به روایات اهل بیت توجه می کند به خاطر این است که آنها بهترین مفسر قرآن به شمار می روند. از نظر شیعه ثقل اصغر یا همان اهل بیت(ع) قرآن ناطق و مفسّر حقیقی قرآن می باشند و هر آنچه اهل بیت بیان می کنند بر گرفته از قرآن و سنت پیامبر(ص) است؛ لذا این دو از یکدیگر جدا نیستند تا شیعه بخواهد به یکی توجه کند و به دیگری بی توجه باشد.

اولا: آیاتی از قرآن اهل کتاب را به خاطر اسلام نیاوردنشان، کافر و فاسق و مشمول لعن الهی خوانده، مانند آیه 89 سوره بقره.
ثانیا: این آیه نه تنها دلالتی بر پلورالیسم ندارد بلکه خودش دلیل نسخ و عدم مشروعیت شرایع قبلی است؛ زیرا ابتدا فرمان جنگ می دهد، سپس آنان را فاقد ایمان به خدا و فاقد دین حق می داند.
ثالثا: این آیه فقط دلالت بر همزیستی مسالمت آمیز اهل کتاب در کنار مسلمانان پس از تسلیم شدن در برابر حکومت اسلامی دارد و هیچ ربطی به پلورالیسم به معنای مشروعیت و حقانیت اهل کتاب ندارد.

یهود نه تنها به بداء اعتقاد ندارند، بلکه بداء را در شرع و در تکوین جایز نمی دانند و به همین خاطر نسخ شریعت حضرت موسی را انکار کرده اند. یهودیان قضا و قدر الهی را حتمی و غیرقابل تغییر می‌ دانند و معتقدند دست خدا بسته است و خداوند از کار آفرینش فراغت یافته و دیگر افزایش یا کاهشى در عمر و رزق و ... ندارد. اين موضوع صریحا در آیات قرآن مورد اشاره قرار گرفته و خداوند در تکذیب عقیده آنان فرموده: «بلکه دستان خودشان بسته است و به خاطر گفته هایشان ملعونند...». بنابراین بدیهی است که نه می توان باور شیعیان به بداء را آموزه ای برگرفته از یهود دانست و نه می توان آنان را ملامت کرد که چرا به چنین باوری رسیده اند؛ در واقع با کاوش صحیح آموزه های وحیانی اسلام لاجرم هر مسلمانی در مقابل یهود باید به بداء معتقد باشد.

نسخ و بداء از این لحاظ که هر دو نشانه ظهور تدریجی اراده الهی برای بندگان اند، مفهومی واحد دارند. تنها تفاوت بین نسخ و بداء این است که نسخ‌ در تشریعیات (مثلا مسأله تغییر قبله) و بداء در تکوینیات (مثلا مسأله طول عمر) است. نسخ احكام از نظر همه مسلمانان جايز است، يعنى ممكن است حكمى در شريعت نازل شود و مردم نيز چنان تصور كنند كه اين حكم هميشگى و ابدى است، اما پس از مدتى نسخ آن حكم به وسيله شخص پيامبر(صلى الله عليه و آله) اعلام گردد، و حكم ديگرى جاى آن را بگيرد همانگونه كه در داستان تغيير قبله، در تفسير و فقه و تاريخ خوانده ‏ايم. اين در حقيقت يك نوع «بداء» است، ولى معمولا در امور تشريعى و قوانين و احكام نام «نسخ» بر آن مى‏ گذارند، و نظير آن را در امور تكوينى «بداء» مى‏ نامند.