روایات فراوانی بر برتری علمی امام علی(ع) نسبت به سایر صحابه دلالت دارد؛ از جمله: «من شهر علم هستم و علی دروازه آن است». پیامبر(ص) یکی از منابع علم امام علی(ع) بودند و فرستادن مقداد برای پرسش یک حکم شرعی از ایشان درحالی که هنوز آن حکم بیان نشده است، دلیل بر شوق امام علی(ع) به دانستن و حفظ قداست و جایگاه پیامبر(ص) است. امام علی(ع) بخاطر شاگردی تمام وقت در محضر پیامبر(ص) و عنایت استاد به ایشان، در زمان رحلت پیامبر(ص) به همه معارف و احکام دینی آگاهی داشت و شایسته ترین فرد برای جانشینی پیامبر بود.

آيه 269 سوره بقره: «يُؤتِى الْحِكْمَةَ مَنْ يَشاءُ وَ مَنْ يُؤتَ الْحِكْمَةَ فَقَدْ اوتِىَ خَيْراً كثيراً» در شأن علي(ع) نازل شده است. از عبدالله بن عباس نقل شده كه نزد رسول خدا(ص) بودم، درباره على(ع) سؤال شد، فرمودند: «دانش و حكمت به ده قسمت تقسيم شده، نه قسمت آن به على(ع) داده شده و يك قسمت آن به همه مردم». در صحيح ترمذى نيز آمده است كه پيامبر(ص) فرمود: «من خانه دانشم و على(ع) درب آن خانه است».

جلال الدین سیوطی در کتاب الاتقان می نویسد: «در بین صحابه ده نفر که در علم تفسیر مشهورند که در بین خلفا، بیشترین روایات از على بن ابی طالب(ع) نقل شده است معمّر نقل کرده است : «على را دیدم که خطبه مى خواند و مى گفت: از من پیرامون کتاب خدا بپرسید که سوگند به خدا هیچ آیه اى نیست مگر اینکه مى دانم در شب نازل شد یا در روز، در دشت نازل شد یا در کوه».

طبق حدیث ثقلین که عترت با قرآن قرین شده و به تمسک به آنها سفارش شده و حدیث سفینه که تمسک به اهل بیت را همچون کشتی نوح باعث نجات دانسته، علاوه بر رهبری سیاسی، مرجعیت علمی منحصر به اهل بیت(ع) می باشد و مسلمانان باید در حوادث و پیشامدهاى دینى و هر آن چه به دینشان مربوط مى شود، به آنان روى آورند.

طبق روایات، امام على(ع) کتابی داشت که به املاى پیامبر خدا(ص) و نگارش آن حضرت بود و اهل بیت(ع) آن را حفظ کرده بودند، و در آن همه آن چه مردم تا قیامت به آن نیاز دارند، حتى دیه خراش و تازیانه و کمتر از تازیانه بیان شده است.

مقصود از مصحف على(ع)، جمع آورى قرآن به ترتیب نزول است و از جهت تعداد آیات و سوره با قرآن فعلی تفاوتی ندارد. و کتاب علی(ع) مجموعه احادیث پیامبر(ص) از حلال و حرام و دیگر مطالب می باشد که در حال حیات ایشان و به املاء ایشان توسط امام علی(ع) نوشته شده.

امام علي(ع) در ابتداى خطبه «لؤلؤه» اشاره مى كند به سلاطين بنى اميّه كه در قرآن كريم از آنها به عنوان شجره ملعونه نام برده شده، سپس پيش گويي اتفاقات و ملاحم دوران بني عباس را چنين بیان می کند: «بعد از من در انتظار فتنه امويّه و سلطنت كسرويّه باشيد که يكى پس از ديگرى سلاطين بنى شيصبان كه بيست و چهار نفرند، حكومت مى‏ كنند». در ادامه حضرت به بعضى از خصائص و آثار برخى از آنها‏ اشاره نموده است.

او مى گوید: «و امّا عمر، پس استفاده على از او بیش از استفاده عمر از او بود...». پاسخ: اوّلا: برای آشنایی با علم عمر به برخی از فتاوای او اشاره می کنیم: حکم به بجا نیاوردن نماز براى جنبی که آب ندارد، عدم معرفت به حکم شکیّات نماز، جهل به تأویل قرآن، جهل به کیفیت طلاق کنیز، جهل به حد سارق، جهل به حکم طلاق های قبل از اسلام و... ثانیاً: استفاده عمر از علم على(ع) از مسلّمات است. مانند: ماجرای سنگسار زنى که بچه شش ماهه به دنیا آورد، و ماجرای زن دیوانه ای که زنا داده و عمر امر کرد تا او را سنگسار کنند.

منابع زیادی نقل کرده اند: هنگامى كه امام علی(ع) به صفین می رفت در کربلا و در کنار فرات توقف کرد و نماز خواند و گریه زیاد کرد و به برخی از یارانش گفت: اینجا كَرب و بلاء است و در اینجا فرزندم حسین کشته می شود وهیچ کس او را یاری نمی کند و در اینجا گروهی به شهادت می رسند که بدون حساب وارد بهشت می شوند.

از ابن مسعود نقل شده: قرآن هفت حرف دارد و هر حرف آن ظاهر و باطنى دارد و نزد على(ع) ظاهر و باطن قرآن وجود دارد.