مصونیت امام زمان(عج) از خطر گزندهای دشمنان و ستمکاران فقط یکی از دلایل غیبت حضرت شان است، اما این غیبت حکمت های دیگری نیز دارد که مهم ترین آنها آمادگی روانی و اجتماعی و فرهنگی جامعه بشری برای ظهور و برپایی حکومت عدل جهانی است. یعنی احساس یأس از تمامی مکاتب انسانی و غیروحیانی و احساس نیاز به نوع دیگری از حکومت. به عبارت دیگر یکی از حکمت های غیبت مهدی موعود(عج) ذخیره یک حجت الهی برای تحقق یافتن تام و کامل اراده خداوند در سراسر جهان است. آنچه برای تحقق این امر لازم است آمادگی در سطح وسیع و جهانی است نه در حد حکومت محلی و محدود شیعه. حضرت مهدی(عج) قرار است اسلام را فراگیر و عدل را در سراسر جهان حاکم کند.

اينكه همه افراد در مقابل حق و عدالت تسليم نمي شوند و گروهى با حق دشمني مي كنند موجب غايب شدن امام زمان(عج) شده تا حضرت بتواند در آينده حق را بر باطل غلبه دهد.

یکی از علل غیبت امام عصر(عج)، امتناع از بیعت با حاکمان ستمگر است. امام، دين خدا را به طور كامل و بى هيچ پرده پوشى اجرا مى‏ كند و مأمور به تقيه از هيچ حاكم و سلطانى نيست، و برای آن که در بیعت هيچ ستمگری نباشد، بر اساس فرمان الهی از نظرها غائب شده اند.

براى تحقّق یک انقلاب همه جانبه در سطح جهان، تنها وجود یک رهبر شایسته انقلابى کافى نیست بلکه آمادگى عمومى نیز لازم است. باید توجّه داشت برنامه قیام مهدى(عج)، همانند برنامه قیام همه پیامبران الهى، از راه بهره گیرى از وسائل و اسباب طبیعى انجام مى گیرد، و هیچ گاه اعجاز اساس آن را تشکیل نمى دهد، به همین دلیل آمادگى هایی براى این کار لازم است: 1- آمادگى پذیرش (آمادگى روانى). 2- تکامل فرهنگى و صنعتى. 3- پرورش گروهى در این جهان که هسته اصلى انقلاب آن مصلح بزرگ را تشکیل دهند.

علّت غیبت امام مهدى(ع) از اسرار الهى است ولی از روایات می توان استفاده کرد که: خداوند متعال اراده فرموده که گسترش عدالت و توحید را در سطح جهان به وسیله او قرار دهد و این آرزوى بزرگ پس از گذشت مدت زمانى تحقق پذیر خواهد بود، همچنین غیبت براى جلوگیرى از کشته شدن پیش از تحقق آن هدف بزرگ می باشد، ضمن اینکه غیبت نوعی آزمایش و امتحان مردم در عصر غیبت است.

می دانیم خدا و پيامبر(ص) از غلبه اسلام بر جميع اديان در پايان تاريخ بشريت خبر داده اند؛ به این منظور خداوند امامان را يكى پس از ديگرى برای هدایت مردم فرستاد؛ اما همه آنها به شهادت رسيدند. لذا مصلحت بر اين تعلق گرفت كه امام دوازدهم غايب شود تا شرایط قیام جهانی براي امام غایب فراهم شود. نكته ديگر اين كه امام غایب شد تا بیعت کسی بر گردنش نباشد.

امام زمان(عج) مأموریّت دارد تمام اصول تعلیمات اسلام، مانند؛ عدالت و راستی را در جهان پیاده کند و پیاده شدن یک چنین برنامه ای، شرایط و مقدّماتى لازم دارد؛ از جمله: آمادگى روحى مردم جهان، تکامل علوم و فرهنگ هاى انسانى، تکامل وسایل ارتباط جمعى، پرورش نیروى انسانى و...، فراهم شدن این امور نیاز به گذشت زمان دارد، لذا باعث طولانی شدن غیبت شده است.

هدف از حضور پیشوایان الهی در بین مردم، هدایت آنان به کمال مطلوب است و این مهم، زمانی میسر خواهد شد که مردم آمادگی بهره برداری از این هدایت الهی را داشته باشند. در پی فشارهایی که از زمان امام جواد(ع) به بعد بر امامان وارد شد، زمینه مساعد برای بهره مندی از هدایت های ائمه در جامعه وجود نداشت، از این رو و بر اساس حكمت الهى، پيشواى دوازدهم، غيبت اختيار كرد تا آمادگى لازم در جامعه فراهم گردد.

آزمایش، يكى از سنت هاى ثابت الهى است تا بندگان در پرتو ايمان و صبر در پيروى از اوامر خداوند تربيت يافته و به كمال برسند. غیبت حضرت مهدی(عج) یکی آزمایش های الهی است تا باطن انسان ها را آشکار سازد، که آیا گرفتار شک و تردید شده یا ایمانی استوار دارند، و آیا سختی ها و فشارها، ایمان انسان ها را دگرگون مى‏ سازد.

یکی از فلسفه های غیبت، حفظ جان امام زمان(عج) است. اگر حضرت از همان آغاز در بین مردم زندگی می کردند و یا پیش از موعد ظهور می کردند، جان ایشان در معرض خطر بود و موفق به انجام مأموریت الهی و اهداف بلند اصلاحی خود نمی شدند.یکی از فلسفه های غیبت، حفظ جان امام زمان(عج) است. اگر حضرت از همان آغاز در بین مردم زندگی می کردند و یا پیش از موعد ظهور می کردند، جان ایشان در معرض خطر بود و موفق به انجام مأموریت الهی و اهداف بلند اصلاحی خود نمی شدند.