شیعیان اعتقاد دارند که وصیت نانوشته مانده پیامبر اکرم(ص) در حادثه «یوم الخمیس»، تصریح ایشان به مساله ولایت و خلافت امام علی(ع) است. زیرا اولا: خود خلیفه دوم که مانع نوشته شدن آن وصیت نامه بود، در مواردی به این حقیقت اعتراف کرده است. ثانیا: تمهید پیامبر در گسیل داشتن اصحاب به همراهی با سپاه اسامه نشانگر نگرانی ایشان از ثبت مکتوب این جانشینی و مخالفت آن اصحاب با این امر بود. ثالثا: تعبیر آن حضرت مبنی بر گمراه نشدن امت بعد از ایشان در صورت نگاشتن آن وصیت، شباهت بسیار زیادی به تعبیر حدیث ثقلین در گمراه نشدن امت با تمسک به ثقلین است.

اولا: برخی پیامبران نیز عمر طولانی داشته اند؛ چنانکه حضرت عیسی(ع) در آخر الزمان همراه با امام مهدی(عج) قیام خواهد کرد. در صحیح بخاری از معتبر ترین منابع اهل سنت آمده است: «چگونه هستيد هنگامی كه فرزند مريم در بين شما فرود آيد در حالی كه امام شما از خود شما باشد؟». حال ما می پرسیم، چرا با وجود پیامبر اسلام(ص) پیامبران دیگری عمر طولانی داشته اند، در حالی که پیامبر اسلام(ص) بالاترین مقام را در بین انسانها دارد؟!
ثانیا: علت طولانى بودن عمر امام مهدی(عج) اين است كه آن حضرت از طرف خداوند مأمور است حكومت واحد جهانى الهى را تشكيل دهد و تا زمينه ظهور او كه آمادگى جهانيان است فراهم نگردد، ظهور نمى‏ كند. البته پیامبر اکرم(ص) اگر در پرده غیبت به سر می بردند و خداوند نیز اراده می کرد، می توانست عمر طولانی داشته باشد، ولی پیامبری که در غیبت باشد دیگر نمی تواند رسالت خویش را انجام دهد.

استدلال هایی که راجع به این موضوع با توجه به آیات قرآن نقل شده، هیچ کدام درست و منطقی نیستند. آیه نقل شده از سوره سجده اشاره به موضوعاتی چون توحید و معاد دارد و چنان برداشتی از آن با الفاظ و واژه های استفاده شده در این آیه هیچ مناسبتی ندارد. آیه نقل شده از سوره یوسف نیز اخطاری به مشرکان است که به آنها یادآور می شود هنگام رسیدن وقت عذاب، تأخیری در نزول آن وجود نخواهد داشت و راه فراری از آن نیست. 

از جمله دلايل بر رد شبهه تحريف در قرآن، مسأله «عرضه احاديث بر قرآن» است. طبق اين مبنا هر روايتى كه موافق قرآن باشد صادق و هر روايتى كه مخالف قرآن باشد كاذب است. بنابراین اولا: معروض عليه مى‌بايست قطعى باشد؛ زيرا مقياس و فارق بين حق و باطل است و مقياس نمى‌تواند شك بردار باشد. ثانیا: عرضه روايات مى‌بايست بر اين مقدار موجود از قرآن كه نزد عموم مسلمانان متواتر است انجام گيرد. 

اگر الزامی به حجاب در جوامع دینی مشاهده می شود، طبق فرامین الهی و برای حفظ منافع و مصالح عالی است؛ نه یک استراتژی سياسی موقت. حجاب‏ از واجبات و مسلّمات، بلكه از ضروريّات دين‏ اسلام است؛ دین انسان را ملزم به صیانت از گوهر حیاء در پوشش، نگاه، گفتار، رفتار و آرایش می نماید. این وجوب دینی حجاب فرآیندی منطبق با فطرت توحیدی و در راستای حفظ گوهر حیاء است که در تمدن ها و ادیان پیشین نیز بدان پرداخته می شد. بازشناسایی زنان به عفت و مصونیت از آزارها؛ حفظ مردان از شعله غریزه؛ مصونیت خانواه؛ کاهش فرزندان نامشروع؛ حفظ ارزش و احترام زن؛ استواری اجتماع و حفظ نيروی فعال و كم كردن هزينه اقتصادی و ايجاد آرامش روحی زنان و مردان و ... از حکمت های وجوب دینی حجاب است.

در اصطلاح علوم قرآنی به هر نوع تغيير و دگرگونی در معنا و ساختار كلام تحريف گفته می شود. تحریف معمولا یا لفظی است و یا معنوی. در تحریف لفظی با افزودن یا کاستن یا جابه جایی یک یا چند کلمه، معنای یک گزاره تغییر می یابد و در تحریف معنوی - که به آن تفسیر به رأی نیز می گویند - بدون اینکه هیچ تغییری در ساختار و کلمات گزاره و کلام پدید آید، تفسیری وارونه و بی ربط با مقصود نویسنده یا گوینده، از آن ارائه می شود. تفسیرهای منحرف از قرآن در گفتار معصومین بسیار نکوهش شده و مرتکبان چنین تفسیرهایی به عذاب هایی بسیار سخت وعده داده شده اند.

قرائن قرآنی نشانگر تفاوت ماهوی گرامی داشت بت ها نزد قوم نوح با آموزه های اصیلی هم چون توسل و زیارت قبور نزد شیعیان است. بت پرستان قوم نوح حقیقتا بت ها را می پرستیدند و آنها را «الهه» و خدای خود مى دانستند. این مسأله از تعبیر «آلهه» در آیه 23 سوره نوح کاملا مشخص است. در واقع اشتباه مهمّی که وهابیون و دیگر مخالفان زیارت قبور مرتکب می شوند این است که شفاعت طلبيدن از اوليا و توسل به آنها را که درخواستی مبتنی بر توحید و از درگاه پروردگار است، با شفاعت طلبيدن مستقیم از بت ها و خواستن حاجات از آن موجودات بى جان و بى عقل و شعور مقايسه مى كنند. هيچ کدام از زیارت کنندگان مراقد پيامبر(ص) و امامان معصوم(ع) را پرستش نمى كنند.

این مسأله در میان شیعیان و دیگر مسلمانان معتقد به آموزه توسل بدیهی است که وجود مقدس شخص یا مرقد او، به هیچ وجه مورد پرستش قرار نمی گیرد و تأثیر مستقیم و اصلی در برآورده شدن حاجات، همواره از آن خداوند دانسته می شود. زیرا عبادت، خضوع در مقابل دیگرى به عنوان آن است که او خدا یا پروردگار است یا کارهاى خدا به او سپرده شده است. این در حالی است که در توسل به پیامبران و صالحان و شهدا هیچ یک از این قیدها وجود ندارد، بلکه تنها از این جهت به آنان توسل مى شود که بندگان مورد احترام خدایند و دعاى آنان نزد خداوند سبحان مستجاب است. ائمه اهل بیت و معصومین(ع) و دیگر اولیاء الله نزد شیعیان همان بندگان صالح و مورد احترام خداوند هستند و ساختن مراقد برای آنها و تبرک جستن به آثارشان به هیچ وجه شائبه «الوهیت» این ذوات مقدس را حتی در اذهان عادی ترین شیعیان پدید نیاورده است.

«ولایت فقیه» به معنای جواز تصرف و سرپرستی و عهده دار شدن شخص فقیه در یک امر خاص است. گاه این امر شخصی است مانند اجرای عقد نکاح و گاهی امری کلی مثل عهده داری حکومت جامعه اسلامی. اقوال مختلفی بین فقها وجود دارد که محدوده مجاز برای اعمال ولایت فقیه تا چه اندازه است؟ آیا فقیه بر همه شؤون حکومتی و اجتماعی، امور حسبه، اموال و انفس مردم و...  ولایت دارد یا نه ولایت او منحصر است در سرپرستی امور خاص؟

به باور امام خمینی هر اختیاری که پیامبر اسلام(ص) در اداره جامعه اسلامی داشته برای فقیه عادل هم ثابت است اعم از تدارک و بسیج سپاه، تعیین والیان ولایات و استانداران، گرفتن مالیات و صرف آن در مصالح مسلمانان و... البته این درباره اختیاراتی است که معصوم(ع) از جنبه ولایت و سلطنت اجتماعی و سیاسی دارد.

اولا: سلمان یک دهقان زاده جهانگرد بود؛ او در هیچ ساختار دیوانی یا نظامی طبقاتی ساسانیان حضور نداشت تا اطلاعاتی از سازمان های دیوانی و نظامی ایرانی داشته باشد. ضمن اینکه از زمانی که سلمان فارسی در پی حقیقت، از ایران خارج شده بود، تا زمانی که نبردهای مسلمانان با امپراتوری ساسانی درگرفت، چندین سال گذشته بود. طبیعی است در طی این زمان، بسیاری از اموری که ممکن است امروز اسرار جنگی و امنیتی به شمار آیند، فردا روز چیزی جز یک مشت اطلاعات سوخته و بی مصرف نباشند.
ثانیا: منابع تاریخی شهادت می دهند که حضور سلمان فارسی نه تنها به گسترش درگیری و جنایت های جنگی نیانجامید، بلکه برعکس موجب جلوگیری از خونریزی شد. او هنگامی که لشکر مسلمانان به مدائن رسید، از در صلح جویی با مردم شهر صحبت کرد و با تدبیر خیرخواهانه موجب تسلیم بدون درگیری شهر تیسفون و پیوستن چهار هزار نفر از سپاهیان ایران به لشکر اسلام شد.
ثالثا: سلمان فارسی به قدری زاهد بود که زیر سایه درختان و دیوارها می زیست و با ساختن خانه برای خودش مخالف بود، تا آنکه به اصرار یکی از دوستانش به اقامت در منزلی رضایت داد که بسیار کوچک و ساده بود. سهمی که از بیت المال می گرفت را به نیازمندان می داد و از راه سبدبافی و کارهایی از این دست، ارتزاق می کرد. چگونه می توان چنین شخصی را به قدرت طلبی و جنگ افروزی متهم کرد؟!

نفوذ وسوسه های شیطانی در وحی انبیاء علاوه بر اینکه ادعای بی اساس و بی دلیلی است با اصل موضوع بعثت انبیاء منافات دارد و برای همین بر اساس حکمت الهی منتفی است. اگر قرار باشد شیطان بتواند دخل و تصرفی در وحی کند، خداوند از آن مطلع بوده و قادر است آن را رفع کند و چون خداوند متعال می خواهد پیامش به صورت صحیح به بندگانش ابلاغ شود، مانع چنین تلقین های شیطانی خواهد شد.